V roce 1932 založil T. G. Masaryk formou nadace Ústav T. G. Masaryka (dále jen ÚTGM), jemuž věnoval svou osobní knihovnu, archiv, muzeum darů a finanční prostředky na jeho činnost.
V roce 1990 byl ÚTGM jako o.p.s. obnoven a získal v restitucích zpět knihovnu a archiv. ÚTGM neměl k dispozici žádné finanční prostředky, budovu ani depozitáře, kam by znovuzískané fondy mohl uložit. Proto v roce 1995 převzal správu nově vzniklý Masarykův ústav AV ČR (dále jen MSÚ) a v roce 2006 na něj navazující Masarykův ústav a Archiv AV ČR (dále jen MÚA). Na začátku chybějící finanční prostředky a odpovídající depozitáře prodloužily převzetí sbírek z depozitářů Národní knihovny (z Postoloprt a Rakovníka) a z Knihovny AV ČR. Celkový počet vrácených svazků se odhaduje na 160 000, což představuje 3 800 bm knih a časopisů. Osobní profesorská knihovna, která představovala nejcennější část, byla v neprospěch původního majitele předána Ústřední knihovně Univerzity Karlovy (nyní v depozitáři mimo Prahu, 30 000 – 40 000 svazků). Jen malá část se na začátku 21. století vrátila (7 500 svazků) k ostatním fondům deponovaným Na Florenci a v Jenštejně.
Věříme, že stěhování, které proběhlo koncem roku 2016, bylo poslední. Fondy jsou nyní uloženy v nově zrekonstruovaném depozitáři v Praze 8. Do dalšího depozitáře, jenž byl pro tyto účely rekonstruován, byla v roce 2019 umístěna zbývající část profesorské knihovny v majetku Univerzity Karlovy. Díky smlouvě o součinnosti a spolupráci mezi MÚA AV ČR a UK se podařilo po více než šedesáti letech veškeré fondy knihovny T. G. Masaryka soustředit na jednom místě. Dluh vůči knihovně a jejímu zakladateli tak bude konečně vyrovnán.
