Botanický ústav je místem dynamického rozvoje vědy a výzkumu v celé škále botanických oborů, počínaje klasickou taxonomií, biosystematikou a evolucí rostlin a vybraných skupin hub, ekologií, ekofyziologií, fytogeografií a mapováním vegetace a konče dendrochronologií, studiem anatomie dřeva, karyologickými a populačně genetickými studiemi.
V současnosti má Botanický ústav okolo 300 zaměstnanců, z toho je více než 130 vědeckých pracovníků a doktorandů. Vědecká část ústavu je členěna na dva úseky, které mají dohromady 11 oddělení. Velká část Botanického ústavu je soustředěna v Průhonicích. Nachází se zde většina vedení, správa parku, hlavní knihovna, velká část laboratoří, experimentální zahrada, větší část vědeckých oddělení (oddělení taxonomie, geobotaniky, populační ekologie, genetické ekologie, ekologie invazí, mykorhizních symbióz) a redakce Folia Geobotanika. V Třeboni se nachází centrum pro algologii, oddělení synekologie a analytická laboratoř. V Brně je umístěno oddělení ekologie a oddělení experimentální fykologie a ekotoxikologie. Současná vědecká oddělení navazují na práci pracovních skupin, které vznikaly v rámci historických oddělení. V ústavu pracují 2 výzkumná centra - Výzkumné centrum pro bioindikaci a revitalizaci a Centrum pro výzkum biodiverzity.
Botanický ústav zpracovává mnohé badatelské projekty i projekty cíleného výzkumu. Zvláště v poslední době roste zapojení pracovníků Botanického ústavu do velkých mezinárodních projektů. Ústav je zapojen do rámcových programů Evropské unie, podílí se na zpracování vegetační mapy Evropy, flóry světa a na průzkumu Antarktidy. V rámci dohod Akademie věd České republiky rozvíjí ústav spolupráci s řadou příbuzných zahraničních institucí. Spolupracuje s předními českými a slovenskými vysokými školami: Přírodovědeckou fakultou Karlovy Univerzity v Praze, Přírodovědeckou fakultou Masarykovy Univerzity v Brně, Biologickou fakultou Jihočeské Univerzity v Českých Budějovicích, Přírodovědeckou fakultou Univerzity Palackého v Olomouci a Přírodovědeckou fakultou Univerzity P. J. Šafárika v Košicích. Ve spolupráci s nimi zajišťuje postgraduální studium a doktorské studijní programy. Někteří pracovníci na vysokých školách pravidelně přednášejí, zajišťují specializované semináře a vedou diplomové práce studentů. Ústav vypracovává vědecké posudky pro orgány státní správy a provádí poradenskou činnost. Spolupracuje také s orgány ochrany přírody a národními parky.
Vědečtí pracovníci BÚ AV ČR zpracovávají podstatnou část příspěvků do významných českých i mezinárodních botanických publikací vycházejících v České republice a koordinují jejich vydání. Příspěvky pracovníků Botanického ústavu vycházejí pravidelně v zahraničních časopisech a knižních publikacích. Pracovníci ústavu jsou redaktory a členy redakčních rad mnohých mezinárodních časopisů, z nichž je třeba jmenovat Algological Studies, Folia Geobotanica a časopis České botanické společnosti Preslia, které jsou zahrnuty do indexu WOS. Botanický ústav koordinuje vydávání prestižního souborného díla Květena České republiky.
Ústav má široké vědecké zázemí, které zahrnuje knihovnu, herbáře, experimentální zahradu, specializované laboratoře (analýza DNA, analýza izozymů, GIS, analýza obrazu, dvě laboratoře na analýzu půdních vzorků, vody a rostlinné biomasy), dvě terénní stanice (Kvilda a Lužnice). Dále má ústav ekonomicko provozní útvar, který zahrnuje technicko správní úsek, ekonomicko personální úsek a odbor pro vedlejší činnost.
