- Apriorní, syntetické a analytické od středověku po současnou filosofii, řešitel P. Dvořák
- Člověk jako normativní tvor, řešitel J. Peregrin
- Filosofie Ludwiga Wittgensteina: systematický průvodce, řešitel P. Glombíček
- Filosofické směry v počátcích Karlovy Univerzity: filosofické myšlení dominikánských lektorů v Praze od r. 1347 do r. 1400, řešitel E.Jindráček
- Filosofické výzkumy tělesnosti: transdisciplinární perspektivy, řešitel K. Novotný
- Formální a historický přístup k epistemologii, řešitel T. Childers
- Individuální a soukromé z perspektivy filosofie jazyka, řešitel O. Beran
- Interpretace k Hérakleitovi a Parmenidovi, řešitelka H. Kurzová
- Jan Amos Komenský jako místo paměti. Polyvalentni imaginace paměti a (re)konstruování kánonu, řešitelka L. Řezníková
- Logické základy sémantiky, spoluřešitel J. Peregrin
- Manželství, rodina a domácnost ve středověké filosofii: Studie a edice komentáře Bartoloměje z Brugg k pseudo-aristotelským Ekonomikám, řešitel P. Blažek 
- Překonání subjektivismu ve fenomenologii: Přínos Patočkovy koncepce zjevování, řešitel J. Frei
- Současné přístupy v historické epistemologii, řešitel T. Dvořák
- Soužití křesťanského a židovského obyvatelstva ve středověkých Čechách, spoluřešitel M. Musílek
- Temporální aspekty znalostí a informací, řešitel P. Materna
- Tovární města Baťova koncernu, řešitel O. Ševeček, www projektu
- Základy současné logické analýzy, řešitel V. Svoboda

Projekty financované Grantovou agenturou Akademie věd České republiky (6)
- Anarchismus v proměnách 20. století. Osobnosti a myšlenky, řešitel V. Tomek 
- Antická inspirace v českém barokním umění, řešitel J. Bažant 
- Fenomenologie vnímání a ontologie světa u Merleau-Pontyho, spoluřešitel O. Švec - www projektu
- Filosofická rovina učení Mistra Jeronýma Pražského v českém a evropském kontextu, řešitel O. Pavlíček
- Hegelova filosofie náboženství, řešitel I. Landa
- Rituály, ceremonie a festivity ve střední Evropě 14. a 15. století, řešitel F. Šmahel

Projekty Ministerstva školství mládeže a tělovýchovy (3)
- Centrum bib­lických stu­dií, spolu­ře­ši­tel J. Dus
- Centrum globálních studií, řešitel M. Hrubec
- Křes­ťan­ství a čes­ká společnost ve stře­do­vě­ku: normy a skutečnost (ev­ropské souvislosti českého tématu), řešitel P. Sommer

Program interní podpory projektů mezinárodní spolupráce AV ČR (4)
- Jazyk, realita, fikce: filosofie a literární teorie o zdrojích a determinantách významu, hlavní řešitel: P. Koťátko
- Přechod od imitací k inovacím jako sociální a kulturní proces, hlavní řešitel: J. Loudín 
- Reforma a kompaktáta: nové konfigurace světské a církevní moci v epoše basilejského koncilu, hlavní řešitel: F. Šmahel
Dlouhodobé pobyty na zahraničním pracovišti
- D. Heider, Problém univerzálií v raně novověké akademické filosofii 17. století (Německo, UNI Regensburg) 

Projekty Ministerstva kultury(1)
- Kultura a umění benediktinského řádu ve střední Evropě 800-1300, spoluřešitelé P. Sommer, D. Foltýn, J. Kremer, P. Mašková, J. Žemlička

Zahraniční projekty (4)
- ERC Starting Independent Researcher Grant, The Origins of the Vernacular Mode, hlavní řešitelka P. Rychterová
- grant A. W. Mellon Foundation, Cultures of Knowledge. An Intellectual Geography of the Seventeenth Century Republic of Letters, spoluřešitel V. Ur­bá­nek
- European Science Foundation, EUROCORES - LogiCCC, Logické modely usuzování s vágními informacemi, spoluřešitel O. Majer
- Australian Research Council Discovery Grant, Judgment, Responsibility, and the Life-World: The Phenomenological Critique of Formalism, spoluřešitel I. Chvatík

Interní startovací projekty AV ČR (ukončené řešení)
- Ivan Landa, Metoda a subjektivita: teorie subjektivity a problém metody v Hegelově Vědě o logice 
- Hana Fořtová, Příroda a přirozenost: pojem "nature" Montesquieuově díle O duchu zákonů
- Ondřej Švec, Dichotomie přirozeného a vědeckého pojetí světa z hlediska fenomenologie
- Efrém Jindráček, Filosofické myšlení prvních dominikánských lektorů na UK v Praze

Mezinárodní projekty řešené v letech 2005-2009