Původní Ústav pro hudební vědu byl založen 1. ledna 1962, o deset let později byl začleněn do tehdejšího Ústavu teorie a dějin umění ČSAV a od 1. května 1990 dočasně obnoven jako samostatné akademické pracoviště.

Jako Oddělení hudební historie se stal součástí Etnologického ústavu AV ČR s platností od 1. ledna roku 2003, a to v důsledku sloučení bývalého Ústavu pro hudební vědu AV ČR s Etnologickým ústavem. V r. 2007 bylo pracoviště přejmenováno na Kabinet hudební historie.

Po celou dobu své existence se tento ústav zabýval základním historickým výzkumem hudební kultury v českých zemích od nejstarších dob po současnost, jakož i výzkumy v oblasti hudební teorie, hudební estetiky a hudební psychologie. 

Nynější Kabinet hudební historie čítá 14 vědeckých a odborných pracovníků, z nichž pět pracuje na částečný úvazek. Vedoucí oddělení je prof. PhDr. Jarmila Gabrielová, CSc. Oddělení se zaměřuje na pramenný hudebně historický výzkum hudby 17. – 20. století a na kritické vydávání památek hudby uvedeného historického období. Podílí se na řešení výzkumného záměru EÚ AV ČR Kulturní identita a kulturní regionalismus v procesu formování etnického obrazu Evropy (reg. č. AVOZ 90580513) a na několika grantových projektech. V popředí stojí náročný badatelsko-ediční projekt Nového souborného vydání děl Antonína Dvořáka, který po přípravném období let 2000–2004 vstupuje nyní do své zahajovací fáze (viz též: www.antonindvorak.org). Ve výhledu je obnovení edice Musica antiqua bohemica. Nejnověji přistupuje též vydávání literárních a notových pramenů z pozůstalosti Leoše Janáčka. Připraveny a rozpracovány jsou dále projekty věnované výzkumu chrámové hudby pražských skladatelů 1. poloviny 18. století, hudebních spolků a institucí v Čechách a na Moravě v 19. a 20. století a vokální hudby 1. poloviny 20. století.