BIOORGANICKÁ CHEMIE 2012

Cyklus přednášek Michala Hocka BIOORGANICKÁ CHEMIE probíhá v letním semestru 2012 na Vysoké škole chemicko-technologické v Praze v rozsahu 3 hodin týdně. Přednášky se konají každý čtvrtek od 13:00 do 15:50 v místnosti 250 - budova A.

BIOORGANICKÁ CHEMIE (Michal Hocek) - Syllabus

Předpoklady na studenty: absolvování předmětů Organická chemie, Biochemie a doporučeně i Molekulární design
Návazné předměty: Farmakochemie

1. Úvod: vymezení pojmů, základní rozvrh předmětu, typy molekulových interakcí, základní principy a energetika reakcí v živých organismech, metabolické dráhy, srovnání “biochemického” a “chemického” pohledu na tyto procesy
2. Struktura a funkce nukleových kyselin: genetická informace, struktura DNA, RNA, párování nukleobází, konformace cukerných částí, katalytické RNA, triplexy a kvadruplexy, komplexy s proteiny, mutace, vazby a interakce malých molekul, interkalace
3. Biosyntéza a metabolismus nukleových kyselin a jejich složek: biosyntéza DNA (replikace) a RNA (transkripce) a jejich následné modifikace a katabolismus; biosyntéza a katabolismus nukleobází, nukleosidů a nukleotidů
4. Chemická syntéza nukleových kyselin a jejich složek: chemické syntézy a modifikace nukleobází, nukleosidů a nukleotidů, chemická syntéza oligonukleotidů, biokatalytická syntéza oligonukleotidů a DNA (PCR)
5. Struktura a funkce proteinů: struktury proteinů (primární-kvartérní), konformace řetězce, funkce postranních skupin, konjugáty (glyko-, fosfo-, metaloproteiny atd.)
6. Biosyntéza a metabolismus proteinů: biosyntéza a metabolismus aminokyselin, biosyntéza proteinů (translace), posttranslační modifikace, štěpení a odbourávání proteinů
7. Chemická a biotechnologická syntéza peptidů a proteinů: chemické syntézy peptidů v roztoku i na pevném nosiči, chránící a aktivační skupiny, kombinatoriální přístupy, kombinace chemických a enzymatických metod, rekombinantní metoda, peptidomimetika
8. Enzymy a mechanismy enzymových reakcí: enzymy, kofaktory, mechanismy a regulace enzymových reakcí, rovnováhy a kinetika, inhibice
9. Biotechnologické a biokatalytické přístupy k organické syntéze: využití enzymů, mikroorganismů a protilátek v organické chemii, enzymové inženýrství a biotechnologie
10. Sacharidy: struktura a funkce sacharidů a polysacharidů, metabolismus a základní principy chemických syntéz glykosidů a oligosacharidů
11. Membrány a regulační procesy: struktura a funkce biomembrán, přenos iontů a látek přes membrány, regulační procesy - receptory a hormony
12. Biosyntéza a metabolismus ostatních tříd přírodních látek: metabolismus lipidů, terpenoidů a dalších přírodních látek, biomimetické totální syntézy přírodních látek
13. Design a syntéza umělých bioanalogických systémů: strukturní analogy biomolekul (antimetabolity), umělé enzymy, principy “in vitro selekce”, chemická genetika
14. Základní principy nejužívanějších biochemických metod: chemické principy a praktické použití sekvenace, “blottování”, PCR atd. (tuto přednášku bude přednášet Dr. Jan Konvalinka)

Celý syllabus je možno stáhnout ve formátu pdf: bioorgch.pdf