I. Základní disciplíny analytické filosofie

Filosofie jazyka
Petr Koťátko (zakládající člen a vedoucí oddělení) se zaměřil na problémy teorie významu, teorie mluvních aktů a teorie reference, například:

• principy výstavby teorie významu založené na objasnění statutu a vztahů základních sémantických pojmů;
• faktory podílející se na determinaci významů promluv, jako jsou jazykové konvence a jiné typy normativních principů, podmínky určitosti a determinační síly jazykových pravidel (problém "rule-following")
• vztah významů promluv a komunikativních intencí mluvčího;
• vymezení a charakteristika základních typů komunikativních aktů a podmínek jejich úspěšného vykonávání;
• výklad předmětnosti myšlení a komunikace, způsob identifikace myšlených a komunikovaných obsahů: deskriptivismus versus teorie přímé reference, internalismus versus externalismus.

Filosofie vědy
Vladimír Havlík (zakládající člen oddělení) se zabývá filosofickou reflexí a interpretací vývoje vědy, hodnocením vědeckých teorií, filosofickými otázkami interpretace soudobých fyzikálních teorií, fundamentálními změnami v logicko-ontologických východiscích vědy, otázkami adekvátnosti vědeckého obrazu světa a analýzou speciálních pojmů vědeckých teorií.

• hraniční problémy vědy: kvantová kosmologie, problém vakua a tzv. teorie všeho, možnost cestování v čase, nelokálnost a kauzalita v mikrosvětě, otázky teorie superstrun;
• důsledky vývoje kvantové teorie pro fyzikální obraz reality a logicko-ontologické základy fyziky;
• reinterpretace pojmů jako je realita, čas a prostor v kontextu soudobých fyzikálních výzkumů;
• otázky vývoje vědy: problémy kritérií justifikace, zhodnocení, volby a rekonstrukce vědeckých teorií; analýza konceptů vysvětlení, potvrzení a záměny teorií;

Filosofie mysli
Jiří Nosek (zakládající člen oddělení) se soustředí na otázky statutu, struktury a funkcí mentálních stavů, zejména na:

• psycho-fyzický problém
• psycho-lingvistický problém
• problém reprezentační povahy mentálních stavů

Filosofie vědy
Zuzana Parusniková se zabývá filosofií vědy, filosofií medicíny a problémy moderní racionality zvláště v konfrontaci s postmoderními filosofickými trendy. V oblasti filosofie vědy je jejím hlavním zaměřením dílo K.R. Poppera a s ním související diskuse v oblasti kritického racionalismu. Mezi její výzkumná témata patří především:

• Problém falzifikace jako metodologické normy ve vědě i jako imperativu rozumu. Konflikt normativní role racionality a praktické vědecké práce, zvláště v oblasti testování a přijímání hypotéz.
• Problém indukce, který je v kritickém racionalismu označen na logicky nesprávný a fakticky (v procesu nabývání vědění) nepotřebný. Konfrontace této platformy s návrhy modifikovat a zmírnit radikální anti-induktivismus (Laktos, Worrall, Watkins, Musgrave) či ho přímo opustit (Kuhn a skupina sociologie vědy).
• Problém alternativní medicíny z hlediska nedostatečnosti jejího vědeckého, empirického důkazového základu. Hlediska mocenského a prestižního odmítání osvědčených alternativních postupu oficiálním establishmentem. Foucaultova analýza moderní medicíny jako režimu moci založeného na disciplinárních praktikách zaměřených na lidské tělo.
• Kritika logocentrické tradice západního myšlení ze strany postmodernismu. Odmítnutí fundačního modelu rozumu zvláště vlivem Derridovy koncepce nenaplnitelnosti významu znaků a neuchopitelnosti prvotního arché-významu (primum signatum), rozpracované v jeho pojmu différance.

Koncem devadesátých let se činnost oddělení rozšířila o další významnou disciplínu analytické filosofie:

Analytická etika
Marina Barabasová (poloviční úvazek od roku 1998 do roku 2003) se zabývala povahou etických norem a obecněji normativními parametry jednání.

II. Teorie interpretace