Laboratoř analýzy DNA se zaměřuje na řešení celé řady problematik a otázek vznikajících v rámci výzkumu v Botanickém ústavu AVČR. Za pomoci analýzy DNA markerů a dalších molekulárně biologických technik se snaží objasnit druhové vztahy (molekulární fylogeneze) a identifikovat druhy a hybridy, obzvláště jsou-li obtížně morfologicky odlišitelné. Rovněž se podílí na vývoji specifických molekulárních markerů pro jednotlivé skupiny organizmů. Cílem jednotlivých projektů je pochopení modelu molekulární evoluce a intragenomických procesů, výzkum struktury klonů u vegetativně se rozmnožujících nebo apomiktických druhů rostlin. Ve středu zájmu stojí také analýza struktury populací, model introgrese ve vztahu ke způsobu reprodukce a ploidii příslušných druhů.