Knihovna Masarykova ústavu a Archivu AV ČR
Knihovna T. G. Masaryka
Na základě Věnovací listiny vznikla v roce 1932 nadace Ústavu T. G. Masaryka (dále jen ÚTGM). Prezident tak daroval svoji soukromou knihovnu, archiv a sbírku darů, tzv. muzeum. Základem knihovny byla tzv. knihovna profesorská, která při svém převedení do ÚTGM čítala asi 70.000 svazků. Tento počet byl později doplňován pravidelnými nákupy, dary zahraničních knihoven a soukromými odkazy. Celek představoval jedinečnou kuturní hodnotu: soustřeďovala se zde literatura ze všech vědních oblastí, jimž Masaryk věnoval pozornost. Knihovna spolu s archivem představovala v té době studijní instituci srovnatelnou s prezidentskými knihovnami v USA.
Také zakoupené či darované soukromé knihovny významných osobností 1. republiky (E. Rádl, V. K. Škrach), často s unikátními individualizujícími prvky, se postupně staly cenným studijním materiálem. Naprosto zásadním průlomem do akvizice jak početně, tak z hlediska hodnoty fondu byla však koupě knihovny Rudolfa Hirsche v roce 1938. Sbírka fenomenálního sběratele, žáka a sekretáře Franze Brentana čítala cca 60.000 svazků, z toho 9–10.000 starých tisků nejširšího tématického záběru včetně věd přírodních.
V roce 1941 byl ÚTGM z příkazu okupačních úřadů zrušen, po válce se několikrát stěhoval se všemi svými knižními i archivními fondy do stále se zhoršujících podmínek a v roce 1954 bylo rozhodnuto o jeho úplné likvidaci. Počet zapsaných knihovních jednotek tehdy dosáhl počtu více než 200 000. Fondy byly rozděleny mezi Ústav dějin KSČ (Masarykův archiv a nejcennější, tzv. profesorská část knihovny), Univerzitní knihovnu (dnešní Národní knihovnu ČR) a Základní knihovnu Československé akademie věd.
Teprve v 90. letech 20. století se knihy začaly vracet obnovenému ÚTGM. Správou knihovny, podobně jako je to u původních archivních fondů ÚTGM, byl od roku 1995 pověřen nově ustavený Masarykův ústav AV ČR. Od roku 2017 probíhá s finanční podporou Vlády ČR systematická katalogizace knihovního fondu ÚTGM, čítajícího dnes cca 160.000 svazků.
Knihovna Masarykova ústavu AV ČR
Od roku 1995, kdy byl založen Masarykův ústav AV ČR, je budována jeho příruční knihovna.
Knihovna Archivu AV ČR
Archiv Československé akademie věd začal od svého vzniku v roce 1953 cíleně vytvářet svou knihovnu nákupy nových i antikvárních knih. Zvláštní skupinu tvoří příruční knihovna Oddělení pro soupis a studium rukopisů, která představuje v českém prostředí unikátní sbírku kodikologické literatury. Specifickým celkem byla kompletní řada publikací České akademie věd a umění (1891–1952). Po roce 1991 byly převzaty knihovní fondy bývalého Kabinetu pro studium díla Zdeňka Nejedlého ČSAV. V roce 2002 byla část knihovny poškozena povodní. Postižena byla především knihovna Z. Nejedlého, publikace ČAVU a část fondu periodik.
V současné době probíhá retrokatalogizace knihovního fondu v systému ALEPH.
V roce 2006 byl Masarykův ústav AV ČR sloučen s Archivem AV ČR. V rámci ústavu tak fungují (spojeny jen volně) dvě knihovny: knihovna Masarykova ústavu AV ČR, spravující též Knihovnu T. G. Masaryka, a knihovna Archivu AV ČR.