Herbář Botanického ústavu AV ČR byl založen před několika lety a je nyní rozeznáván jako oficiální součást mezinárodní sítě sbírkových institucí (v Index Herbariorum označen PRA). Poté se stal jedinou českou herbářovou institucí s licencí pro nakládání (zasílání, přijímání) s preparovanými exempláři druhů spadajících pod CITES (číslo registrace: CZ 001). Herbář je budován jako základní podpůrná sbírka pro výzkumy v Botanickém ústavu (tzn. především uchovává dokladový materiál k botanickým studiím uskutečňovaným v BÚ), a současně se snaží přednostně získávat materiál skupin, kde se výzkum v BÚ rozvíjí nebo se rozvoj předpokládá. Proto se soustřeďuje na jednoděložné a taxony se specifickými způsoby rozmnožování (např. apomixe), a to zejména z oblastí, odkud je jinak obtížné získávat rostlinný materiál (Centrální Asie, Kavkaz, severní Afrika a ostatní části Středozemí, Indie, ale i Nová Kaledonie, Austrálie, Severní a Jižní Amerika atd.). Nezanedbatelnou kolekcí je i srovnávací a dokladový herbář středoevropské synantropní květeny. Dendrologická kolekce je jednou z nejvýznamnějších světových kolekcí konifer (šišky, borka, dřeva, větévky); významné jsou rovněž kolekce diaspor čeledí Fabaceae a Umbelliferae. Největší sbírka herbářovaných cévnatých rostlin Ladáku (Ladakh, severozápadní Indie) je budována na třeboňském pracovišti a obsahuje příbližně 3500 položek. Významnou součástí herbáře je i lichenologická sbírka předního světového lichenologa A. Vězdy obsahující na 35000 položek (tato sbírka má zvláštní status uzavřené herbářové sbírky s kódovým označením PRA-V). V současnosti herbářové sbírky BÚ zahrnují celkem asi 200 000 herbářových položek. Pro dokumentaci a k usnadnění manipulace je používán nový databázový systém HERBMAN. Herbář je strategicky významný pro budoucnost taxonomického studia v Botanickém ústavu: jako zdroj systematicky shromažďovaného materiálu pro příští studie, jako příjemce mezinárodních výpůjček a jako centrum dokumentace výzkumných úkolů.
Na herbář je v současnosti vázána série dokumentačních projektů, na kterých Botanický ústav spolupracuje se dalšími významnými sbírkami. S využitím nejmodernější fotografické techniky jsou vybrané kolekce dokumentovány a v digitální podobě zpřístupňovány odborné veřejnosti.