Článek v časopisu Journal of Computer-Aided Molecular Design

O "homologním" modelování receptoru pro acetylcholin muskarinového typu, podtypu M2

 Bylo vytvořeno 12 modelů lidského potypu M2 receptorů pro acetylcholin muskarinového typu pomocí programu Prime nebo programu Modeller na základě homologie s různými sadami "templátů". Tyto modely byly porovnány s krystalografickou strukturou M2 receptoru (PDB: 3UON). Výsledky dokládají klíčovou roli "templátu" v "homologním modelování". I když pomocí odhadu relativních vazebných energií lze rozlišit mezi relativně dobrými a špatnými modely, nelze vybrat ten nejlepší. Na druhou stranu, vizuální kontrola známých vlastností receptoru a "knowledge-based" analýza intramolekulárních interakcí umožňuje vybrat celkově nejlepší modely ručně.

Jakubík J, Randáková A, Doležal V: On homology modeling of the M-2 muscarinic acetylcholine receptor subtype. Journal of Computer-Aided Molecular Design 2013; 27:525-538. IF=3.172

autor: jakubik@biomed.cas.cz

Článek v časopisu PLoS ONE
Charakterizace vazebného místa proteinu S100A1 na TRPC6 C-konci.

Článek v časopisu Biochimica Et Biophysica Acta-Molecular and Cell Biology of Lipids
Zvýšení oxidační kapacity mitochondrií bez aktivace UCP1 v bílé tukové tkáni – klíč ke zdravému fenotypu.

Článek v časopisu Biochimica Et Biophysica Acta-Molecular Cell Research
Protony stabilizují zavřený stav spontánně aktivních TRPV1 iontových kanálů

Článek v časopisu Physiology and Behavior
Porovnání citlivosti potkanů Long-Evans a Wistar ke skopolaminu ve dvou kognitivních úlohách, Morrisově vodním bludišti a rotující aréně

Článek v časopisu Electrophoresis
Monotopické modifikace albuminu způsobené in vitro glykací

Článek v časopisu Biochimica Et Biophysica Acta-Bioenergetics
Funkce a úloha mitochondriální glycerol-3-fosfát dehydrogenázy v savčích tkáních

Článek v časopisu PLoS ONE
Zvýšená citlivost cirkadiánního systému na časové změny v režimu krmení u spontánně-hypertenzních potkanů - potenciální role Bmal2 v játrech.

Článek v časopisu PLoS ONE
Synchronizace fibroblastů ze spontánně-hypertenzního potkana pomocí teplotních cyklů

Článek v časopisu IEEE Transactions on Medical Imaging
Po částech monotonní subgradientový algoritmus pro přesnou registraci fyzických mikroskopických řezů s nespojitostmi, založenou na minimalizaci L1-TV funkcionálu

Článek v časopisu International Journal of Cancer
Asociace mezi hodinovými geny a geny buněčného cyklu v kolorektálních tumorech myší.

Článek v časopisu International Journal of Biochemistry and Cell Biology
Antioxidační aktivita způsobená součinností redox-sensitivní mitochondriální fosfolipázy A2 a odpřahujícího proteinu-2 v plicích a slezině.

Článek v časopisu Hippocampus
Hipokampus u potkanů je důležitý pro poznávání polohy objektů v nepřístupném prostoru.

Článek v časopisu Behavioural Brain Research
Detekce narušení flexibility učení ve dvou úlohách v animálním modelu schizofrenie vyvolaném akutním podáním MK-801: dávkově-závislostní studie.

Článek v časopisu Chronobiology International
Chronotyp lidí lze zjistit z periferních tělních buněk za přirozených podmínek běžného života.

Článek v časopisu Biochimica Et Biophysica Acta-Biomembranes
Vhc1, nový transporter rodiny elektroneutrálních kotransportérů kation-Cl−, se podílí na regulaci obsahu kationtů a morfologie vakuol v Saccharomyces cerevisiae.

Článek v časopisu International Journal of Biochemistry and Cell Biology
Distribuce mitochondriálních nukleoidů v důsledku fragmentace a reintegrace mitochondriální sítě v HEPG2 buňkách.

Článek v časopisu Journal of Neuroscience
Potenciace inhibičního synaptického přenosu extracelulárním ATP v suprachiasmatických jádrech.

Článek v časopisu PLoS One
Mnohočetná úloha aminokyselinových zbytků extracelulárního vestibulu ve funkci P2X4 receptoru.

Článek v časopisu Endocrinology
Komplexní cholinergní signalizace v hypofyzárních gonádoropech

Článek v časopisu Experimental Neurology
Tvorba superoxidového anionu v mozku mláďat laboratorního potkana během křečí: Protekce podáním vybraných látek.

Článek v časopisu Anesthesiology
Pórový helix je kritickou doménou určující kafrovou citlivost transient receptor potential vaniloidního receptoru typu 1 (TRPV1).

Článek v časopisu International Journal of Obesity
Mezipohlavní rozdíly u myší s obezitou indukovanou vysokotukovou dietou: expandabilita tukové tkáně a glykemická kontrola.

Článek v časopisu European Journal of Neuroscience
Fotoperiodická modulace hodin v játrech suprachiasmatickými jádry a režimem příjmu potravy u laboratorní myši.

Článek v časopisu PLoS ONE
Ranní chronotyp a tkáňově-specifické změny funkce cirkadiánních genů u spontánně hypertenzních potkanů.

Článek v časopisu Journal of Biological Chemistry
Klíčové aminokyselinové zbytky ve třetích membránových doménách NR1 a NR2 podjednotek přispívají k regulaci povrchové exprese N-metyl-D-aspartátových receptorů.

Článek v časopisu Journal of Neurochemistry
Individuální aminokyselinový zbytek ve 4. membránové doméně GluN1 podjednotky reguluje povrchovou expresi NMDA receptorů.

Článek v časopisu PLoS ONE
Míry variability pozitivních náhodných veličin

Článek v časopisu Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
Funkční vyřazení hipokampu narušuje schopnost potkana vyhýbat se pohyblivému objektu.

Článek v časopisu Neuroscience
Omezení doby příjmu potravy ovlivňuje denní profily exprese hodinových genů v suprachiasmatickém jádře potkana vystaveného stálému světlu

Článek v časopisu Neuroscience
Aktivace purinergních P2X receptorů moduluje synaptické uvolňování glutamátu a GABA v supraoptických neuronech

Článek v časopisu Biochimica et Biophysica Acta
Up-regulace adenylyl cyklázy I a II indukovaná dlohodobou adaptací potkanů na
morfium se ztrácí 20 dnů po ukončení podávání morfia

Článek v časopisu American Journal of Physiology
Cirkadiánní regulace absorpce elektrolytů v tračníku potkana

Článek v časopisu Journal of Neuroinflammation
Modulace synaptické aktivity v míše prostřednictvím cytokinu TNF-alpha u modelu periferní neuropatie.

Článek v časopisu Behavioural Brain Research
Inerciální stimuly generované rotací arény jsou důležité pro osvojení si úlohy aktivního se vyhýbání místa.

Článek v časopisu Current Pharmaceutical Biotechnology
Akutní desenzitizace TRPV1

Článek v časopisu Chronobiology International
Cirkadiánní hodiny v játrech, duodenu a tlustém střevě se liší ve své schopnosti udržet rytmicitu v podmínkách konstantního světla a ve schopnosti synchronizace omezením doby přijmu potravy

Článek v časopisu Amino Acids
Charakterizace kalmodulin vazebných domén na C-koncích TRPV2 a TRPV5

Článek v časopisu Mitochondrion
Stanovení základních funkcí mitochondrií v tkáňových homogenátech potkanů

Přehledový článek v časopisu Cardiovascular Research
Struktura a funkce kardiovaskulárního systému za vývoje

Článek v časopisu Journal of Hypertension
Úloha nifedipin-sensitivní vasokonstrikce při udržování vysokého krevního tlaku u spontánně hypertenzních potkanů: účinek inaktivace Gi proteinů podáním pertusis toxinu

Článek v časopisu Journal of Comparative Neurology
Exprese hodinových genů Per1 a Per2 a genu c-fos a jejich citlivost na světlo v retině laboratorního potkana během časného postnatálního vývoje

Článek v časopisu Epilepsia
Metabotropní glutamátové receptory jako cíl antikonvulsivního a anxiolytického účinku u mláďat potkanů

Článek v časopisu Analytical and Bioanalytical Chemistry
Stanovení nerozpustných proteinů ve skořápce ptačích vajec.

Článek v časopisu Journal of Biological Rhythms
Vystavení březích samic laboratorního potkana omezené době krmení synchronizuje hodiny v SCN jejich plodů v podmínkách konstantního světla, ne však při režimu střídání světla a tmy.

Journal article: Journal of Neuroinflammation
Tumor necrosis faktor alfa senzitizuje míšní TRPV1 receptory vůči endogennímu agonistovi N-oleoyldopamine

Článek v časopisu Journal of Chromatography A
Neenzymatické posttranslační modifikace hovězího sérového albuminu způsobené oxo-sloučeninami zkoumané vysokoúčinnou kapalinovou chromatografií a kapilární zónovou elektroforézou s hmotnostní spektrometrií.

Článek v časopisu Journal of Biological Chemistry
Konzervované aminokyselinové zbytky v oblasti 4. a 5. transmembránové domény zprostředkovávají různé funkce u teplotně aktivovaných vaniloidních receptorů TRPV

Článek v časopisu Biochimica Et Biophysica Acta-Bioenergetics
Inhibice exprese F1 epsilon podjednotky vede ke snížení obsahu mitochondriální ATP syntázy a má za následek akumulaci podjednotky c

Článek v časopisu Journal of Bioenergetics and Biomembranes
Inhibice cytochrom c oxidázy kyanidem a její odstranění pomocí pyruvátu

Článek v časopisu Biochimica Et Biophysica Acta-Molecular Cell Research
Esenciální úloha domnělé oblasti S6 vnitřního póru v procesech aktivace lidského TRPA1 kanálu.

Článek v časopisu Journal of Structural Biology
Nový epigenetický znak: s replikací spřažená, na buněčném cyklu závislá, dvojitá modifikace koncové části histonu H4.

Článek v časopisu International Journal of Biochemistry and Cell Biology
Dynamika mitochondriální retikulární sítě ve vztahu k oxidativnímu stresu stresu, redoxní regulaci a hypoxii.

Článek v časopisu American Journal of Physiology-Heart and Circulatory Physiology
Cesty k embryonálnímu srdečnímu selhání.

Článek v časopisu Neuroscience

Teplotní závislost N-metyl-D-aspartátových receptorů a excitačních postsynaptických proudů zprostředkovaných N-metyl-D-aspartátovými receptory.

Článek v časopisu Epilepsia
Vigabatrin ale ne valproát blokuje vznik flexních záchvatů vyvolaných n-metyl-aspartátem (NMDA) u mláďat laboratorního potkana.

Článek v časopisu Neuroscience
Inzulin moduluje excitační postsynaptické proudy zprostředkované AMPA receptory na neuronech zadního rohu míšního.

Článek v časopisu Endocrinology
11Beta-hydroxysteroid dehydrogenáza je indukována adaptací na chronickou intermitentní hypoxií v myokardu potkana.

Článek v časopisu Epilepsia
Antagonisté metabotropních glutamátových receptorů skupiny I a korové následné výboje u nezralých potkanů.

Článek v časopisu International Journal of Biochemistry and Cell Biology
Pro-oxidativní, do mitochondrií cílený Ubichinon MitoQ10 působí jako anti-oxidant, když je zpomalený elektronový transport nebo pumpování protonů na Komplexu I.

Článek v časopisu Chronobiology International
Časový gradient v expresi hodinových genů a genu pro kinázu kontrolující buněčný cyklus Wee1 podél střeva

Článek v časopisu Journal of Neurophysiology
Úloha TRPV1 endogenního agonisty N-oleoyldopaminu v modulaci nociceptivní signalizace na míšní úrovni

Článek v časopisu Proceedings of the National Academy of Sciences of the USA
Prostorové volby a kognitivní strategie založené na abstraktních prostorových stimulech v rotačním testu: srovnání primátů a lidí.

Článek v prestižním časopise Nature Genetics.
Odhalení distribuce a funkčního významu variability v počtu kopií genů u laboratorního potkana

Článek v prestižním časopise Nature Genetics.
Review: Odhalení osteoglycinu (Ogn) jako genetické determinanty predisponující k hypertrofii levé komory srdeční u potkana, myši a lidí

Článek v prestižním časopise Nature Genetics.
Genetické mapování pomocí jednonukleotidových polymorfizmů (SNP) a haplotypů u laboratorního potkana

Článek v prestižním časopise Nature Genetics.
Odhalení renální exprese Cd36 jako genetické determinanty krevního tlaku a rizikového faktoru vývinu hypertenze

Článek v prestižním časopise Nature Genetics
Studium molekulární podstaty závažné dědičné mitochondriální choroby - novorozenecké encefalo-kardiomyopatie.

Článek v časopise Obesity
Chemické deriváty dokosahexaenové kyseliny (DHA) v prevenci a léčbě obezity indukované vysokotukovou dietou u myší

Článek v časopise Diabetologia
n-3 mastné kyseliny a rosiglitazon mají aditivní efekty na syntézu glykogenu ve svalu u myší krmených vysokotukovou dietou

Článek v prestižním časopise Proceedings of National Academy of Sciences of the USA
Risperidon a ritanserin, ale ne haloperidol blokují vliv dizocilpinu v úloze aktivního alotetického vyhýbání se místu.

Článek v časopise FASEB
Exprese genu pro hydrofobní podjednotku c kontroluje množství savčí mitochondriální ATP syntázy in vivo.

Článek v prestižním časopise Oncogene.
Review. Současné poznatky o struktuře FOXO forkhead transkripčních faktorů a mechanismech jejich regulace.

Článek v časopise PLoS Computational Biology
Princip efektivního kódování poprvé potvrzen pro případ čichu

Článek v Neurobiology of Aging
Research article: Průkaz poruch cholinergní neurotransmise v časném stadiu rozvoje patologie u transgenního myšího modelu Alzheimerovy nemoci.

Článek v časopise American Journal of Physiology Endocrinology and Metabolism
Indukce termogeneze ve svalu vysokotukovou dietou u myší: asociace s odolností k obezitě.

Článek v časopise Journal of Pineal Research
Úloha prolinových zbytků ve struktuře a funkci lidského MT2 melatoninového receptoru.