Botanický ústav Akademie věd České republiky se zabývá vědeckým výzkumem vegetace na úrovni organizmů, populací, společenstev a ekosystémů. Výzkum jednotlivých pracovních skupin zahrnuje zejména taxonomii, biosystematiku a evoluci cévnatých i bezcévných rostlin a vybraných skupin hub, populační biologii, ekologii, fytogeografii, klasifikaci rostlinných společenstev a mapování vegetace a paleoekologii. Součástí práce Botanického ústavu je správa Průhonického parku s rozsáhlými sbírkami domácích i introdukovaných rostlin.