Mimo významu umělecko-historického je park cenný i dendrologicky, jako sbírka domácích a cizokrajných dřevin - okolo 1500 taxonů a kultivarů dřevin (1200 listnatých a 300 jehličnatých). Nejznámějším rodem pěstovaným v Průhonickém parku je pěnišník - Rhododendron, okolo 8000 kusů ve 100 taxonech a kultivarech.
Nejstarším a zároveň prvním dokladem o pěstovaných dřevinách v Průhonickém parku je tzv. “Předávací protokol” z roku 1927, který sestavil sám zakladatel parku hrabě Arnošt Emanuel Silva-Tarouca. V seznamu je uvedeno celkem 2360 druhů a kultivarů (310 jehličnatých a 2050 listnatých taxonů), které byly vysazeny v parku v letech 1885-1927.
V roce 1995 byla započata nová detailní inventarizace a revize dřevin Průhonického parku. Podstatou jsou terénní měření, kdy jsou zakresleny jednotlivé dřeviny či obvody skupin a porostů do geodetických map (u peren pouze výrazné porosty či dominantní solitery) a těmto položkám je přiřazeno inventarizační číslo (jedná se o základní evidenční klíč pro orientaci v mapách, databázi, v herbářích a sbírkách). V terénu jsou změřeny i základní dendrometrické údaje (výška, průměr koruny a obvod kmene ve výčetní výšce 1,3m nad zemí), dále je zpracováno krátké biologické hodnocení (tj. vegetuje – kvete – plodí – naturalizace – evidovaná následná generace), stanovištní zhodnocení (solitéra, skupina či porost, atd.) a aktuální zdravotní stav.