Sbírka vodních a mokřadních rostlin Botanického ústavu AVČR v Třeboni byla založena v roce 1976 (zakladatel Š. Husák) jako prostředek ke studiu ekofyziologie, produkční ekologie, autekologie a taxonomie ohrožených vzácných druhů. Obsahuje asi 350 druhů makrofyt. Většina rostlin pochází z České republiky, případně střední Evropy, jen necelých 10% druhů je z jiných oblastí světa. Tento počet druhů činí ze sbírky makrofyt největší sbírku vodních a mokřadních druhů v Evropě a jednu z největších ve světě. Obsahuje běžné i velmi vzácné rostliny české flóry a je využívána nejen k projektům základního výzkumu, ale také k záchranným kultivacím, které usilují o navrácení některých vzácných druhů na jejich přirozená stanoviště. Sbírka dále slouží jako genová banka pro vzácné a ohrožené druhy rostlin. Poskytuje studijní a pokusný materiál, materiál pro určování a botanické ilustrace, využívá se k výuce botaniky a rostlinné ekologie. Od roku 1998 je 120-200 druhů semen pravidelně zařazováno do Index Seminum.