V získávání grantů a dotací na výzkum a vývoj patří FZU mezi nejúspěšnější ústavy AV ČR. Naši vědci se aktivně podílejí na řešení projektů financovaných jak národními tak i mezinárodními poskytovateli.
V rámcových programech Evropské komise dosud získali 94 grantů: 22 (FP6), 25 (FP7), 34 (H2020) a 16 (HE). K internacionalizaci vědeckého prostředí FZU přispívá i nárůst počtu MSCA Postdoctoral fellowship, kolaborativní projekty typu MSCA Doctoral networks a Staff Exchanges, v neposlední řadě i projekty z programu WIDESPREAD (Twinning, Teaming) a ERC. FZU je držitelem i prestižního MSCA COFUND grantu, Physics for Future, který byl navržen jako unikátní vzdělávací platforma spojující 71 mezinárodních akademických i průmyslových institucí. V průběhu projektu nastoupí do FZU 60 postdoktorandů.
Vědecko-výzkumný prostor FZU zásadně ovlinily i dotace z Evropských Investičních a Strukturálních fondů. K 1. 1. 2023 vědci FZU řeší 13 projektů ESIF, mezi než patřil i největší projekt tohoto typu v ČR - Extreme Light Infrastructure (ELI) a bývalá stejnojmenná sekce FZU, která se od ledna stala samostatným právním subjektem a součástí evropské vědecko-výzkumné organizace The Extreme Light Infrastructure ERIC (ELI ERIC). Strategický záměr FZU posílit výzkum a konkurenceschopnost v oblasti fyziky pevných látek je v současné době realizován v podobě rozsáhlého projektu SOLID21. K udržení ocenění HR Excellence in Research Award, jež FZU získalo v roce 2019, přispěly dva projekty, HR AWARD a STIMUL.
FZU se úspěšně účastní i grantových soutěží národních poskytovatelů, jako je GAČR, TA ČR, MPO, MŠMT a Akademie věd ČR. V roce 2023 vědci FZU řeší, například, 71 projektů GAČR., z nichž 4 jsou prestižní granty EXPRO.