Oddělení etnických studií svou činnost zaměřuje na komparativní studium kultur a společenských jevů v českém i globálním kontextu. Tým pracovníků oddělení vychází ve svých výzkumných studiích z přístupů etnologie a sociální a kulturní antropologie, přičemž využívá kombinace tradičních a nových metodologických postupů.

Výzkumná činnost oddělení se soustřeďuje především na tématiku migračních procesů, identity a životního stylu cizineckých komunit a etnických skupin v české společnosti, jakož i na vystěhovalectví Čechů a české komunity v zahraničí. Prioritami jsou též menšiny, včetně Romů.

Oddělení dále provádí aplikovaný výzkum pro tuzemské a zahraniční instituce zabývající se problematikou migrace, azylu, pracovního trhu a sociálně vyloučených komunit.

Ve spolupráci s Ústavem etnologie Univerzity Karlovy, katedrou kulturní a sociální antropologie Univerzity Pardubice a Metropolitní Univerzitou Praha se pracovníci oddělení podílejí na přípravě výukových programů v bakalářských a magisterských studijních programech v oblasti teorie a metod kulturní a sociální antropologie, problematiky migračních procesů, antropologie Evropy a antropologie města.