Centrum pro algologii | Centrum pro biodiverzitu | Centrum pro bioindikaci a revitalizaci | Oddělení vegetační ekologie | Oddělení ekologie invazí | Oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie | Oddělení funkční ekologie | Oddělení genetické ekologie | Oddělení geobotaniky | Oddělení mykorhizních symbióz | Oddělení populační ekologie | Oddělení taxonomie | | Laboratoř průtokové cytometrie | Laboratoř GIS a DPZ