Vedle studia relevantních písemných, ikonografických a hmotných pramenů ve střední Evropě (Německo, Rakousko, Polsko, Slovensko, Maďarsko), Itáliii, Rusku a Skandinávii oddělení provádí i v komparativní terénní výzkumy v Čechách a Karpatské oblasti zejména na Slovensku a v Rumunsku. Terénní výzkumy se soustřeďují hlavně na subsistenční strategie na venkově v transformujících se lokálních společnostech. Příbuzná tematika je dlouhodobě studována i též při terénních výzkumech západosibiřských pasteveckých kultur (Chantů).

V oddělení se dále rozvíjí výzkum středoevropského tradičního stavitelství (lidové architektury). Významnou roli rovněž připisujeme dokumentaci a analýze neživých i současných forem lidového výtvarného umění a mezinárodnímu srovnávacímu studiu tradiční stravy a výživy. Z dalších oblastí tzv. hmotné kultury se Oddělení historické etnologie věnuje tradičním formám zemědělství (agrární etnografii), transportu a dopravy, výzkumu domácí výroby a řemesel a zejména studiu vztahu předindustriální společnosti k lesům (exploatace, mentalitní vnímání).

V rámci tzv. duchovní kultury se pracovníci oddělení specializují na výzkum a analýzu problematiky lidové víry a zbožnosti od raného novověku do 19. století a dále na etnokartografické studium životnosti výročních obyčejů. Folkloristické bádání se soustředí na srovnávací výzkum českého a evropského slovesného folkloru.