Herbář Botanického ústavu AV ČR byl založen před několika lety a je nyní rozeznáván jako oficiální součást mezinárodní sítě sbírkových institucí (v Index Herbariorum označen PRA). Poté se stal jedinou českou herbářovou institucí s licencí pro nakládání (zasílání, přijímání) s preparovanými exempláři druhů spadajících pod CITES (číslo registrace: CZ 001). Herbář je budován jako základní podpůrná sbírka pro výzkumy v Botanickém ústavu (tzn. především uchovává dokladový materiál k botanickým studiím uskutečňovaným v BÚ), a současně se snaží přednostně získávat materiál skupin, kde se výzkum v BÚ rozvíjí nebo se rozvoj předpokládá. Proto se soustřeďuje na jednoděložné a taxony se specifickými způsoby rozmnožování (např. apomixe), a to zejména z oblastí, odkud je jinak obtížné získávat rostlinný materiál (Centrální Asie, Kavkaz, severní Afrika a ostatní části Středozemí, Indie, ale i Nová Kaledonie, Austrálie, Severní a Jižní Amerika atd.). Nezanedbatelnou kolekcí je i srovnávací a dokladový herbář středoevropské synantropní květeny. Dendrologická kolekce je jednou z nejvýznamnějších světových kolekcí konifer (šišky, borka, dřeva, větévky); významné jsou rovněž kolekce diaspor čeledí Fabaceae a Umbelliferae. Největší sbírka herbářovaných cévnatých rostlin Ladáku (Ladakh, severozápadní Indie) je budována na třeboňském pracovišti a obsahuje příbližně 3500 položek. Významnou součástí herbáře je i lichenologická sbírka předního světového lichenologa A. Vězdy obsahující na 35000 položek (tato sbírka má zvláštní status uzavřené herbářové sbírky s kódovým označením PRA-V). V současnosti herbářové sbírky BÚ zahrnují celkem asi 200 000 herbářových položek. Pro dokumentaci a k usnadnění manipulace je používán nový databázový systém HERBMAN. Herbář je strategicky významný pro budoucnost taxonomického studia v Botanickém ústavu: jako zdroj systematicky shromažďovaného materiálu pro příští studie, jako příjemce mezinárodních výpůjček a jako centrum dokumentace výzkumných úkolů.
Na herbář je v současnosti vázána série dokumentačních projektů, na kterých Botanický ústav spolupracuje se dalšími významnými sbírkami. S využitím nejmodernější fotografické techniky jsou vybrané kolekce dokumentovány a v digitální podobě zpřístupňovány odborné veřejnosti.
Referenční sbírka pylových preparátů se nachází na oddělení ekologie Brno, v budově na Poříčí 3b. Je používána pracovníky oddělení při řešení výzkumných projektů; po domluvě je k dispozici i externím zájemcům k prezenčnímu shlédnutí vybraných preparátů.
Sbírka byla postupně vytvářena od 50. let 20. století. V 90. letech byly rozšiřování a pravidelná obnova přerušeny kvůli několikerému přesouvání pracoviště. V současné době se pracuje na jejím oživení a opětovném využití v palynologickém výzkumu.
Sbírka slouží především palynologům k ověřování správnosti určení fosilních, subfosilních i recentních pylových zrn a spor. Obsahuje trvalé mikroskopické preparáty pylových zrn více než 1000 druhů flóry České republiky i jiných evropských zemí. Ideálně je koncipována tak, aby pokryla druhy obsažené v květeně ČR a nejbližšího okolí. Ve sbírce jsou však obsaženy i některé „exotické“ taxony, jako např. Carya, Engelhardtia, Nyssa a Tsuga, které se dají najít v terciérních sedimentech i na našem území.
Jako každá sbírka, i tato vyžaduje údržbu a obnovu. Trvalé preparáty časem vysychají a je potřeba je nahradit novými. V současné době je na základě prohlídky asi třetiny sbírky možno konstatovat, že zhruba třetinu preparátů je nutno vyměnit, třetina je v použitelném stavu a třetina je dobrém stavu. V blízké budoucnosti je proto plánována obnova podstatné části sbírky.
Sbírka semen, kterou v roce 1957 založili a z velké části vytvořili Kamil Rybníček a Eliška Rybníčková, slouží jako srovnávací materiál k určování fosilních semen rostlin, nacházených v paleoekologických profilech. Potenciálně je ale možné sbírku využít i pro určování semen při studiích semenné banky. Je k dispozici také externím zájemcům pro prezenční práci. Sbírka je deponována na oddělení ekologie Brno. Většina semen byla sebrána na území České a Slovenské republiky, ale nachází se zde i sběry z jiných částí Evropy (např. Rakouska, Maďarska, Finska) a z ostatních kontinentů. Na sbírce se podílelo ca 70 sběratelů. Nejstarší sběr pochází z roku 1870, nejnovější z roku 2004.
Sbírka je zaznamenána v lístkovém katalogu, který byl v roce 2006 převeden do elektronické databáze, jejíž platnost byla následně ověřena podle vzorků ve sbírce skutečně přítomných. V databázi se nachází k 22. srpnu 2008 celkem 4482 položek reprezentujících přibližně 1000 taxonů (druhy, poddruhy, agregáty, variety) ze 165 čeledí cévnatých rostlin. Elektronická databáze obsahuje jak jména taxonů platná v době sběru rostliny a uvedená na položkách, tak i v současnosti používaná jména. Ke stažení je zestručněný elektronický katalog.
Kontaktní osoby: Kamil Rybníček (tel. 543 215 774), Petra Hájková (), Radim Hédl (, tel. 543 211 562).