Hlavní vědecko-výzkumnou náplní základny je zpracování padesátileté etapy terénních výzkumů v Mikulčicích jako součást řešení archeologických a historických problémů moravského a středoevropského raného středověku, zejména Velké Moravy. V řešených vědecko-výzkumných projektech jde metodicky o široce pojatý sídelně-archeologický výzkum s důrazem na interdisciplinární a mezinárodní spolupráci. Výzkum probíhá v úzké kooperaci s archeology na slovenské straně řeky Moravy. Součástí výzkumu je organizace mezinárodních konferencí a dalších mezioborových pracovních setkání. Probíhá příprava edičních řad věnovaných Mikulčicím a středoevropskému ranému středověku. Pracoviště připravuje odborné podklady pro potřeby památkové péče a prezentace NKP Mikulčice, jehož správu zajišťuje pobočka Masarykova muzea v Hodoníně. Probíhá zde správa dat Státního archeologického seznamu ČR pro okres Hodonín. Již tradičně pracoviště zajišťuje archeologický dohled a „záchranný“ výzkum v zázemí hradiště.