|
Ministerstvo školství, mládeže a tělovýchovy LC06063 FLUORESCENČNÍ MIKROSKOPIE V BIOLOGICKÉM A LÉKAŘSKÉM VÝZKUMU řešitel - koordinátor - Prof. Martin Hof, Dr. rer.nat., DSc. ................................................................ (podpis) za příjemce - koordinátor - Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. (IČ: 61388955 ) ředitel prof. RNDr. Zdeněk Samec, DrSc. ................................................................ (podpis, razítko) Verze zprávy: 1 Zpracováno dne: |
| IČ organizace | 61388955 |
| Obchodní jméno - název | Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. |
| zastoupený/á/é | |
| Zkratka názvu | ÚFCH JH |
| Role organizace | příjemce - koordinátor |
| Vazba na organizaci | 61388955 |
| Druh organizace | Veřejná výzkumná instituce (zákon č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích) |
| Adresa sídla, spojení na organizaci | |
| - ulice, čp./č.or. | Dolejškova 2155/ 3 |
| - PSČ, obec | 18223 Praha 8 |
| - stát | Česká republika |
| - telefon | 266052011 |
| - http:// | www.jh-inst.cas.cz |
| Bankovní spojení | |
| -DIČ | CZ61388955 |
| - banka kód, název | 0300 - ČSOB, Ke Stírce 50, Praha 8 |
| - číslo účtu, sp.symbol | 101307992/0300, |
| Statutární zástupce | |
| - titul před, jméno, příjmení, titul za | prof. RNDr. Zdeněk Samec DrSc. |
| - 7. pád jména a příjmení | prof. RNDr. Zdeňkem Samcem DrSc. |
| - funkce | ředitel |
| - 7. pád funkce | ředitelem |
| - telefon | 266052011 |
| - mobil | |
| - fax | 286582307 |
| director@jh-inst.cas.cz | |
| IČ organizace | 67985823 |
| Obchodní jméno - název | Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. |
| zastoupený/á/é | zastoupený |
| Zkratka názvu | FgU |
| Role organizace | příjemce |
| Vazba na organizaci | 67985823 |
| Druh organizace | Veřejná výzkumná instituce (zákon č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích) |
| Adresa sídla, spojení na organizaci | |
| - ulice, čp./č.or. | Vídeňská 1083/ 270 |
| - PSČ, obec | 14220 Praha 4 |
| - stát | Česká republika |
| - telefon | 296441111 |
| - http:// | www.biomed.cas.cz/fgu |
| Bankovní spojení | |
| -DIČ | CZ 67985823 |
| - banka kód, název | 0710 - ČNB, Praha 1 |
| - číslo účtu, sp.symbol | 13429041/0710, |
| Statutární zástupce | |
| - titul před, jméno, příjmení, titul za | RNDr. Lucie Kubínová CSc. |
| - 7. pád jména a příjmení | RNDr. Lucií Kubínovou CSc. |
| - funkce | ředitelka |
| - 7. pád funkce | ředitelkou |
| - telefon | 296 442 424 |
| - mobil | |
| - fax | 296 442 488 |
| fgu@biomed.cas.cz | |
| IČ organizace | 00216208 |
| Obchodní jméno - název | Univerzita Karlova v Praze, Fakulta Přírodovědecká |
| zastoupený/á/é | zastoupená |
| Zkratka názvu | PřF UK |
| Role organizace | příjemce |
| Vazba na organizaci | 00216208 |
| Druh organizace | Veřejná nebo státní vysoká škola (zákon č. 111/1998 Sb., o vysokých školách a o změně a doplnění dalších zákonů (o vysokých školách) |
| Adresa sídla, spojení na organizaci | |
| - ulice, čp./č.or. | Ovocný trh / 3/5 |
| - PSČ, obec | 11636 Praha 1 |
| - stát | Česká republika |
| - telefon | 224491289 |
| - http:// | www.cuni.cz, www.natur.cuni.cz |
| Bankovní spojení | |
| -DIČ | CZ00216208 |
| - banka kód, název | 0100 - Komerční banka |
| - číslo účtu, sp.symbol | 3064490217, |
| Statutární zástupce | |
| - titul před, jméno, příjmení, titul za | prof. RNDr. Václav Hampl DrSc. |
| - 7. pád jména a příjmení | prof. RNDr. Václavem Hamplem DrSc. |
| - funkce | rektor |
| - 7. pád funkce | rektorem |
| - telefon | 224491312-4 |
| - mobil | |
| - fax | 224491629 |
| rektor@cuni.cz | |
| IČ organizace | 68378050 |
| Obchodní jméno - název | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. |
| zastoupený/á/é | zastoupený |
| Zkratka názvu | ÚMG AV ČR, v.v.i. |
| Role organizace | příjemce |
| Vazba na organizaci | 68378050 |
| Druh organizace | Veřejná výzkumná instituce (zákon č. 341/2005 Sb., o veřejných výzkumných institucích) |
| Adresa sídla, spojení na organizaci | |
| - ulice, čp./č.or. | Vídeňská 1083/ |
| - PSČ, obec | 14220 Praha 4 |
| - stát | Česká republika |
| - telefon | 241063215 |
| - http:// | http://www.img.cas.cz/ |
| Bankovní spojení | |
| -DIČ | CZ68378050 |
| - banka kód, název | 0100 - KB pobočka Praha 6 |
| - číslo účtu, sp.symbol | 19-8482430287, |
| Statutární zástupce | |
| - titul před, jméno, příjmení, titul za | prof. RNDr. Václav Hořejší CSc. |
| - 7. pád jména a příjmení | prof. RNDr. Václavem Hořejším CSc. |
| - funkce | ředitel |
| - 7. pád funkce | ředitelem |
| - telefon | 241062465 |
| - mobil | |
| - fax | 224310955 |
| horejsi@img.cas.cz | |
| Pč. | Typ | Popis |
|---|---|---|
| 1 | změny v projektovém týmu a řešitelských týmech | Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Z řešitelského týmu odešel v polovině roku 2011 Ing. Chmátal z důvodu změny zaměstnavatele, místo něj byla placena za technickou výpomoc Ing. Kateřina Dlouhá. Mgr. Hana Ujčíková zůstala v r. 2011 v řešitelském týmu. Na plný úvazek byl zaměstnán člen řeš. týmu Mgr. Pavel Ostašov, PhD. Mgr. Vyhnal přerušil ze zdravotních důvodů v roce 2011 práci i doktorské studium a nebyl proto členem řešitelského týmu po celý rok 2011. |
| 2 | změny v projektovém týmu a řešitelských týmech | Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dr. Shirly Espinoza přijala pracovní pozici ve Spojených státech a opustila řešitlský tým v červenci. Dr. Anna Markiewicz ze zdravotních důvodů omezila svoji činnost v řešitelském týmu. Na jednu z uvolněných pozic v týmu byla na základě konkurzu přijata Dr. Mariana Amaro. Finanční prostředky na zbývající pozici byly použity ke krátkodobému navýšení úvazků následujících členů řešitelského týmu: Dr. Heyrovský, Dr. Kral, Mgr. Beranová. Studentka postgraduálního studia Mgr. Kateřina Novotná přerušila studium a opustila řešitelský tým. |
| 3 | změny v projektovém týmu a řešitelských týmech | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. Mgr. Jiří Kumpošt ukončil v říjnu studium Ph.D. obhajobou. |
| 4 | změny v projektovém týmu a řešitelských týmech | Univerzita Karlova v Praze, Fakulta Přírodovědecká Mgr. Belovičová na podzim 2011 úspěšně obhájila magisterský titul a pokračuje v postgraduálním studiu. Od tohoto termínu spolu s Mgr. Kuznetsovem přestali být placeni z centra a na řešení jeho problematiky se nadále podílejí jako studenti. |
| Číslo | Dílčí cíl podrobně | Datum plnění | |
|---|---|---|---|
| 01 |
Dílčí cíl Vývoj a aplikace fluorescenčních metod s citlivostí jednotlivých molekul a technik zlepšujících prostorové rozlišení ve fluorescenční mikroskopii. Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle a) Omezená prostorová rozlišovací schopnost představuje jednu z hlavních limitací optické mikroskopie. Z toho důvodu byla v rámci dílčího cíle V001 původního projektu započata konstrukce aparatury umožňující dosažení vyššího rozlišení pomocí metody DSOM (dynamic saturation optical microscopy Humpolíčková et al. Biophysical Journal 2009, 97: 2623). Jako další krok je plánována konstrukce mikroskopické aparatury pro zobrazování pomocí metody PALM (photo-activated localization microscopy), která patří mezi nejslibněji se rozvíjející mikroskopické techniky dosahující lepší rozlišovací schopnosti. Obě mikroskopické techniky budou v rámci prodlouženého projektu testovány a optimalizovány pro zobrazování biologických vzorků. b) Fluorescenční mikroskopie umožňuje kromě zobrazování objektů také získávat informace o dynamických procesech na molekulární úrovni jako například o difúzi či vázání molekul. Tyto informace mohou být velmi přínosné při studiu biologicky relevantních problémů v buňkách či molekulárních modelových systémech. Zde se uplatňuje zejména metoda fluorescenční korelační spektroskopie (FCS) a řada technik od ní odvozených jako například její kombinace s měřením doby života fluorescence (FLCS). V rámci prodlouženého projektu bude pokračovat využívání FCS a FLCS ke studiu interakce peptidů a proteinů s biologickými membránami (Štefl et al. Biophysical Journal 2009, 97: L01) či kondenzace DNA. Nově bude používána metoda RICS (raster image correlation spectroscopy), která má velký potenciál pro studium dynamiky molekul v živých buňkách. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Hlavním výstupem bodu a) jsou plně funkční mikroskopické aparatury umožňující zobrazování s zvýšeným prostorovým rozlišením pomocí metod DSOM a PALM. Výsledky získané aplikací metod uvedených v bodech a) a b) budou publikovány v mezinárodních časopisech s impaktním faktorem a prezentovány na mezinárodních odborných setkáních. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle Tento dílčí cíl navazuje na dílčí cíle V001 a V002 původního projektu, které podle počtu publikovaných výsledků patří k jeho nejúspěšněji plněným dílčím cílům. V rámci plnění těchto cílů byly rozvinuty fluorescenční metody s citlivostí jednotlivých molekul a tyto techniky byly použity například k výzkumu molekulárního mechanismu kondenzace DNA či interakce antimikrobiálních peptidů s lipidovými membránami. Dále byla postavena mikroskopická aparatura umožňující zvýšení rozlišovací schopnosti metodou DSOM. V rámci prodloužení projektu bude umožněn další rozvoj těchto pokročilých technik a dosažených zkušeností s jejich aplikací k řešení biologicky relevantních problémů. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 02 |
Dílčí cíl Vývoj modelových systémů biologických membrán založených na polarizovatelném kapalném rozhraní a jejich využití ke studiu membránových pochodů elektrochemickými a fluoroscenčními technikami. Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle Příprava a vlastnosti kovalentně vázané monovrstvy povrchově aktivních thiolů na polarizovaných rozhraních vody a kapalných amalgám. Vytvoření monovrstvy stabilní v definovaném rozsahu potenciálů je možné využít pro tvorbu modelové fosfolipidové dvojvrstvy nebo pro vývoj selektivních analytických senzorů. V prvním případě se jedná o vytvoření kovalentně vázané monovrstvy fosfolipidů, v druhém o vrstvu ligandu schopného vytvářet komplex se sledovanou látkou. V obou případech se využívá specifické vazby atomu síry s amalgamou. Lze předpokládat, že potenciálový rozsah stability této vazby bude závislý na kovu tvořícím amalgam. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Výsledky budou zpracovány tak, aby je bylo možné využít pro další vývoj modelových biologických membrán a biosenzorů, vhodných jak pro elektrochemická tak i spektroskopická měření. Získané výsledky budou publikovány v mezinárodních impaktovaných časopisech a předneseny na odborných konferencích. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle Dosavadní výsledky získané při řešení tohoto dílčího cíle a řada kvalitních publikací v mezinárodních impaktovaných časopisech jsou zárukou úspěšného splnění navrhovaného výzkumu. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 03 |
Dílčí cíl Vývoj nových metod pro předzpracování a analýzu trojrozměrných obrazových dat získaných konfokální a dvoufotonovou mikroskopií. Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle Dílčí cíl navazuje na dílčí cíl V004, řešený v prvních pěti letech projektu. Výsledkem budou nové metody a softwarové moduly, analýza a 3D vizualizace mikroskopických obrazových dat, nasnímaných zejména ve spolupráci s biologicky zaměřenými řešitelskými týmy, zapojenými do Centra. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Získané výsledky budou publikovány v mezinárodních recenzovaných impaktovaných časopisech a prezentovány na mezinárodních konferencích. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle Metody, dále rozvíjené a testované v rámci tohoto cíle, byly vyvinuty při plnění dílčího cíle V004 v průběhu prvních pěti let projektu. Zkušenosti a odborné zaměření týmu Dr. Kubínové (odd. biomatematiky, FgÚ) dávají záruky pro úspěšné dořešení všech teoretických aspektů dílčího cíle a pro zajištění optimálního technického i programátorského zázemí. K dispozici je i potřebné přístrojové (konfokální a dvoufotonový mikroskop), počítačové a programové vybavení. Úspěšné dosažení cíle závisí na prodloužení financování projektu, bez kterého by nebylo zaručeno dostatečné personální zajištění. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 04 |
Dílčí cíl Analýza významu hydrofobní zóny buněčné membrány a interfáze membrána - voda v regulaci hormonální odpovědi Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle Rovnovážná a časově dynamická fluorescence DPH bude použita pro charakterizaci hydrofobní zóny buněčné membrány. Interfáze membrána-vodné médium bude studována s pomocí fluorescence TMA-DPH a Laurdanu (GP spektra). V paralelních pokusech bude provedeno stanovení funkční aktivity GPCR (DOR, TRH-R). Studie bude provedena na membránových preparátech isolovaných z buněčných linií HEK 293, které exprimují opioidní receptory typu delta a receptory pro thyreoliberin, TRH-R. Pokusíme se rozlišit nespecifické membránové projevy od specifických projevů hormonální akce vyvolaných fyziologicky účinnými isomery (chirálními formami) příslušných ligandů. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Získané výsledky budou publikovány v mezinárodních impaktovaných časopisech a prezentovány na mezinárodních vědeckých konferencích. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle Při plnění tohoto dílčího cíle prodlouženého projektu budou využity metodiky vypracované a zavedené při plnění dílčího cíle V005 původního projektu ve spolupráci s partnerskými pracovišti Dr. Hofa a Dr. Kubínové. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 05 |
Dílčí cíl Aplikace fluoroforových párů pro značení bílkovin (receptorů a G-proteinů) jež umožní sledování distribuce a interakce dvou molekul za různých fyziologických a farmakologických podmínek in vivo a neovlivní jiné procesy v buňkách. Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle a)Využití fluoroforů pro studium funkce receptorů. Pro pochopení funkce receptorů, enzymů, strukturálních a dalších proteinů všeobecně je nezbytné vyvíjet takové detekční systémy, které umožní sledování změny konformace proteinu, nebo asociace dvou proteinů v buňkách v reálném čase. Nově aplikované metodiky využívající fluorescenční sondy při sofistikované detekci a adekvátní analýze povedou k popsání principů fungování receptorů pro neuropřenašeče, jež zatím nebylo možno studovat v detailu. V aplikaci fluoroforů při sledování biologických dějů je nutné vyloučit vliv označení biomolekul na jejich vlastnosti (MARTIN BR, GIEPMANS BNG, ADAMS SR AND TSIEN RY, Mammalian cell−based optimization of the biarsenical-binding tetracysteine motif for improved fluorescence and affinity, Nature Biotechnology 23, 1308 - 1314 (2005)). Tyto vlivy mohou být způsobeny velikostí tagu (26 kDa u GFP a jeho derivátů), toxicitou, či nespecificitou interakce tagu. tyto "nežádoucí účinky" bude nutné identifikovat a poté budeme vyvíjet takové podmínky, které je budou minimalizovat. Jednou z aplikací, které budeme paralelně používat, je BRET technologie (Bioluminiscence resonance energy transfer). Výhodou metodologie BRET je vhodnost aplikace na mnohobuněčné systémy. Zde je zdrojem excitovaného záření například rozklad koelenterazinu, katalyzovaný enzymem luciferázou. Uvolněná energie je přenesena na blízký fluorescenční protein. K jeho excitaci a tudíž i k emisi záření dochází v případě asociace nosiče luciferázy (donor) a molekuly asociované s GFP (akceptor). Tato metodika bude rozvíjena souběžně s metodologií FRET jako její eventuelní alternativa v některých specifických případech. Zde se bude například jednat o kontrolní experimenty vedoucí k ověření výsledků získaných měřením FRET v jednotlivých buňkách. Jedním z výsledků bude otestování a porovnání různých fluoroforů pro zkoumání strukturálně-funkčních závislostí receptorů spřažených s G-proteiny. Jelikož některé výsledky se dají na základě našich prací i výsledků jiných laboratoří předpokládat, tento systém je ideální pro zavedení nové technologie. (V. HLAVACKOVA, J. KNIAZEFF, C. GOUDET, A. ZIKOVA, D. MAUREL, C. VOL, J. TROJANOVA, L. PRÉZEAU, J-P. PIN AND J. BLAHOS: Evidence for a single heptahelical domain being turned on upon activation of a dimeric GPCR, EMBO Journal 2005,vol 24,s 499–509). Všechny membránové proteiny jsou součástí složité sítě složené z interagujících proteinů. Po zavedení této technologie budeme rozšiřovat tuto aplikaci na značení a sledování dalších asociovaných proteinů a jejich vztahu k námi studovaným receptorům spřažených s G-proteiny. (C. GOUDET, J.KNIAZEFF , V. HLAVACKOVA, F. MALHAIRE, D. MAUREL, F.ACHER, J. BLAHOS, L. PREZEAU AND J-P. PIN: Asymetric functioning of dimeric metabotropic glutamate receptors disclosed by positive allosteric modulators, The Journal of Biological Chemistry 2005 , vol 280(26),s 24380-24385). Tyto asociované proteiny budou vybrány buď experimentálně (yeast-two hybrid, ko-imunoprecipitace, pull-down) a nebo z literatury. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Výsledky budou dokumentovány ve formě publikací v recenzovaných časopisech. Vyvinuté metodiky budou dány k dispozici dalším partnerům v centru a v případě zájmu dalším zájemcům. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle Kritický předpoklad použití fluoroforů pro sledování biologických dějů je vyloučení jejich interference se sledovanými i jinými procesy v buňkách. Dochází tak k nutnosti ověření, že aplikace molekul s fluorescenčními vlastnostmi a jejich navázání na sledované bílkoviny neovlivní ani distribuci ani funkce sledovaných molekul. K ověření eventuelního ovlivnění signalizace receptory a jejich aktivaci G-proteiny budeme sledovat funkční odpovědi na přítomnost ligandů receptoru za nativních podmínek a ty srovnávat s podmínkami experimentu za přítomnosti fluoroforů. Ve funkčních testech za použití transformovaných buněk nativními a rekombinantními receptory či jinými proteiny tak bude možné porovnat eventuální modifikace výsledků. Předpokladem úspěšného řešení pak bude identifikovat takovou polohu vazebného místa na sledované bílkovině pro navázání fluoroforu, aby po navázání nedocházelo ke změně vlastností proteinu. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 06 |
Dílčí cíl Nové poznatky o specifické lokalizaci buněk nesoucích vybrané transportery, případně proteiny dalších buněčných kompartmentů v různých oblastech kolonií laboratorních a přírodních kvasinkových kmenů. Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle Dílčí cíl prodlouženého projektu navázal především na body "c" a "d" dílčího cíle "8" původního projektu, které se ukázaly být nejnosnějším směrem této části řešené problematiky. Pro řešení tohoto cíle jsme využili novou unikátní techniku přípravy preparátů kolonií a jejich analýzy pomocí dvoufotonové konfokální mikroskopie, která umožňuje studium 3-dimensionální ultrastruktury kolonie (technika byla vypracována ve spolupráci týmu UK a laboratoře konfokální mikroskopie dr. Kubínové FgU AV ČR v předchozích letech trvání centra). Tuto techniku jsme v r. 2011 použili ve spolupráci s partnerem jednak pro analýzu specifické lokalizace vybraných proteinů plasmatické membrány, případně i proteinů dalších buněčných kompartmentů s cílem získat informace o specifických procesech probíhajících v koloniích laboratorních a přírodních kmenů. (viz aktivita ZP01). Pro analýzy pomocí 2-fotonové mikroskopie jsme připravili řadu kvasinkových kmenů nesoucích vybrané proteiny značené fluorescenčním proteinem a paralelně jsme zavedli techniky barvení vybranými fluorescenčními sondami (např. Nile Red pro detekci lipidických partikulí, DAPI pro vizulizaci DNA, lektiny konjugované s fluorescenční sondou pro barvení buněčné stěny a pod.). V rámci prodlouženého projektu jsme využili nově zavedenou techniku monitorování změn intracelulárního pH buněčných kompartmentů pomocí měření změn emisního spektra fluorescenčních proteinů pHluorinu a mCherry konfokálním mikroskopem (Pineda et al., publikace v recenzním řízení) u buněk z kolonií v různé fázi vývoje. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Získané výsledky byly prezentovány na mezinárodních konferencích a staly se součástí publikací v mezinárodních recenzovaných impaktovaných časopisech. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle V průběhu řešení projektu byly zavedeny klíčové techniky umožňující řešení tohoto dílčího cíle. Díky prodloužení financování projektu byl tento dílčí cíl beze zbytku splněn. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 07 |
Dílčí cíl Zjištění dynamických interakcí jaderných proteinů, podílejících se na organizaci buněčného jádra a na genové expresi. Indikátory dosažení - výsledky dílčího cíle Funkční organizace jádra a regulace jaderných funkcí je podmíněna jeho prostorovou organizací na všech úrovních - od makromolekulárních komplexů po rozsáhlé subjaderné kompartmenty. Již jsme publikovali nové získané výsledky, i ve spolupráci s účastníky tohoto projektu, navrhujeme proto pokračovat a výsledky doplnit o další detaily. Hlavní směry výzkumu zústanou stejné, jako v uplynlém období, s následujícími dílčími cíli: a) Zjištění dynamiky jaderného myosinu a jeho interakcí s vazebnými partnery v transkripci genů. c) Zjištění dynamiky lipidického komponentu jádra - PIP2, který jsme identifikovali jako důležitého vazebného rtnera jaderného myosinu. d) Zjištění dynamiky obou isoforem myosinu IC v jádře, neboť podle našich zjištění obě formy mohou vstupovat do jádra. Vzhledem k důležitým funkcím těchto molekul/struktur v buněčném jádře mohou mít výsledky v delší perspektivě význam pro odhalení podstaty některých onemocnění. Prostředky ověření - Forma zpracování a předání výsledku dílčího cíle Získané výsledky budou publikovány v mezinárodních časopisech s recensním řízením a presentovány na předních mezinárodních vědeckých setkáních. Kritické předpoklady dosažení dílčího cíle Veškeré pracovní nástroje (myší knock-out, myší buněčné linie, konstrukty) již byly připraveny, limitujícím faktoprem je spíše kvalita protilátek pro imunoprecipitace, neboť nízký výtěžek dělá obtížným identifikaci vazebných partnerů na MALDI. |
1.1.2011 - 31.12.2011 | |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/01/2011 |
| Název výsledku |
| Objasnění interakce peptidu arenicinu-1 s neutrálními a záporně nabitými lipidovými membránami |
| Abstrakt |
| Komplementární experimentální techniky, zejména laserová řádkovací mikroskopie a fluorescenční korelační spektroskopie byly využity k charakterizaci změn ve struktuře a dynamice biologických membrán vyvolaných působením vybraných antimikrobiálních peptidů. Konkrétně byla studována membránová aktivita peptidu arenicin-1. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CF, 2.- CE, 3.- BO, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla studována difúze fluoroscenčně zančených lipidů a fluorescenčně značených peptidů v lipidových membránách. Použitím techniky Z-scan FCS bylo možné nejen vyhnout se problémům s kalibrací detekčního objemu ale také studovat střední kvadratický posun jako funkci časového intervalu. Z takové analýzy difúze je možné odhalit přítomnost nehomogenit v membráně, které jsou pod rozlišovací schopností optické mikroskopie. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Pomocí fluoroscenční korelační spektroskopie byla ukázán vliv povrchového náboje lipidové membrány na způsob, jakým s ní interaguje peptid arenicinu-1. Záporný povrchový náboj přítomný v membránách prokaryotických buněk vede ke vzniku peptido-lipidových domén. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hof Martin Prof. DSc. |
| Spojení | 266053264 286582307 martin.hof@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2155 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Macháň R, Hof M, Chernovets T, Zhmak MN, Ovchinnikova TV, Sýkora J. Formation of arenicin-1 microdomains in bilayers and their specific lipid interaction revealed by Z-scan FCS. Anal Bioanal Chem 2011, 399:3547-54. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/02/2011 |
| Název výsledku |
| Zavedení metody RICS (Raster Image Correlation Spectroscopy) a její využití ke studiu materiálů pro tkáňové inženýrství |
| Abstrakt |
| Technika RICS využívá laerový řádovací mikroskop ke studiu difúze molekul. Pomocí této techniky je možné měřit difúzi o velké škále rychlostí a na relativně velké ploše současně. Zde byla technika využita k charakterizaci difúze makromolekul o různé velikosti skrz nanotextilie tvořené z různých polymerních materiálů, které mají využití v tkáňovém inženýrství. Data byla interpretována s využitím nově vyvinuté teorie popisující vliv vázání difundujících molekul k nehybným strukturám na korelační funkci. Metoda RICS byla porovnána s jinou technikou - FRAP. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CF, 2.- CE, 3.- BO, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla použita nová, málo rozšířená, technika měření difúze molekul (RICS). Byla charakterizována difúze v nových materiálech - nanotextiliích, které mají slibné aplikace v tkáňovém inženýrství i jiných odvětvích. Zároveň byla vyvinuta teorie popisující vliv vázání difundujících molekul k nehybným strukturám na korelační funkci. Tato teorie byla použita k interpretaci naměřených dat. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Významnými charakteristikami materiálů používaných jako strukturní podklad pro tkáňové inženýrství je difúze makromolekul těmito materiály a vázání makromolekul na tyto materiály. Obojí bylo charakterizováno pro 2 materiály o různém složení pomocí dvou různých metod (RICS a FRAP). |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hof Martin Prof. DSc. |
| Spojení | 266053264 286582307 martin.hof@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2155 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Norris SCP, Humpolíčková J, Amler E, Huranová M, Buzgo M, Macháň R, et al. Raster image correlation spectroscopy as a novel tool to study interactions of macromolecules with nanofiber scaffolds. Acta Biomaterialia 2011, 7:4195-203. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/03/2011 |
| Název výsledku |
| Objasnění vlivu iontů a oxidovaných lipidů na vlastnosti lipidových membrán |
| Abstrakt |
| Fosfolipidové dvojvrstvy tvoří základ biologických membrán a jsou zodpovědné za jejich hlavní vlastnosti. Změny v uspořádání a pohyblivosti lipidů v membránách mohou mít zásadní vliv na jejich biologické vlastnosti. S využitím fluorescenčních technik, zejména časově rozlišeného měření relaxace rozpouštědla, byl studován vliv iontů a oxidovaných fosfolipidů na vlastnosti lipidových membrán. Experimenty byly doplněny molekulárně dynamickými simulacemi, které umožnily interpretovat změny na submolekulární úrovni. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CF, 2.- CE, 3.- BO, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byly kombinovány experimenty (časově rozlišená fluorescenční spektroskopie) a molekulárně dynamické simulace. Simulace poskytují detailní popis struktury a dynamiky memnrán na submolekulární úrovni a pomáhají tak interpretovat experimentální data. Experimenty naopak přispívají k potvrzení správnosti výsledků simulací. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| 1) Monovalentní kationty vedou k snížení pohyblivosti a hydratace lipidů v membráně v hloubce odpovídající karobonylovým skupinám. Simulace ukázaly, že kationty pronikají do membrány a mohou spojovat několik lipdových molekul dohromady. 2) Přítomnost oxidovaných fosfolipidů v membráně vede k větší pohyblivosti lipidů mezi jednotlivými listy membrány. To vede přirozeně ke ztrátě asymetrie membrány, což má důležité biologické důsledky. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hof Martin Prof. DSc. |
| Spojení | 266053264 286582307 martin.hof@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2155 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Volinsky R, Cwiklik L, Jurkiewicz P, Hof M, Jungwirth P, Kinnunen PKJ. Oxidized Phosphatidylcholines Facilitate Phospholipid Flip-Flop in Liposomes. Biophys J 2011, 101:1376-84. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 01 | Jurkiewicz P, Cwiklik L, Vojtíšková A, Jungwirth P, Hof M. Structure, dynamics, and hydration of POPC/POPS bilayers suspended in NaCl, KCl, and CsCl solutions. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) - Biomembranes 2011, DOI: 10.1016/j.bbamem.2011.11.033. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Jurkiewicz P, Cwiklik L, Jungwirth P, Hof M. Lipid hydration and mobility: An interplay between fluorescence solvent relaxation experiments and molecular dynamics simulations. Biochimie 2011, 94:26-32. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/04/2011 |
| Název výsledku |
| Charakterizace nových nosičů pro nevirální genovou terapii |
| Abstrakt |
| Jedním z hlavních problémů genové terapie je transport DNA do cílových buněk. Z toho důvodu jsou stále hledány nové potenciální nosiče DNA a optimalizovány jejich vlastnosti. S yužitím meto fluorescenční korelační spektroskopie (FCS a FLCS) byly charakterizovány vlastnosti nově syntetizovaných potenciálních přenašečů. Byla studována jejich interakce s DNA ale také s biologickými membránami. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CF, 2.- CE, 3.- BO, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byly charakterizovány nově syntetizované potenciální nosiče DNA, zejména: 1) amfifilní lipidové vektory 2) polymery poloxamery |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Provedené studie přispěly k pochopení role studovaných nosičů při transportu DNA do buněk. Poznatky se týkají nejen jejich interakce s molekulami DNA, ale také jejich interakce s biologickými membránami. Získané výsledky mají význam pro vývoj genové terapie. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hof Martin Prof. DSc. |
| Spojení | 266053264 286582307 martin.hof@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Breton M, Berret JF, Bourgaux C, Kral T, Hof M, Pichon C, et al. Protonation of Lipids Impacts the Supramolecular and Biological Properties of Their Self-Assembly. Langmuir 2011, 27:12336-45. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 01 | Pembouong G, Morellet N, Kral T, Hof M, Scherman D, Bureau MF, et al. A comprehensive study in triblock copolymer membrane interaction. J Control Release 2011, 151:57-64. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/05/2011 |
| Název výsledku |
| Charakterizace vlivu složení amalgamy na vlastnosti kovalentně vázané monovrstvy thiolu a vývoj nové amalgamové elektrody pro senzory organických látek |
| Abstrakt |
| Potenciálový rozsah stability kovalentně vázané vrstvy thiolů na povrchu elektrody závisí na kovu tvořícím povrch elektrody. Podobně se chová i amalgama kovu se rtutí. Výběrem kovu tvořícím amalgamu lze tedy řídit potenciálový rozsah stability povrchového filmu. Je-li monovrstva thiolu základem pro vytvoření fosfolipidové dvojvrstvy, pak lze volbou vhodné amalgamy dosáhnout stability dvojvrstvy v rozsahu potenciálů požadovaném pro studium určitého membránového procesu. Kapalná amalgama tvořící mechanický podklad pro membránu je zvláště vhodná pro studium přenosu iontů kovů, tvořících se rtutí amalgamu. Dále byla vyvinuta nová elektroda na bázi stříbrné amalgamy. Tato nová netoxická elektroda má je vhodná pro konstukci eletkrochemických senzorů organických látek. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CG, 2.- CF, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| 1) Amalgamové elektrody s kovalentně vázanými thiolovými monovrstvami představují vhodný prostředek ke studiu procesů na lipidových membránách které se adsorbují na thiolové monovrstvy. Charakterizace rozsahu potenciálové stability thiolové monovrstvy v závislosti na složení amalgamy umožní připravit elektrody optimalizované pro studium různých membránových procesů. 2) Byla vyvinuta nová elektroda na bázi pevné stříbrné amalgamy. Byl nalezen optimální poměr srtříbrné práškové amalgamy a parafinového oleje pro elektrochemickou detekci 4-nitrofenolu. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| 1) Byl prostudován potenciálový rozsah stability vrstvy thiolů na amalgamových elektrodách. Bylo ukázáno, že potenciál při kterém dochází k desorpci thiolové vrstvy, silně závisí na kovu tvořícím amalgamu. 2) Byla vyvinuta nová elektroda na bázi stříbrné amalgamy. Tato nová netoxická elektroda má je vhodná pro konstukci eletkrochemických senzorů organických látek. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Mareček Vladimír Prof. Ing. DrSc. |
| Spojení | 266052073 286582307 vladimir.marecek@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2155 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Yosypchuk B., Mareček V.: Properties of thiolate monolayers formed on different amalgam electrodes, Journal of Electroanalytical Chemistry, 2011, 653, 7–13. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 01 | Danhel A., Yosypchuk B., Vyskocil V., Zima J., Barek J.: A Novel Paste Electrode Based on a Silver Solid Amalgam and an Organic Pasting Liquid, Journal of Electroanalytical Chemistry, 2011, 656 (1), 218–222. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Korshunov A., Yosypchuk B., Heyrovský M.: Voltammetry of aqueous aurochloric acid with hanging mercury electrode, Collect. Czech. Chem. Commun. 2011, 76, 929–936. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 03 | Deylova D., Yosypchuk B., Vyskocil V., Barek J.: Voltammetric Determination of 4 Nitrophenol and 5 Nitrobenzimidazole Using Different Types of Silver Solid Amalgam Electrodes – A Comparative Study, Electroanalysis, 2011, 23(7), 1548–1555. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 04 | Yosypchuk B., Barek J., Yosypchuk O.: Preparation and Properties of Reference Electrodes Based on Silver Paste Amalgam, Electroanalysis, 2011, 23(9), 2226–2230. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 05 | Yosypchuk B., Mareček V.:
Monolayers at Electrodes as Basis for Models of Natural membranes.
Moderní elektrochemické metody. XXXI. mezinárodní odborná konference.
23. – 27. května 2011, ČR, Jetřichovice. Sborník přednášek, str.
195–199. ISBN: 978-80-254-9634-3 |
D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 06 | Šestáková I., Yosypchuk B.:
Electrochemical Behavior of Metallothioneins on Silver Amalgam
Electrodes. Moderní elektrochemické metody. XXXI. mezinárodní odborná
konference. 23.–27. května 2011, ČR, Jetřichovice. Sborník přednášek,
str. 145–148. ISBN: 978-80-254-9634-3 |
D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 07 | Heyrovský M., Yosypchuk B.,
Korshunov A.: Unusual Reaction of Gold on Hanging Mercury Drop
Electrode. Moderní elektrochemické metody. XXXI. mezinárodní odborná
konference. 23.–27. května 2011, ČR, Jetřichovice. Sborník přednášek,
str. 55–58. ISBN: 978-80-254-9634-3 |
D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 08 | Šustrová B., Mareček V.,
Štulík K..: Polycrystalline Gold Electrode Modified by Thiols. Moderní
elektrochemické metody. XXXI. mezinárodní odborná konference. 23.–27.
května 2011, ČR, Jetřichovice. Sborník přednášek, str. 153–158. ISBN:
978-80-254-9634-3 |
D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/06/2011 |
| Název výsledku |
| Charakterizace oligomerizace azurinů z Pseudomonas aegurinosa |
| Abstrakt |
| S využitím metod časově rozlišené fluoroscenční spektroskopie byl studován protein azurin (Pseudomonas aegurinosa) a jeho mutanty. Měření časově rozlišené anizotropie fluorescence poskytovalo informace o oligomerizaci proteinu, která významným způsobem ovlivňuje jeho biologické vlastnosti. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CF, 2.- CE, 3.- BO, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Značení proteinu azurinu chromofory obsahujícími rhenium vyznačujícími se velmi dlouhou dobou života forsforescence umožnilo měřit anizotropii forforescence na škále až stovek nanosekund. Tím bylo možné stanovit rotačně korelační časy velkých oligomerů. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Měření rotačně korelačních časů pomocí časově rozlišené anizotropie fluorescence vedlo ke stanovení závislosti oligomerizace proteinu na jeho koncentraci. Zároveň bylo ukázáno, že přírodní azurin je méně náchylný k oligomerizaci než jeho mutanty. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hof Martin Prof. DSc. |
| Spojení | 266053264 286582307 martin.hof@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2155 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Sokolová L, Williamson H, Sýkora J, Hof M, Gray HB, Brutschy B, et al. Mass Spectrometric Characterization of Oligomers in Pseudomonas aeruginosa Azurin Solutions. J Phys Chem B 2011, 115:4790-800. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/07/2011 |
| Název výsledku |
| Využití resonančního přenosu energie k charakterizaci vzniku membránových raftů a pórů v membráně |
| Abstrakt |
| Úspěšně zavedená technika zobrazování dob života s využitím fázorových diagramů byla použita k objasnění vzniku membránových raftů. V kombinaci s fluorescenční korelační spektroskopií byl posán vnik membránových domén o velikosti menší než rozlišovací schopnost optické mikroskopie. Byla stanovená přibližná velikost těchto domén a jejich vlatnosti charakterizovány v závislosti na složení membrány. Výsledky jsou připravovány ke zveřejnění. Mimoto byly testovány nově sysntetizované fluoroscenčně značené lipidy coby potenciální sondy indikující přítomnost oblastí s velkým pozitivním zakřivením v membráně, například toroidních pórů. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- CF, 2.- CE, 3.- BO, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| 1) Byla použita kombinace moderních florescenčních technik (zobrazování dob života fluorescence založené na fázorových diagramech, metoda Z-scan ve fluorescenční korelační spektroskopii, ...) a pokročilé matematické analýzy dat. Tato kombinace poskytla unikátní vhled do studovaného systému. 2) Byly navrženynové fluorescenční sondy určené jako indikátory vzniku oblastí s pozitivním zakřivením membrány. Jejich použitelnost byla detailně studována pomocí měření dob života fluorescence a matematického modelování rezonančního přenosu energie. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| 1) Pomocí kombinace resonančního přenosu energie a fluorescenční korelační spektroskopie byl popsán vnik membránových domén o velikosti menší než rozlišovací schopnost optické mikroskopie. Byla stanovená přibližná velikost těchto domén a jejich vlatnosti charakterizovány v závislosti na složení membrány. 2) Byly charakterizovány nové fluorescenční sondy navržené jako indikátory vzniku oblastí s pozitivním zakřivením membrány. Experimenty podpořene simulacemi ukázaly, že testevané sondy nevykazovaly dostatečnou selektivitu pro zakřivené partie membrán. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hof Martin Prof. DSc. |
| Spojení | 266053264 286582307 martin.hof@jh-inst.cas.cz |
| Organizace | 61388955 Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. Dolejškova 2155 3 18223 Praha 8 www.jh-inst.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 00 | Šachl R, Mikhalyov I, Gretskaya N, Olzyńska A, Hof M, Johansson LBA. Distribution of BODIPY-labelled phosphatidylethanolamines in lipid bilayer exhibiting fifferent curvatures. Phys Chem Chem Phys 2011, 13:11694-701. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 01 | Štefl M, James NG, Ross JA, Jameson DM. Applications of phasors to in vitro time-resolved fluorescence measurements. Anal Biochem 2011, 410:62-9. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 02 | James NG, Ross JA, Štefl M, Jameson DM. Applications of phasor plots to in vitro protein studies. Anal Biochem 2011, 410:70-6. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/08/2011 |
| Název výsledku |
| Biofyzikální studie buněk HEK293 exprimujících fúzní protein DOR-Gi1α - vliv deplece cholesterolu |
| Abstrakt |
| Změna v optimálním složení plazmatické membrány vyvolaná deplecí cholesterolu vede ke zhoršení funkčního spřažení δ-opioidních receptorů a trimeriních G proteinů třídy Gi/Go, zatímco vazebné vlastnosti receptoru pro ligandy zůstávají nezměněny. Analýza rovnovážných a časově-dynamických flurescenčních měření ukázala, že biofyzikální stav vnitřní hydrofobní oblasti membrány je důležitým regulačním faktorem signální kaskády DOR. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- BO, 2.- CE, 3.- CF, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Analýza rovnovážné a časově-dynamické fluorescence membránových sond ukázala, že paralelně s poklesem vnitřní účinnosti receptoru dochází k výrazným změnám hydrofobní zóny i povrchové, polární části buněčné membrány. Jedná se o reversibilní děj - při repleci cholesterolu dochází k obnově původního stavu membrány. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Snížení obsahu cholesterolu v buněčné membráně nemění vazebné parametry receptoru pro opiáty typu delta, ale výrazně snižuje schopnost tohoto receptoru aktivovat G proteiny třídy Gi/Go. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Svoboda Petr Doc. RNDr. DrSc. |
| Spojení | 241062478 241062488 svobodap@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Brejchová, J., Sýkora, J., Dlouhá, K., Roubalová, L., Ostašov, P., Vošahlíková, M., Hof, M. and Svoboda P. (2011) Fluorescence spectroscopy studies of HEK293 cells expressing DOR-Gi1α fusion protein the effect of cholesterol depletion. Biochimica et Biophysica Acta-Biomembranes 1808(12), 2819-2829 (IF=4.647) | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/09/2011 |
| Název výsledku |
| Specifický vzestup v obsahu adenylyl cyklasy typu I, II při dlouhodobé adaptaci potkanů na morfium |
| Abstrakt |
| Dlouhodobá adaptace potkanů na morfium (10 dnů), vyvolává výrazný vzestup v obsahu adenylyl cyklasy (AC) typu I (8x) a II (2x) v isolovaných buněčných membránách šedé kůry mozkové. Jedná se o specifický děj, protože jiné isoformy tohoto klíčového enzymu cAMP-závislých kaskád se nemění (AC III-IX). Krátkodobá exposice stejným dávkám morfia (24 hodin) nevyvolává žádnou změnu v membránové hustotě těchto proteinových molekul. Toto zjištění platí pro všechny isoformy AC (ACI-IX). Překvapivým a vzhledem k léčbě drogové adikce významným zjištěním je, že po 20 dnech od poslední dávky morfia se membránová hustota ACI a II vrací na kontrolní hladinu. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- FH, 2.- CE, 3.- ED, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla studována úroveň exprese jednotlivých isoforem AC (I-IX), podjednotek trimerních G-proteinů a markerů plasmatických membrán v isolovaných buněčných membránách mozku při dlouhodobé adaptaci potkana na morfium. Tento výsledek přímo navazuje na předchozí výzkum v rámci dílčího cíle V005, kdy jsme se zabývali analýzou molekulárního mechanismu desensibilizace hormonální akce a změnami ve strukturní organizaci trimerních G proteinů a dalších regulačních bílkovin po hormonální stimulaci. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Výrazný specifický vzestup v hladinách ACI, II v isolovaných membránách kortexu u potkanů adaptovaných na morfin lze považovat za homeostatickou odpověď kompenzující dlouhodobý vliv inhibiční drogy-morfinu. Naše výsledky ukázaly, že tato dramatická změna, která se týká se rozhodující složky signální kaskády opioidních receptorů v kortexu potkana, je reverzibilní. Zvýšení AC (up-regulaci) lze tedy odstranit při důsledném vysazení drogy. Jedná se o významný a prioritní výsledek dosud nepopsaný ve světové literatuře. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Svoboda Petr Doc. RNDr. DrSc. |
| Spojení | 241062478 241062488 svobodap@biomed.cas.cz |
| Organizace | 6798582 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Ujcikova H., Dlouha K., Roubalova L., Vosahlikova M., Kagan D. and Svoboda P. (2011)Up-regulation of adenylylcyclases I and II induced by long-term adaptation of rats to morphine fades away 20days after morphine withdrawal. Biochimica et Biophysica Acta-General Subjects 1810(12),1220-1229 (IF=4.663) | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/10/2011 |
| Název výsledku |
| Kompenzace nehomogenní distribuce fluorescenčního signálu ve 2-rozměrných obrazech získaných konfokální mikroskopií |
| Abstrakt |
| V obrazech nasnímaných konfokální mikroskopií (CLSM) by měly být oblasti vzorku, obsahující stejnou hustotu fluoroforů, zobrazeny stejnou hustotou šedi. V praxi však dokonce i CLSM snímky vzorků s konstantní hustotou vykazují nepravidelné variace jasu, jako například tmavší okraje a světlejší střed. U skutečných biologických vzorků je tento jev ještě výraznější. Proměnlivost jasu v závislosti na souřadnicích snímaného místa ztěžuje další zpracování konfokálních sérií, ať už při spojování sousedních snímků do mozaik, tak při trojrozměrné rekonstrukci zkoumaného objemu. V obou případech je totiž třeba najít shodné struktury ve dvou sousedních snímcích, přičemž se obvykle předpokládá, že zobrazení hustoty barviva do úrovně jasu je dáno pevnou křivkou, nezávislou na poloze ve snímku. V této práci představujeme metodu vyrovnání variací jasu, založenou na odhadu prostorově proměnného zesílení, jehož převrácenou hodnotou se prvotní snímek vynásobí. Navržená metoda odhadu využívá dvou filtrů známých z matematické morfologie: medián a vrchní Lipschitzův obal. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- JC, 2.- EA, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla vyvinuta a implementována nová metoda kompenzace nehomogenní distribuce fluorescenčního signálu v obrazech získaných konfokální mikroskopií. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Je k dispozici softwarová implementace navržené metody k dalšímu využití při předzpracování obrazů různých biologických materiálů nasnímaných konfokální mikroskopií. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Kubínová Lucie RNDr. CSc. |
| Spojení | 241062314 241062488 kubinova@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Michálek, J., Čapek, M., Kubínová, L.: Compensation of inhomogeneous fluorescence signal distribution in 2D images acquired by confocal microscopy. Microscopy Research and Technique 74(2): 831-838, Sep 2011. DOI: 10.1002/jemt.20965. IF(2010) = 1.721 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/11/2011 |
| Název výsledku |
| Studium interakcí mezi mycéliem a kryténkami pomocí nové metody stochastické geometrie |
| Abstrakt |
| Byla vyvinuta metoda statistické analýzy prostorové korelace mezi myceliem a schránkami krytének, která umožnila studovat interakce krytének a saprotrofních hub. Ukázalo se, že pro řadu krytének je snazší využívat jako zdroj potravy právě spóry hub, nikoliv aktivní mycelium, a lze tak předpokládat, že bude řada krytének přizpůsobema interakci právě se saprotrofními houbami tvořícími ochotně spóry. V článku jsme ukázali, že jedna z nejhojnějších krytének kolonizujících jak listnatý tak jehličnatý opad, Phryganella acropodia, umí na rozdíl od jiných krytének efektivně využívat přitomnost mycelia saprotrofní houby Anavirga laxa. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- EE, 3.- EF, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla vyvinuta nová metoda pro měření prostorové korelace mezi body a vlákny ve 2D a tato metoda byla poprvé použita pro analýzu prostorové korelace mezi myceliem a schránkami krytének. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Nová metoda pro měření prostorové korelace mezi body a vlákny ve 2D je k dispozici pro analýzu prostorových korelaví různých biologických struktur. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Kubínová Lucie RNDr. CSc. |
| Spojení | 241062314 241062488 kubinova@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Vohník, M., Burdíková, Z., Vyhnal, A., Koukol, O.: Interactions between testate amoebae and saprotrophic microfungi in a scots pine litter microcosm. Microbial Ecology 61: 660-668, 2011. IF(2010) = 2.875 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/12/2011 |
| Název výsledku |
| Studium reorganizace mikrotubulů v aktivovaných žírných buňkách pomocí nové metody analýzy časosběrných sérií, snímaných mikroskopickou metodou TIRF |
| Abstrakt |
| Nová metoda analýzy časosběrných sérií, snímaných mikroskopickou metodou TIRF, založená na analýze obrazu, umožnila hodnotit růst mikrotubulů v různě aktivovavných žírných buňkách. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- JC, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla vyvinuta nová metoda analýzy časosběrných sérií mikroskopických obrazů a aplikována na studium růstu mikrotubulů v aktivovavných žírných buňkách. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Je k dispozici nová metoda analýzy časosběrných sérií mikroskopických obrazů s potenciálem širokého využití při studiu změn v buňkách. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Kubínová Lucie RNDr. CSc. |
| Spojení | 241062314 241062488 kubinova@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Hájková, Z., Bugajev, V., Dráberová, E., Vinopal, S., Dráberová, L., Janáček, J., Dráber, P., Dráber, P.: STIM1-Directed Reorganization of Microtubules in Activated Mast Cells. Journal of Immunology 186(2): 913-923, 2011. IF(2010) = 5.745 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/13/2011 |
| Název výsledku |
| Nová metoda pružné registrace obrazů následných fyzických řezů, snímaných konfokální mikroskopií, s nespojitými deformacemi |
| Abstrakt |
| U sériových fyzických řezů biologických vzorků může dojít k jejich deformaci. Pokud se následně provádí rekonstrukce původního trojrozměrného objemu, je třeba nejprve numericky slícovat snímky pocházející z následných fyzických řezů. Janáček (2009) navrhl pro lícování následných fyzických řezů metodu, založenou na optimalizaci funkcionálu, který hledá kompromis mezi dvěma požadavky: na jedné straně odstranění izolovaných nespojitostí ve snímku, jako jsou např. trhliny vzniklé krájením, a na druhé straně pokud možno hladkou deformaci snímku během lícování. Tato úloha byla původně řešena metodou největšího spádu založenou na hledání minimálních řezů v ohodnoceném grafu (graph-cut), kdy se v každé iteraci uvažuje pouze jeden možný směr a délka deformace. V tomto článku předkládáme alternativní algoritmus, kde je v každé iteraci prováděna optimální volba z několika (např. osmi) možných směrů. Na příkladech snímků z praxe ukazujeme, že v mnoha případech vede toto řešení, ač výpočetně pomalejší, k měřitelně a často i vizuálně lepšímu slícování. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- JC, 2.- EA, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byl vyvinut, počítačově implementován a otestován nový algoritmus pro optimální lícování konfokálních obrazů z následných fyzických řezů. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Je k dispozici nový algoritmus, včetně softwarové implementace, který může být využit pro optimální slícování obrazů následných fyzických řezů a tím pak i věrných trojrozměrných rekonstrukcí různých biologických struktur. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Kubínová Lucie RNDr. CSc. |
| Spojení | 241062314 241062488 kubinova@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Michálek, J., Čapek, M., Kubínová, L.: Nonrigid registration of CLSM images of physical sections with discontinuous deformations. Microscopy and Microanalysis 17: 923-936, 2011. DOI:10.1017/S1431927611011937 IF(2010) = 3.259 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/14/2011 |
| Název výsledku |
| Nová metoda pro hodnocení kapilarity v lidském kosterním svalu na základě analýzy 3D obrazových dat získaných konfokální mikroskopií |
| Abstrakt |
| Představujeme novou trojnásobnou imunofluorescenční metodu pro specifické obarvení kapilár a povrchu svalových vláken v lidském kosterním svalu v kombinaci s postupy kvantitativního měření kapilární sítě ve vztahu ke svalovým vláknům. Předložené metody byly otestovány na různých vzorcích lidského kosterního svalu. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- JC, 2.- EA, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla vyvinuta nová metoda pro hodnocení kapilarity v lidském kosterním svalu na základě analýzy 3D obrazových dat získaných konfokální mikroskopií. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Je k dispozici postup barvení kapilár a svalových vláken i softwarová implementace metody pro hodnocení kapilarity v kosterních svalech. Obojí umožňuje podrobné studium krevního zásobení svalů. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Kubínová Lucie RNDr. CSc. |
| Spojení | 241062314 241062488 kubinova@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Janáček, J., Cvetko, E., Kubínová, L., Travnik, L., Eržen, I.: A novel method for evaluation of capillarity in human skeletal muscles from confocal 3D images. Microvascular Research 81(2): 231-238, 2011. DOI: 10.1016/j.mvr.2010.11.012 IF(2010) = 2.390 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Eržen, I., Janáček, J., Kubínová, L.: Characterisation of the capillary network in skeletal muscles from 3D data - a review. Physiological Research 60(1): 1-13, 2011. | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/15/2011 |
| Název výsledku |
| 3D vizualizace Reinkeho krystalů s využitím konfokální a trasmisní elektronové mikroskopie. |
| Abstrakt |
| Byly vizualizovány a hodnoceny Reinkeho krystaly v lidských varlatech klasickou transmisní optickou mikroskopií i konfokální a trasmisní elektronovou mikroskopií. Konfokální mikroskopie se zlepšeným rozlišením díky použitých dekonvolučních algoritmů umožnila 3-rozměrnou rekonstrukci těchto zpravidla pouze několik mikrometrů dlouhých krystalů s dostatečnou přesností, což bylo potvrzeno na snímcích z TEM. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- JC, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Byla prezentována první trojrozměrná rekonstrukce celých Reinkeho krystalů s využitím konfokální mikroskopie a dekonvolučních algoritmů. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Prezentované postupy trojrozměrné vizualizace Reinkeho krystalů mohou být využity pro další podobné materiály. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Kubínová Lucie RNDr. CSc. |
| Spojení | 241062314 241062488 kubinova@biomed.cas.cz |
| Organizace | 67985823 Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 www.biomed.cas.cz/fgu |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Kozina, V., Geist, D., Kubinova, L., Bilic, E., Karnthaler, H.P., Waitz, T., Janacek, J., Chernyavskiy, O., Krhen, I., Jezek, D.: Visualization of Reinke´s crystals in normal and cryptorchid testis. Histochemistry and Cell Biology 135(2): 215-228, Feb 2011. DOI: 10.1007/s00418-011-0782-6 IF(2010) = 4.727 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Kozina, V., Banek, L., Knežević, N., Geist, D., Kubínová, L., Kosović, M., Rentenberger, C., Vukasović, A., Ježek, D.: Reinke´s Crystals in Perivascular and Peritubular Leydig Cells. Croatica Chemica Acta 84(2): 159-167, Sep 2011. DOI: 10.5562/cca1814 IF(2010) = 0.713 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/16/2011 |
| Název výsledku |
| Flo11p, drug efflux pumps, and the extracellular matrix cooperate to form biofilm yeast colonies |
| Abstrakt |
| Much like other microorganisms, wild yeasts preferentially form surface-associated communities, such as biofilms and colonies, that are well protected against hostile environments and, when growing as pathogens, against the host immune system. However, the molecular mechanisms underlying the spatiotemporal development and environmental resistance of biofilms and colonies remain largely unknown. In this paper, we show that a biofilm yeast colony is a finely tuned, complex multicellular organism in which specialized cells jointly execute multiple protection strategies. These include a Pdr1p-regulated mechanism whereby multidrug resistance transporters Pdr5p and Snq2p expel external compounds solely within the surface cell layers as well as developmentally regulated production by internal cells of a selectively permeable extracellular matrix. The two mechanisms act in concert during colony development, allowing growth of new cell generations in a well-protected internal cavity of the colony. Colony architecture is strengthened by intercellular fiber connections. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EE, 2.- EB, 3.- EH, 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Vypracovali jsme úplně nové metody využití různých fluorescenčních sond umožňující na orientovaných řezech kvasinkovými koloniemi vizualizaci důležitých buněčných kompartmentů a pochodů pomocí 2P konfokání mikroskopie. Tyto metody se staly nepostradatelným nástrojem pro studium vzniku specializovaných buněk při vývoji biofilmu podobné kvasinkové kolonie. Tyto metody jsou obecně použitelné pro studium mnohobuněčných útvarů tvořených kvasinkami, tedy kolonií a biofilmů tvořených i jinými druhy a rody kvasinek. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Nové metodické postupy pro studium kolonií a biofilmů pomocí 2P konfokální mikroskopie, nové kmeny použitelné pro další výzkum. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Palková Zdena prof. RNDr. CSc. |
| Spojení | 221951721 221951724 zdenap@natur.cuni.cz |
| Organizace | 00216208 Univerzita Karlova v Praze, Fakulta Přírodovědecká Viničná 5 12844 Praha 2 prfdec.natur.cuni.cz/~zdenap/ |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Váchová, L., Šťovíček, V., Hlaváček, O., Chernyavskiy, O., Štěpánek, L., Kubínová, L, Palková, Z. (2011) Flo11p, drug efflux pumps, and the extracellular matrix cooperate to form biofilm yeast colonies. J Cell Biol 194: 679-687. (IF2010 = 9.921) | J - Článek v odborném periodiku | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/17/2011 |
| Název výsledku |
| In Vivo Determination of Organellar pH Using a Universal Wavelength-Based Confocal Approach |
| Abstrakt |
| Many essential cellular processes are affected by transmembrane H+ gradients and intracellular pH (pHi). The research of such metabolic events calls for a non-invasive method to monitor pHi within individual subcellular compartments. We present a novel confocal microscopy approach for the determination of organellar pHi in living cells expressing pH-dependent ratiometric fluorescent proteins. Unlike conventional intensity-based fluorometry, our method relies on emission wavelength scans at single-organelle resolution to produce wavelength-based pH estimates both accurate and robust to low-signal artifacts. Analyses of Ato1p-pHluorin and Ato1p-mCherry yeast cells revealed previously unreported wavelength shifts in pHluorin emission which, together with ratiometric mCherry, allowed for high-precision quantification of actual physiological pH values and evidenced dynamic pHi changes throughout the different stages of yeast colony development. Additionally, comparative pH quantification of Ato1p-pHluorin and Met17p-pHluorin cells implied the existence of a significant pHi gradient between peripheral and internal cytoplasm of cells from colonies occurring in the ammonia-producing alkali developmental phase. Results represent a step forward in the study of pHi regulation and subcellular metabolic functions beyond the scope of this study. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EE, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Nový postup stanovení pHi v organelách živých buněk umožňující přesnější kvantifikaci aktuálních fyziologických hodnot pH i dynamiku změn pHi v průběhu různých stupňů vývoje kvasinkové kolonie. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Přínos pro studium regulace pHi a metabolických funkcí buňky na subcelulární úrovni. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Palková Zdena prof. RNDr. CSc. |
| Spojení | 221951721 221951724 zdenap@natur.cuni.cz |
| Organizace | 00216208 Univerzita Karlova v Praze, Fakulta Přírodovědecká Viničná 5 12844 Praha 2 prfdec.natur.cuni.cz/~zdenap/ |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Pineda Rodó, A., Váchová, L., Palková, Z. In Vivo Determination of Organellar pH Using a Universal Wavelength-Based Confocal Microscopy Approach, PLOS ONE, revision submitted. (IF2010 = 4.411) | J - Článek v odborném periodiku | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/18/2011 |
| Název výsledku |
| Ato protein interactions in yeast plasma membrane revealed by fluorescence lifetime imaging (FLIM) |
| Abstrakt |
| Each of the three plasma membrane Ato proteins is involved in ammonium signalling and the development of yeast colonies. This suggests that although these proteins are homologous, they do not functionally substitute for each other, but may form a functional complex. Here, we present a detailed combined FRET, FLIM and photobleaching study, which enabled us to detect interactions between Ato proteins found in distinct compartments of yeast cells. We thus show that the proteins Ato1p and Ato2p interact and can form complexes when present in the plasma membrane. No interaction was detected between Ato1p and Ato3p or Ato2p and Ato3p. In addition, using specially prepared strains, we were able to detect an interaction between molecules of the same Ato protein, namely Ato1p-Ato1p and Ato3p-Ato3p, but not Ato2p-Ato2p. These specific interactions are lost after the proteins are removed from the membrane and targeted to the vacuoles. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EE, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Zavedení a optimalizace metod technik FRET, FLIM a photobleaching pro studium interakcí proteinů především v plasmatické membráně, ale i v jiných kompartmentech, pro buňky kvasinek, které jsou v porovnání se savčími buňkami výrazně menší. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Zavedené techniky FRET, FLIM a photobleaching a jejich kombinace umožňují studium dynamické interakce proteinů v kvasinkových buňkách. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Palková Zdena prof. RNDr. CSc. |
| Spojení | 221951721 221951724 zdenap@natur.cuni.cz |
| Organizace | 00216208 Univerzita Karlova v Praze, Fakulta Přírodovědecká Viničná 5 12844 Praha 2 prfdec.natur.cuni.cz/~zdenap/ |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Strachotová, D., Holoubek, A., Benda, A., Humpolíčková, J., Váchová, L., Palková, Z. Ato protein interactions in yeast plasma membrane revealed by fluorescence lifetime imaging (FLIM). BBA-Biomembranes, submitted | J - Článek v odborném periodiku | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/19/2011 |
| Název výsledku |
| Chromosomal dynamics of cell cycle regulator gene p21 during transcriptional activation. |
| Abstrakt |
| The radial position of a gene within its chromosome territory (CT) in the interphase nucleus is thought to depend on the transcriptional activity of the gene and on transcriptional activity, gene density, and conformation of the chromosomal surrounding. In this study we analyzed the position of the cell cycle regulator gene p21 within the CT of human chromosome 6 (HSA6) upon transcriptional activation. Whereas the majority of active p21 genes is located in the interior of the CT of HSA6, induction of p21 transcription correlates with increased variation of gene localization within the CT and with a higher percentage of p21 genes located at the periphery of the CT. Additionally it demonstrates once more that transcription can take place throughout CTs. Comparison of the p21 locus with two non-coding regions on HSA6 showed that both non-coding sequences are located more frequently in the interior of the CT than p21 genes although they are situated in chromosomal neighborhoods with widely differing gene density and regional transcriptional activity. Thus our data support models describing an influence of the transcriptional activity of a gene on the localization within its CT. However, our data also indicate that additional factors such as chromatin remodeling are implicated in the positioning of genes within the respective chromosome territory. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Dodnes probíhá diskuse o vlivu lokalizace genu uvnitř jádra na jeho aktivitu. Uvažováno bylo zejmona o vlivu pozice v radiálním směru, tedy více centrálně nebo naopak periferně. Tato práce ukazuje, že takováto jednoduchá kritéria nemohou být aplikována, ve hře je řada jiných faktorů, část z nich dokonce neznámých. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Práce je využívána pro formulací dalších pracovních hypotéz o epigenetické regulaci genové exprese. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hozák Pavel Prof.RNDr. DrSc. |
| Spojení | 241 062 219 241 062 219 hozak@img.cas.cz |
| Organizace | 68378050 Ústav molekulární genetiky AVČR, v.v.i. Vídeňská 1083 14220 www.img.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Článek: Philimonenko A., Janacek J., Snyers L., Almeder M., Berger W., Schmidt W., Schöfer C., Hozák P., Weipoltshammer K., Chromosomal dynamics of cell cycle regulator gene p21 during transcriptional activation., J Struct Biol. 2011, Feb173:382-90 | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/20/2011 |
| Název výsledku |
| Specific nuclear localizing sequence directs two myosin isoforms to the cell nucleus in calmodulin sensitive manner. |
| Abstrakt |
| We investigated the mechanism of nuclear import of NM1 in detail. Using over-expressed GFP chimeras encoding for truncated NM1 mutants, we identified a specific sequence that is necessary for its import to the nucleus. This novel nuclear localization sequence is placed within calmodulin-binding motif of NM1, thus it is present also in the Myo1c. We confirmed the presence of both isoforms in the nucleus We identified importin beta, importin 5 and importin 7 as nuclear transport receptors that bind NM1. Since the NLS sequence of NM1 lies within the region that also binds calmodulin we tested the influence of calmodulin on the localization of NM1. The presence of elevated levels of calmodulin interfered with nuclear localization of tagged NM1. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Jedná se o prioritní výsledek, který překvapivě ukázal, že v buněčném jádře fungují dvě isoformy myosinu C. Otevírá se tím nová otázka o regulační schopnosti motorických proteinů u genové exprese a jejich návaznost na cytoskeletální pochody. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Výsedky budou yužívány při formulování dalších hypotéch o funkci mypsinu 1C v epigenetické regulaci genové exprese. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hozák Pavel Prof.RNDr. DrSC. |
| Spojení | 241 062 219 241 062 219 hozak@img.cas.cz |
| Organizace | 68378050 Ústav molekulární genetiky AV ČR,v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 - Krč www.img.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Článek: Dzijak R., Specific nuclear localizing sequence directs two myosin isoforms to the cell nucleus in calmodulin sensitive manner., PloS ONE, v tisku | J – článek v odborném periodiku (časopise) (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Poster: Rastislav Dzijak,
Sukriye Yildirim, Michal Kahle, Petr Novák, Jarmila Hnilicová, Tomáš
Venit and Pavel Hozák, Specific NLS within the light chain binding
domain directs both Nuclear myosin I and Myosin Ic to the cell nucleus
Chromatin structure organization and dynamics, 9-13 April 2011,
Prague,Czechia |
D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 03 | Poster: Rastislav Dzijak, Sukriye Yildirim, Michal Kahle, Petr Novák, Jarmila Hnilicová, Tomáš Venit and Pavel Hozák, Specific NLS within the light chain binding domain directs both Nuclear myosin I and Myosin Ic to the cell nucleus., Actin and actin-associated proteins from gene to polysomes, 7-10 September 2011, Stockholm - Sweden | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/21/2011 |
| Název výsledku |
| PIP2: A new key player in the transcription of ribosomal genes. |
| Abstrakt |
| Phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate (PIP2) resides in the nucleus in a different form than the classical bilayer membrane, apparently forming specific nuclear protein complexes. There is limited data on the function of PIP2 in the nucleus. Yet, it was shown that PIP2 binding to histones reverses the inhibitory effect of histones on transcription in Drosophila (Yu et al., 1998). In this study we focused in the function of PIP2 in ribosomal gene transcription and showed that PIP2 binds to transcription machinery. Removal of PIP2 from in vitro transcription assays caused the inhibiton of transcription for ribosomal genes and it was possible to recover the transcription efficiency by adding back PIP2 to the transcription reaction. The data suggest that nucleolar PIP2 might serve as a transcription factor for ribosomal genes. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Jedná se o zcela zásadní a nový poznatek, neboť dosud neexistuje průkaz účasti lipidů v transkripci genů. Práce navíc ukazuje přímou účast fosfolipidu v transkripci nukleolaárních genů, které mají zásadní vztah k metabolismu celé buňky. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Výsedky budou yužívány při formulování dalších hypotéch o funkci fofolipidů v epigenetické regulaci genové exprese. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hozák Pavel Prof.RNDr. DrSc. |
| Spojení | 241 062 219 241 062 219 hozak@img.cas.cz |
| Organizace | 68378050 Ústav molekulární genetiky AV ČR,v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 - Krč www.img.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Přednáška: Sukriye Yildirim, Enrique Castano, Vlada V. Philimonenko, Rastislav Dzijak, Margarita Sobol and Pavel Hozák, PIP2: A new key player in the transcription of ribosomal genes., 22nd Wilhelm Berhnard Workshop, 22-25.8.2011, Riga, Lotyšsko | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Přednáška: Sukriye Yildirim, Enrique Castano, Vlada V. Philimonenko, Rastislav Dzijak, Margarita Sobol and Pavel Hozák, PIP2: A new key player in the transcription of ribosomal genes., 10th Multinational Congress on Microscopy, 4-9.9.2011, Urbino, Italy | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Přednáška: Sukriye Yildirim, Enrique Castano, Rastislav Dzijak, Michal Kahle, Jan Sýkora, Petr Novák, Martin Hof , and Pavel Hozák, Roles of complexes of nuclear myosin 1 and lipids in the cell nucleus., EMBO workshop, 9.-13.4.2011, Praha, ČR | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 03 | Poster: Sukriye Yildirim, Enrique Castano, Vlada V. Philimonenko, Rastislav Dzijak, Margarita Sobol and Pavel Hozák, PIP2: A new key player in the transcription of ribosomal genes., EMBO Nuclear structure and dynamics2011, 28 sep-2 october 2011, La isle surla sorgue, France | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 04 | Poster: Sukriye Yildirim, Enrique Castano, Vlada V. Philimonenko, Rastislav Dzijak, Margarita Sobol and Pavel Hozák, PIP2: A new key player in the transcription of ribosomal genes., Cell signalling networks 2011, 22- 27 october 2011, Merida, Mexico | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/22/2011 |
| Název výsledku |
| Nanoparticle-Based Immunocytochemistry Reveals Microarchitecture of the Cell Nucleus |
| Abstrakt |
| While fluorescent microscopy allows for simultaneous detection of multiple antigens, the electron microscopy (EM) sensitive immunodetection is limited to only two antigens. I will summarize the current possibilities of single molecule visualization inside of cells and tissues, and discuss future needs of researches in biomedicine. In order to overcome the current limitations of immunodetection, we prepared a set of novel nanoparticles (NPs) which fulfill several criteria: size in the frame of 5-12 nm, small size distribution, good contrast and stability in the electron microscope, stability of colloidal solution during conjugation, and surface properties allowing for conjugation with antibodies. The colloids were prepared from soluble metal salts by controlled chemical reduction. Subsequently, conditions for conjugation of NPs with antibodies were optimized and obtained conjugates were probed for the ability of immunolabelling on ultrathin resin sections of cells. With the use of novel NPs, various combinations with commercial gold NPs can be made to obtain a set for simultaneous labelling. For the first time in ultrastructural histochemistry, up to five molecular targets can be identified simultaneously. For conventional transmission electron microscopy (TEM), NPs of different shapes can be included in addition to spherical gold NPs. Different elemental composition of NPs can be used for their discrimination by EFTEM, STEM/HAADF, TEM/EDX, or FESEM. Using our previously developed tools of spatial statistics one could then map the regions of distribution of multiple molecular targets within the cell, as well as to analyze a high number of individual molecular interactions. These methods allowed us to progress with understanding some novel molecular interactions in the cell nucleus. I will discuss interactions of phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate (PIP2) and nuclear myosin I (NMI) which are involved in regulation of gene expression. PIP2 resides in the nucleus in a different form than the classical bilayer membrane, apparently forming specific nuclear protein complexes. Our data suggest that nucleolar PIP2 might serve as a transcription factor for ribosomal genes. We therefore also investigated PIP distribution in cell nuclei with a special attention to nucleoli by ultrastructural tomography, and mapped PIP colocalization with various factor involved in RNA pol I transcription. We also showed that NM1 binds to PIP2 in the cell nucleus, and this was further confirmed by electron microscopy. The results will be discussed in the frame of the current nucleolar model and lipid functions in the cell nucleus. |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Vyvinuli jsme nové nanopartikule, které se mohou stát perspektivními márkry pro korelační zvětelno/elektronovou mikroskopii. Tyto značky je možno odlišovat jednoduše podle tvaruv elektronovém mikroskopu a mohou být standardně konjugovány i k fluorescenčním molekulám. Úplně poprvé v historii histochemie bylo možno realizovat pětinásobné ultrastrukturální značení. Samotné nanopartikule jsou výstupem jiného projektu, zde jsme ověřovali speciálně potenciální použití v korelační mikroskopii. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Tento nový přístup umožní vícenásobná citlivá značení antigenů v biologických preparátech pro korelační mikroskopii. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hozák Pavel Prof.RNDr. DrSc. |
| Spojení | 241 062 219 241 062 219 hozak@img.cas.cz |
| Organizace | 68378050 Ústav molekulární genetiky AV ČR,v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 - Krč www.img.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Přednáška: P. Hozák, Nanoparticle-Based Immunocytochemistry Reveals Microarchitecture of the Cell Nucleus 11th Interamerican Congress of Microscopy - CIASEM 2011, 24.-29.9.2011, Mérida Yucatán, Mexico | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Přednáška: Pavel Hozák, Nanoparticle-Based Immunocytochemistry Reveals Microarchitecture of the Cell cleus TEMD, 20. Ulusal Electron Mikroskopi Kongresi, 25.-28.10.2011, Istambul, Turecko | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 1. ZÁKLADNÍ ÚDAJE |
| Číslo výsledku: LC06063/23/2011 |
| Název výsledku |
| Nuclear myosin I and actin-binding proteins in the cell nucleus |
| Abstrakt |
| "Recent data point to nuclear functions of actin-binding proteins traditionally known to function in cytoplasm. I will present recent mostly unpublished data originating from our laboratory on actin-interactin protein myosin I and its functional partners, as well as on actin-binding proteins functioning apparently independent from polymeric actin in the cell nucleus. Nuclear myosin I (NM1) is a 120 kDa molecular motor described in the cell nucleus. NM1 was shown to be involved in chromatin remodeling, repositioning of transcriptionally activated regions in the nucleoplasm and also in transcription with RNA pol I. Myosin 1C (myo1C) is an NM1 isoform which differs in alternative start codon and has 16 amino acids less in its N-terminal site. As the myosin 1C was previously described as cytoplasmic form, the 16 amino acids extension in the NMI was proposed to be crucial for nuclear localization of NM1. However, we have identified a novel sequence necessary for the transport of NM1 to the nucleus. It is localized within the second of three IQ domains, known to bind calmodulins. This result indicates that Myo1C is able to enter the nucleus and might function here in parallel to Myo1C, possibly fullfilling similar/identical functions. For characterizing NMI functions, we prepared NMI knock-out mice. They are fully viable, and they do not exhibit any obvious phenotype related to the known functions of NMI. This suggests that Myo1C serve in the nucleus instead of NMI, and/or that NMI has other functions not directly linked to crucial nuclear processes required for mice viability. It was shown that Myosin 1C binds to negatively charged phospholipids, specifically to phosphatidylinositol(4,5)bisphosphate (PIP2) with a very high affinity and this binding tethers myosin I to plasma membrane. Based on this we asked if NM1 also has binding properties to PIP2. We made single-point mutations in the pleckstrin homology (PH) domain of NM1 which was shown to be responsible for PIP2 binding and applied fluorescence recovery after photobleaching (FRAP) and fluorescence correlation spectroscopy (FCS). Mutant NM1 became faster in mobility compared to its wild type NM1 – this shows that NM1 binds to PIP2 in the cell nucleus. We then depleted PIP2 in the nucleus by co-transfecting the cells with inositol 5-phosphatase which would cleave 5-phosphate of PIP2 in the nucleus and with NM1. After PIP2 depletion in nuclei, NM1 became faster showing once more that PIP2 binding reduces NM1 mobility. Phospholipase C delta (PLC) is an enzyme which binds to PIP2 via its PH domain and cleaves PIP2 into inositol (1,4,5) triphosphate and DAG. We mutated the PIP2 binding domain of PLCPH and co-transfected cells with NM1and wild type PLCPH or mutant PLCPH. FRAP results showed that NM1 mobility increased when PIP2 was occupied by wild type PLC compared to mutant one. All these data indicated that NM1 binds to PIP2 in the cell nucleus, and this was further confirmed by electron microscopy. We then focused on the function of PIP2 in ribosomal gene transcription and showed that PIP2 binds to the transcription machinery. Removal of PIP2 from in vitro transcription assays caused the inhibiton of transcription for ribosomal genes and it was possible to recover the transcription efficiency by adding back PIP2 to the transcription reaction. The data suggest that nucleolar PIP2 might serve as a transcription factor for ribosomal genes, and together with nucleolar myosin I it might form the structural core of nucleoli. " |
| Hlavní (1) a další (2-5) obory řešení výsledku (dle číselníku CEP, RIV) |
| 1.- EA, 2.- EB, 3.- , 4.- , 5.- |
| 2. INOVAČNÍ ASPEKTY |
| Popis inovačních aspektů daného výsledku |
| Překvapivě se postupně ukazuje, že snad i většina pokud ne všechny aktin-vazebné proteiny jsou přítomny v buněčném jádře. jejich funkce jsou ještě málo známé. Tento soubor je východiskem pro další úvahy o organizaci buněčného jádra, optimální pro čtení genů. |
| 3. PŘÍNOSY |
| Popis konkrétních přínosů daného výsledku pro jeho uživatele |
| Výsedky budou yužívány při formulování dalších hypotéch o jaderné kompartmentalizaci v epigenetické regulaci genové exprese. |
| 4. KONTAKTNÍ ÚDAJE GARANTA VÝSLEDKU | |
| Celé jméno | Hozák Pavel Prof.RNDr. DrSc. |
| Spojení | 241 062 219 241 062 219 hozak@img.cas.cz |
| Organizace | 68378050 Ústav molekulární genetiky AV ČR,v.v.i. Vídeňská 1083 14220 Praha 4 - Krč www.img.cas.cz |
| 5. DOSTUPNÁ DOKUMENTACE |
| Číslo | Název dokumentu | Typ | Jazyk |
|---|---|---|---|
| 01 | Přednáška: Pavel Hozák, Nuclear myosin I and actin-binding proteins in the cell nucleus Werner-Green Symposium, Actin and actin-associated proteins from gene to polysomes, 8.-10.9.2011, Stockholm, Švédsko | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 02 | Poster: JanaRohožková, Tomáš Venit, Pavel Hozák, Role of Vinculin during mouse spermatogenesis. EMBO Meiosis 2011, 17 - 21 September 2011, Paestum/Capaccio, Italy | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 03 | Poster: Pavel Marášek, Rastislav Dzijak, Jana Rohožková and Pavel Hozák, Proteins with dual localizations: Function of paxillin in cell nucleus WB Nuclear Workshop, 24-30 august 2011, Riga - Latvia | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| 04 | Poster: Pavel Marášek, Rastislav Dzijak, Jana Rohožková and Pavel Hozák, Proteins with dual localizations: Function of paxillin in cell nucleus Actin and actin-associated proteins from gene to polysomes, 7-10 September 2011, Stockholm - Sweden | D – článek ve sborníku (RIV 2009) | ANG |
| Číslo dílčího cíle | 01 |
| Název dílčího cíle | Vývoj a aplikace fluorescenčních metod s citlivostí jednotlivých molekul a technik zlepšujících prostorové rozlišení ve fluorescenční mikroskopii. |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Číslo dílčího cíle | 02 |
| Název dílčího cíle | Vývoj modelových systémů biologických membrán založených na polarizovatelném kapalném rozhraní a jejich využití ke studiu membránových pochodů elektrochemickými a fluoroscenčními technikami. |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Číslo dílčího cíle | 03 |
| Název dílčího cíle | Vývoj nových metod pro předzpracování a analýzu trojrozměrných obrazových dat získaných konfokální a dvoufotonovou mikroskopií. |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Číslo dílčího cíle | 04 |
| Název dílčího cíle | Analýza významu hydrofobní zóny buněčné membrány a interfáze membrána - voda v regulaci hormonální odpovědi |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Číslo dílčího cíle | 05 |
| Název dílčího cíle | Aplikace fluoroforových párů pro značení bílkovin (receptorů a G-proteinů) jež umožní sledování distribuce a interakce dvou molekul za různých fyziologických a farmakologických podmínek in vivo a neovlivní jiné procesy v buňkách. |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Číslo dílčího cíle | 06 |
| Název dílčího cíle | Nové poznatky o specifické lokalizaci buněk nesoucích vybrané transportery, případně proteiny dalších buněčných kompartmentů v různých oblastech kolonií laboratorních a přírodních kvasinkových kmenů. |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Číslo dílčího cíle | 07 |
| Název dílčího cíle | Zjištění dynamických interakcí jaderných proteinů, podílejících se na organizaci buněčného jádra a na genové expresi. |
| Plánované datum dosažení dílčího cíle | 31.12.2011 |
| Rok | CELK |
| Typ | skutečné |
| Organizace | Ústav fyzikální chemie J. Heyrovského AV ČR, v.v.i. |
| Role organizace | příjemce - koordinátor |
| POLOŽKA UZNANÝCH NÁKLADŮ |
Náklady skutečně vynaložené tis. Kč |
z toho skutečně hrazené z účelové podpory tis. Kč |
|---|---|---|
| F1,3,4,5,6,7,8. - Běžné položky uznaných nákladů | 20060 | 20060 |
| F2. - Investiční položky uznaných nákladů | 2804 | 2804 |
| F9. CELKEM | 22864 | 22864 |
| |
PŘEVOD DO fondu tis. Kč |
POUŽITÍ Z fondu tis. Kč |
|---|---|---|
| F0. - Zúčtování s Fondem účelově určených prostředků | 0 | 0 |
| ZDROJE FINANCOVÁNÍ CELKEM tis. Kč |
- z toho Účelová podpora (DOTACE) tis. Kč |
- z toho Ostatní veřejné zdroje tis. Kč |
- z toho Neveřejné zdroje tis. Kč |
|
|---|---|---|---|---|
| Z9. | 22864 | 22864 | 0 | 0 |
| Rok | CELK |
| Typ | skutečné |
| Organizace | Univerzita Karlova v Praze, Fakulta Přírodovědecká |
| Role organizace | příjemce |
| POLOŽKA UZNANÝCH NÁKLADŮ |
Náklady skutečně vynaložené tis. Kč |
z toho skutečně hrazené z účelové podpory tis. Kč |
|---|---|---|
| F1,3,4,5,6,7,8. - Běžné položky uznaných nákladů | 14098 | 14098 |
| F2. - Investiční položky uznaných nákladů | 2234 | 2000 |
| F9. CELKEM | 16332 | 16098 |
| |
PŘEVOD DO fondu tis. Kč |
POUŽITÍ Z fondu tis. Kč |
|---|---|---|
| F0. - Zúčtování s Fondem účelově určených prostředků | 0 | 0 |
| ZDROJE FINANCOVÁNÍ CELKEM tis. Kč |
- z toho Účelová podpora (DOTACE) tis. Kč |
- z toho Ostatní veřejné zdroje tis. Kč |
- z toho Neveřejné zdroje tis. Kč |
|
|---|---|---|---|---|
| Z9. | 16332 | 16098 | 234 | 0 |
| Rok | CELK |
| Typ | skutečné |
| Organizace | Ústav experimentální medicíny AV ČR, v.v.i |
| Role organizace | příjemce |
| POLOŽKA UZNANÝCH NÁKLADŮ |
Náklady skutečně vynaložené tis. Kč |
z toho skutečně hrazené z účelové podpory tis. Kč |
|---|---|---|
| F1,3,4,5,6,7,8. - Běžné položky uznaných nákladů | 2283 | 2283 |
| F2. - Investiční položky uznaných nákladů | 170 | 170 |
| F9. CELKEM | 2453 | 2453 |
| |
PŘEVOD DO fondu tis. Kč |
POUŽITÍ Z fondu tis. Kč |
|---|---|---|
| F0. - Zúčtování s Fondem účelově určených prostředků | 0 | 0 |
| ZDROJE FINANCOVÁNÍ CELKEM tis. Kč |
- z toho Účelová podpora (DOTACE) tis. Kč |
- z toho Ostatní veřejné zdroje tis. Kč |
- z toho Neveřejné zdroje tis. Kč |
|
|---|---|---|---|---|
| Z9. | 2453 | 2453 | 0 | 0 |
| Rok | CELK |
| Typ | skutečné |
| Organizace | Ústav molekulární genetiky AV ČR, v.v.i. |
| Role organizace | příjemce |
| POLOŽKA UZNANÝCH NÁKLADŮ |
Náklady skutečně vynaložené tis. Kč |
z toho skutečně hrazené z účelové podpory tis. Kč |
|---|---|---|
| F1,3,4,5,6,7,8. - Běžné položky uznaných nákladů | 25589 | 25589 |
| F2. - Investiční položky uznaných nákladů | 4393 | 3944 |
| F9. CELKEM | 29982 | 29533 |
| |
PŘEVOD DO fondu tis. Kč |
POUŽITÍ Z fondu tis. Kč |
|---|---|---|
| F0. - Zúčtování s Fondem účelově určených prostředků | 0 | 0 |
| ZDROJE FINANCOVÁNÍ CELKEM tis. Kč |
- z toho Účelová podpora (DOTACE) tis. Kč |
- z toho Ostatní veřejné zdroje tis. Kč |
- z toho Neveřejné zdroje tis. Kč |
|
|---|---|---|---|---|
| Z9. | 29982 | 29533 | 0 | 449 |
| Rok | CELK |
| Typ | skutečné |
| Organizace | Fyziologický ústav AV ČR, v.v.i. |
| Role organizace | spolupříjemce |
| POLOŽKA UZNANÝCH NÁKLADŮ |
Náklady skutečně vynaložené tis. Kč |
z toho skutečně hrazené z účelové podpory tis. Kč |
|---|---|---|
| F1,3,4,5,6,7,8. - Běžné položky uznaných nákladů | 20062 | 20062 |
| F2. - Investiční položky uznaných nákladů | 3074 | 3074 |
| F9. CELKEM | 23136 | 23136 |
| |
PŘEVOD DO fondu tis. Kč |
POUŽITÍ Z fondu tis. Kč |
|---|---|---|
| F0. - Zúčtování s Fondem účelově určených prostředků | 0 | 0 |
| ZDROJE FINANCOVÁNÍ CELKEM tis. Kč |
- z toho Účelová podpora (DOTACE) tis. Kč |
- z toho Ostatní veřejné zdroje tis. Kč |
- z toho Neveřejné zdroje tis. Kč |
|
|---|---|---|---|---|
| Z9. | 23136 | 23136 | 0 | 0 |
| Rok | CELK |
| Typ | skutečné |
| PROJEKT | LC06063 - CELKEM |
| POLOŽKA UZNANÝCH NÁKLADŮ tis. Kč |
Náklady skutečně vynaložené tis. Kč |
z toho skutečně hrazené z účelové podpory tis. Kč |
|---|---|---|
| F1,3,4,5,6,7,8. - Běžné položky uznaných nákladů | 82092 | 82092 |
| F2. - Investiční položky uznaných nákladů | 12675 | 11992 |
| F9. CELKEM | 94767 | 94084 |
| ZDROJE FINANCOVÁNÍ CELKEM tis. Kč |
- z toho Účelová podpora (DOTACE) tis. Kč |
- z toho Ostatní veřejné zdroje tis. Kč |
- z toho Neveřejné zdroje tis. Kč |
|
|---|---|---|---|---|
| Z9. | 94767 | 94084 | 234 | 449 |
| Pořadí | Soubor | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
||||
| 2 |
|
||||
| 3 |
|
||||
| 4 |
|
||||
| Pořadí | Soubor | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
||||
| 2 |
|
||||
| 3 |
|
||||
| 4 |
|
||||
| Pořadí | Soubor | ||||
|---|---|---|---|---|---|
| 1 |
|
||||
| 2 |
|
||||
| 3 |
|
||||
| 4 |
|
||||
| Pořadí | Soubor | |||
|---|---|---|---|---|
| 01 |
|
|||
| 02 |
|
|||
| 03 |
|
|||
| 04 |
|
|||
| 05 |
|
|||
| 06 |
|
|||
| 07 |
|
|||
| 08 |
|
|||
| 09 |
|
|||
| 10 |
|
|||
| 11 |
|
|||
| 12 |
|
|||
| 13 |
|
|||
| 14 |
|
|||
| 15 |
|
|||
| 16 |
|
|||
| 17 |
|
|||
