Členové oddělení řeší problematiku pravěkého vývoje (neolit až doba halštatská) na Moravě. V současné době se s ohledem na personální obsazení zaměřují hlavně na problematiku eneolitu a doby bronzové.

Z terénních výzkumů prováděných v posledních letech je nutno zmínit systematický odkryv mohylníku ze starší a střední doby bronzové v Boroticích (okr. Znojmo), sondážní výzkum věteřovského sídliště a šňůrového hrobu v Hulíně (okr. Kroměříž,), sondážní odkryv pohřebiště zvoncovitých pohárů a věteřovského sídliště v Záhlinicích (okr. Kroměříž), záchranný výzkum polykulturního sídliště a pohřebiště v Moravské Nové Vsi - Hruškách (okr. Břeclav) a zjišťovací výzkum rondelu věteřovské skupiny v Šumicích (okr. Znojmo).
V oblasti teoretického výzkumu posledních let byla zvláštní pozornost věnována otázkám štípané industrie mladší a pozdní doby kamenné, výskytu a zpracování mědi v době kamenné (L. Šebela), výskytu a použití zlata v pravěku, pohřebnímu ritu únětické kultury a obecně v pravěku a počátkům středodunajské mohylové kultury (S. Stuchlík).

Oddělení spravuje i depozitář archeologického materiálu z pravěkých výzkumů, umístěný v Dolních Věstonicích.

pracovníci oddělení:

• PhDr. Lubomír Šebela, CSc. (vedoucí)
• prof. PhDr. Stanislav Stuchlík, CSc.
• Brenner Jiří

Oddělení v minulosti

Oddělení bývalo v minulosti mnohem větší a tvořilo ho až 10 pracovníků. Za posledních 25 let v něm postupně působili následují specialisté:

• Paleolit: Doc. RNDr. Bohuslav Klíma, DrSc. (†), prof. PhDr. Jiří Svoboda, CSc.
• Neolit: PhDr. Kateřina Geislerová, PhDr. Rudolf Tichý, CSc. (†)
• Eneolit: PhDr. Petr Dvořák, PhDr. Anna Medunová, CSc. (†), PhDr. Ivo Rakovský, CSc. (†), PhDr. Miroslav Šmíd
• Doba bronzová: PhDr. Jaromír Ondráček (†), CSc., PhDr. Jiří Říhovský, CSc., PhDr. Jana Stuchlíková, CSc. (†), PhDr. Antonín Štrof, CSc.
• Doba halštatská: PhDr. Jindra Nekvasil, CSc., PhDr. Petr Vitula

Projekty ukončené:

• Das prähistorische und keltische Gold in Bayern, Böhmen und Mähren Raum: Mettalurgie und Herkunft - mezinárodní projekt v letech 1992-1995 podporovaný nadací Volkswagen (spoluřešitel S. Stuchlík) 
• Paleometalurgie der Kupferzeit und frühen Brozezeit Mitteleuropas - mezinárodní projekt mezi Univerzitou v Saarbrückenu, Katedrou archeologie a rané doby dějinné FF UK v Praze a Archeologickým ústavem AV ČR v Brně řešený od roku 1992-2004 (spoluřešitel L. Šebela) 
• Analýza neolitického sídliště v Mohelnici u Zábřehu - projekt GA ČR v letech 2001-2003 (řešitel S. Stuchlík, spoluřešitelé K. Geislerová ÚAPP Brno, R. Tichý Univerzita Hradec Králové) 
• Historický vývoj jižní Moravy na počátku doby bronzové - projekt GA AV ČR na léta 1992-1994 (řešitel S. Stuchlík, spoluřešitel J. Stuchlíková) 
• Pravěká pohřebiště v Moravské Nové Vsi - Hruškách - publikační projekt GA AV ČR pro rok 1996 (řešitel S. Stuchlík, spoluřešitel J. Stuchlíková) 
• Historický vývoj jižní Moravy na přelomu starší a střední doby bronzové - projekt GA AV ČR v letech 2000-2003 (řešitel S. Stuchlík) 
• Výzkum a evidence archeologických kulturních památek a nálezu v oblasti výstavby vodního díla Nové Mlýny, okr. Břeclav - projekt GA MK ČR v letech 1996-1998 (řešitel S. Stuchlík, členové týmu: D. Jelínková, B. Kavánová, L. Šebela a další)
• Pozdní eneolit na Moravě: soupis pohřebišť KZP na Moravě - projekt GA AV ČR na léta 2002-2006 (řešitel: L. Šebela; spoluřešitel: A. Přichystal)
• Výšinná osada lidu badenské kultury v Hlinsku u Lipníku nad Bečvou - projekt GA ČR na léta 2003-2005 (řešitel: L. Šebela)

Současné projekty

• Chipped Stone Industry: mezinárodní česko-polský projekt zabývající se problematikou kamenné štípané industrie v pozdní době kamenné a ve starší době bronzové, uzavřený s PAN/Oddział Kraków (od r. 1993 do současnosti) a Polskou akademií Umiejetności, Kraków (od 2008 do současnosti). Řešitel za českou stranu: L. Šebela a za polskou: J. Kopacz
• Pozdní eneolit na Moravě v kontextu pravěkého vývoje střední Evropy: projekt GA AV ČR na léta 2007-2011), řešitel: L. Šebela