Nejstarším a zároveň prvním dokladem o pěstovaných dřevinách v Průhonickém parku je tzv. “Předávací protokol” z roku 1927, který sestavil sám zakladatel parku hrabě Arnošt Emanuel Silva-Tarouca. V seznamu je uvedeno celkem 2360 druhů a kultivarů (310 jehličnatých a 2050 listnatých taxonů), které byly vysazeny v parku v letech 1885-1927.
Poslední publikovaná inventarizace a revize dřevin, rostoucí v Průhonickém parku, byla zpracovaná v roce 1967 “Zprávy Botanické zahrady ČSAV, Průhonice - č. 2 + 3/1967, Průhonice ” (P. Svoboda a kol. 1967). V seznamu je uvedeno celkem 1033 druhů a kultivarů dřevin (186 jehličnatých a 847 listnatých taxonů). U taxonů jsou uvedeny aktuální dendrometrické údaje a původ rostliny s rokem výsadby. Seznam jednotlivých rodů je doplněn výčtem všech dříve pěstovaných nebo evidovaných taxonů v Průhonickém parku a uváděných v původních sortimentech Dendrologické společnosti či v tzv. „Předávacím protokolu“ z roku 1927.
V roce 1959 vyšla kniha “Národní park a botanická zahrada v Průhonicích” (B. Kavka, 1959). Její autor, Doc. dr. ing. Bohumil Kavka, byl zároveň i dlouholetým ředitelem Průhonického parku (1927 – 1962). V této publikaci je uveden kompletní seznam (genofond) všech aktuálně rostoucích rostlin v Průhonickém parku do roku 1959 – tj. 598 druhů a kultivarů dřevin (134 jehličnatých a 464 listnatých taxonů) a 371 druhů a kultivarů trvalek, které se pěstovaly v průhonickém Alpinu nebo byly vysazeny přímo v parku. U vybraných druhů je uveden i krátký popis a taxon je číslem označen v přiložené mapě. Důležitý je i popis nových kultivarů dřevin, které byly vyšlechtěny v Průhonicích (např. Rhododendron cv. Arnošt Silva-Tarouca, Ideal, Marie Oliva Schlicková, Marka, Motýl, Panenka, Rosemary, Saba, Violeta, Humoreska, atd.). Součástí knihy je i mapa půd Průhonického parku.
V roce 1995 byla započata nová detailní inventarizace a revize dřevin Průhonického parku. Podstatou jsou terénní měření, kdy jsou zakresleny jednotlivé dřeviny či obvody skupin a porostů do geodetických map (u peren pouze výrazné porosty či dominantní solitery) a těmto položkám je přiřazeno inventarizační číslo (jedná se o základní evidenční klíč pro orientaci v mapách, databázi, v herbářích a sbírkách). V terénu jsou změřeny i základní dendrometrické údaje (výška, průměr koruny a obvod kmene ve výčetní výšce 1,3m nad zemí), dále je zpracováno krátké biologické hodnocení (tj. vegetuje – kvete – plodí – naturalizace – evidovaná následná generace), stanovištní zhodnocení (solitéra, skupina či porost, atd.) a aktuální zdravotní stav. Tyto základní terénní údaje jsou zpracovány v databázi “Evidence rostlin”. Terénní geodetické mapy budou zpracovány v grafickém programu “TOPOL”. Souběžně v terénu je shromažďován i základní dokladový materiál – tj. herbářové položky, vzorky plodů, šišek a semen, případně vzorky borky a dřeva.
Ke dni 19.3.2006 byla provedena nejnovější inventarizace. Seznam Index plantarum a obsahuje celkem 2136 položek (373 taxonů nahosemenných = jehličnatých (GYMNOSPERMAE) + 1544 taxonů krytosemenných = listnatých dřevin (ANGIOSPERMAE) + 219 taxonů trvalek = PEREN, tj. celkem 2138 taxonů). Dnes v Průhonickém parku roste 1702 živých a rostoucích botanických druhů a jejich kultivarů (336 taxonů jehličnatých a 1161 taxonů listnatých dřevin a 205 taxonů trvalek), které jsou určeny a evidovány. Ze seznamu byly vypuštěny sporné či zatím neurčené taxony a dále seznamy rostlin shromážděných v genofondových sbírkách Botanického ústavu (rody Iris – kosatec, Rosa – růže, Paeonia – pivoňka, Hemerocalis – denivka a Nymphaea – leknín) a sortiment alpinek shromážděných v Průhonickém Alpinu. Seznam obsahuje údaje o stavu inventarizace jednotlivých položek, době výsadby v Průhonicích, areálu původního rozšíření i o případných úhynech nebo odstranění taxonů z arboreta. Tento seznam bude i nadále průběžně aktualizován a doplňován. Po zpracování bude zveřejněn i seznam trvalek, pěstovaných v Průhonickém parku.
Od roku 2000 jsou v “Index Seminum & Plantarum” od č. 36/2000 u některých položek uvedena i příslušná inventarizační čísla, podle kterých je možná i orientační lokalizace výskytu (podle čísla oddělení) na přiložené mapě.
Nomenklatura rostlin uvedených v Index Plantarum byla kromě regionálních flór převzata především z následujících publikací:
Květena ČR 1-6
J. Koblížek: Jehličnaté a listnaté dřeviny našich zahrad a parků, (2000).
Kubát, K., Hrouda, L., Chrtek, J. jun., Kaplan, Z., Kirschner, J., Štěpánek, J. (eds.): Klíč ke květeně České republiky, Academia, Praha, 928 pp., 1400 illustr. (2002).
Krüssmann G.: Handbuch der Nadelgehölze, (1983).
Krüssmann G.: Handbuch der Laubgehölze I. – III. (1976).
Farjonn A.: World Checklist and Bibliography of Conifers, (1998-2001).