Historie Etnologického ústavu Akademie věd České republiky sahá do počátku 20. století a je těsně spojena se sběratelským podnikem Lidová píseň v Rakousku (od r. 1905) a se Státním ústavem pro lidovou píseň (od r. 1919). Na půdě Akademie věd se dějiny ústavu rozvíjejí od roku 1953, kdy se z někdejšího Státního ústavu pro lidovou píseň stal Kabinet pro lidovou píseň a dále vznikl Kabinet pro národopis. Usnesením 13. schůze prezidia Československé akademie věd s účinností od 1. ledna 1954 došlo sloučením obou kabinetů ke vzniku Ústavu pro etnografii a folkloristiku Československé akademie věd, který se od 1. 10. 1999 nazývá Etnologický ústav Akademie věd České republiky.

Usnesením 21. zasedání Akademického sněmu AV ČR s účinností od 1. ledna 2003 došlo ke sloučení Ústavu pro hudební vědu AV ČR s Etnologickým ústavem AV ČR. ÚHV AV ČR se stal k tomuto datu součástí EÚ AV ČR jako Oddělení hudební historie.

Předmětem činnosti EÚ AV ČR je základní i aplikovaný vědecký výzkum v oblasti etnologie, v oborech s etnologií bezprostředně souvisejících a v oboru hudební historie. EÚ provádí vědecký výzkum, poskytuje informační služby, metodologickou pomoc při výzkumech, připravuje expertní analýzy, podílí se na výuce oborových specialistů. EÚ svou činností přispívá k poznání způsobu života a kultury různých národních, sociálních a etnických skupin a národnostních menšin v českých zemích i v zahraničí. Ústav rozšiřuje vědecké informace, vydává odborné publikace, časopisy, sborníky, organizuje vědecké konference a semináře, vlastní sbírkové fondy, které zpracovává a klasifikuje, vytváří katalogy, bibliografie a pramenné indexy, poskytuje vědecké posudky, stanoviska a doporučení v oblasti etnologie, hudební historie a oborově souvisejících disciplin. Základní výzkum se zaměřuje na tradiční kulturu duchovní i hmotnou, na historii hudby a na problematiku sociálních vztahů v historické perspektivě i v současnosti. Ve spolupráci s vysokými školami spolupracuje na přednáškové činnosti a vychovává vědecké pracovníky. Ústav je tvořen třemi pracovišti v Praze a v Brně a těmito odděleními: historická etnologie, etnická studia, etnomuzikologie, hudební historie, středisko vědeckých informací a hospodářská správa.