
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 142 to 142 | ||||||||
5. Seznam uživatelů clusteru Dorje
| ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| ||||||||
| Line: 151 to 153 | ||||||||
| ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Aktualizace seznamu 4.2.2009 | |||||||
| > > | Aktualizace seznamu 18.2.2009 | |||||||
| Zpět | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 53 to 53 | ||||||||
| ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < |
| |||||||
| > > |
| |||||||
| Zpět | ||||||||
| Line: 73 to 73 | ||||||||
| ssh ui.dorje.fzu.cz | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Při prvním přihlášení se vygenerují ssh klíče, které zajišťují přenos dat mezi výpočetními uzly a login nodem. Tyto klíče nesmí uživatel změnit ani vymazat!!! | |||||||
| > > | ||||||||
| Zpět | ||||||||
| Line: 134 to 134 | ||||||||
4.2 Typy front | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | V současné době jsou vytvořeny dvě testovací fronty: batch a test. Fronty zatím nejsou specifikovány pro určitý typ úloh. Úlohy je možné zadávat do libovolné z nich. | |||||||
| > > | V současné době je pro uživatele k dispozici pouze fronta batch. | |||||||
| Zpět | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 144 to 144 | ||||||||
| ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Aktualizace seznamu 20.1.2009 | |||||||
| > > | Aktualizace seznamu 4.2.2009 | |||||||
| Zpět | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 9 to 9 | ||||||||
Upozornění: | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Cluster Dorje je v testovacím režimu. | |||||||
| > > | Cluster Dorje je stále v testovacím režimu. | |||||||
Obsah: | ||||||||
| Line: 78 to 78 | ||||||||
| Zpět | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 3. Zadávání úloh | |||||||
| > > | 3. Kompilace programu | |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 3.1. Frontový systém Torque | |||||||
| > > |
| |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Na clusteru Dorje je nainstalován frontový systém Torque ( Terascale Open-source Resource and QUEue manager ) - opensourceová verze systému PBS. Příkazy jsou v podstate shodné s příkazy používanými v PBS. | |||||||
| > > | ifort -assume buffered_io -static-intel -O3 -xHost -mtune=pentium4 -align -pad -fp-model fast=1 -ipo
4. Zadávání úloh4.1. Frontový systém TorqueNa clusteru Dorje je nainstalován frontový systém Torque ( Terascale Open-source Resource and QUEue manager ) - opensourceová verze systému PBS. Příkazy jsou v podstate shodné s příkazy používanými v PBS (např. qstat, qdel, ... ). | |||||||
| Základní rozdíl je v zadávání požadavků v příkazu qsub. Parametr -l se zadává starší syntaxí nodes=...:ppn=... ( Novější syntaxe pomocí tzv. chunků select=... nefunguje). | ||||||||
| Line: 91 to 132 | ||||||||
| Zpět | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 3.2 Typy front | |||||||
| > > | 4.2 Typy front | |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | V současné době je vytvořena pouze jedna testovací fronta označená test. | |||||||
| > > | V současné době jsou vytvořeny dvě testovací fronty: batch a test. Fronty zatím nejsou specifikovány pro určitý typ úloh. Úlohy je možné zadávat do libovolné z nich. | |||||||
| Zpět | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 4. Seznam uživatelů clusteru Dorje | |||||||
| > > | 5. Seznam uživatelů clusteru Dorje | |||||||
| ||||||||
| Line: 1 to 1 | |||||||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Dokumentace pro uživatele SGI clusteru Dorje | |||||||||||||||
| Added: | |||||||||||||||
| > > | Veškeré dotazy a problémy spojené s clusterem Dorje zasílejte výhradně na e-mailovou adresu fzu zavináč rt3.cesnet.cz.
Upozornění:Cluster Dorje je v testovacím režimu. | ||||||||||||||
Obsah: | |||||||||||||||
| Line: 12 to 19 | |||||||||||||||
1. Základní informace | |||||||||||||||
| Added: | |||||||||||||||
| > > | 1.1 Název clusteru | ||||||||||||||
dorje [:dordže:] - z tibetštiny, rituální žezlo, v překladu Diamantový klín, doslovně Pán kamene
![]() | |||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < | 1.1 Struktura SGI clusteru Dorje | ||||||||||||||
| > > | 1.2 Struktura clusteru | ||||||||||||||
| 1. Hardwarové vybavení | |||||||||||||||
| Line: 43 to 52 | |||||||||||||||
2. Softwarové vybavení
| |||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < |
| ||||||||||||||
| > > |
| ||||||||||||||
| |||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < | 1.2 Přihlášení uživatele | ||||||||||||||
| > > | 2. Nový uživatel2.1 Zřízení uživatelského účtuÚčet bude zřízen pouze na základě žádosti schválené Pavlem Jelínkem, Pavlem Novákem nebo Františkem Mácou a zaslané na e-mailovou adresu fzu zavináč rt3.cesnet.cz. Zpět2.2 Přihlašování uživatele | ||||||||||||||
| Uživatel se přihlašuje pouze na login node uživatelským jménem a heslem stejnými jako na subcluster David: ssh ui.dorje.fzu.cz | |||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < | Při prvním přihlášení se vygenerují ssh klíče, které zajišťují přenos dat mezi výpočetními uzly a login nodem. Tyto klíče nesmí uživatel změnit !!! | ||||||||||||||
| > > | Při prvním přihlášení se vygenerují ssh klíče, které zajišťují přenos dat mezi výpočetními uzly a login nodem. Tyto klíče nesmí uživatel změnit ani vymazat!!! | ||||||||||||||
| Zpět | |||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < | 1.3 Frontový systém Torque | ||||||||||||||
| > > | 3. Zadávání úloh3.1. Frontový systém Torque | ||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < | Na clusteru Dorje je nainstalován frontový systém Torque - opensourceová verze systému PBS. Příkazy jsou v podstate shodné s příkazy používanými v PBS. | ||||||||||||||
| > > | Na clusteru Dorje je nainstalován frontový systém Torque ( Terascale Open-source Resource and QUEue manager ) - opensourceová verze systému PBS. Příkazy jsou v podstate shodné s příkazy používanými v PBS. | ||||||||||||||
| Základní rozdíl je v zadávání požadavků v příkazu qsub. Parametr -l se zadává starší syntaxí nodes=...:ppn=... ( Novější syntaxe pomocí tzv. chunků select=... nefunguje). | |||||||||||||||
| Line: 71 to 91 | |||||||||||||||
| Zpět | |||||||||||||||
| Changed: | |||||||||||||||
| < < | 1.4 Typy front | ||||||||||||||
| > > | 3.2 Typy front | ||||||||||||||
| V současné době je vytvořena pouze jedna testovací fronta označená test. Zpět | |||||||||||||||
| Added: | |||||||||||||||
| > > | 4. Seznam uživatelů clusteru Dorje
| ||||||||||||||
| -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 | |||||||||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 26 to 26 | ||||||||
| ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < |
| |||||||
| > > |
| |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Všechny výpočetní uzly jsou zapojeny do dvou nezávislých InfiniBand sítí. Jedna síť je určena pro přesuny dat mezi výpočetními uzly, druhá je vyhrazena pro MPI komunikaci při běhu paralelních úloh. | |||||||
| > > | Všechny výpočetní uzly jsou zapojeny do dvou nezávislých InfiniBand sítí. Jedna síť je určena pro přesuny dat mezi výpočetními uzly, druhá je vyhrazena pro MPI komunikaci při běhu paralelních úloh. | |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Jednotlivé výpočetní uzly jsou bezdiskové. Centrální datová oblast je vytvořena polem SGI IS-220 o velikosti 6TB (18 x 400GB). | |||||||
| > > | Jednotlivé výpočetní uzly jsou bezdiskové. Centrální datová oblast je vytvořena polem SGI IS-220 o velikosti 6TB (18 x 400GB). | |||||||
| Horní část předních dveří racku SGI | ||||||||
| Line: 42 to 42 | ||||||||
| 2. Softwarové vybavení | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < |
| |||||||
| > > |
| |||||||
| ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < |
| |||||||
| > > |
| |||||||
| Zpět | ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > | 1.2 Přihlášení uživateleUživatel se přihlašuje pouze na login node uživatelským jménem a heslem stejnými jako na subcluster David: ssh ui.dorje.fzu.cz Při prvním přihlášení se vygenerují ssh klíče, které zajišťují přenos dat mezi výpočetními uzly a login nodem. Tyto klíče nesmí uživatel změnit !!! Zpět1.3 Frontový systém TorqueNa clusteru Dorje je nainstalován frontový systém Torque - opensourceová verze systému PBS. Příkazy jsou v podstate shodné s příkazy používanými v PBS. Základní rozdíl je v zadávání požadavků v příkazu qsub. Parametr -l se zadává starší syntaxí nodes=...:ppn=... ( Novější syntaxe pomocí tzv. chunků select=... nefunguje). qsub -q <fronta> -l nodes=...:ppn=... <skript> Zpět1.4 Typy frontV současné době je vytvořena pouze jedna testovací fronta označená test. Zpět | |||||||
| -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 23 to 23 | ||||||||
| Cluster je založen na systému SGI Altix ICE 8200. Skládá se ze 4 IRU ( Individual Rack Unit ) a několika serverů pro správu a řízení clusteru. | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < |
| |||||||
| > > |
| |||||||
| ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 19 to 19 | ||||||||
1.1 Struktura SGI clusteru Dorje | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 1. Hardwarové vybavení | |||||||
| > > | 1. Hardwarové vybavení | |||||||
| Cluster je založen na systému SGI Altix ICE 8200. Skládá se ze 4 IRU ( Individual Rack Unit ) a několika serverů pro správu a řízení clusteru. | ||||||||
| Line: 32 to 32 | ||||||||
| Jednotlivé výpočetní uzly jsou bezdiskové. Centrální datová oblast je vytvořena polem SGI IS-220 o velikosti 6TB (18 x 400GB). | ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > | Horní část předních dveří racku SGI | |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 2. Softwarové vybavení | |||||||
| > > |
Pohled do nitra SGI racku.
2. Softwarové vybavení | |||||||
| ||||||||
| Line: 46 to 53 | ||||||||
| ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 19 to 19 | ||||||||
1.1 Struktura SGI clusteru Dorje | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 1. Hardware | |||||||
| > > | 1. Hardwarové vybavení | |||||||
| Cluster je založen na systému SGI Altix ICE 8200. Skládá se ze 4 IRU ( Individual Rack Unit ) a několika serverů pro správu a řízení clusteru. | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < |
| |||||||
| > > |
| |||||||
| ||||||||
| Line: 32 to 32 | ||||||||
| Jednotlivé výpočetní uzly jsou bezdiskové. Centrální datová oblast je vytvořena polem SGI IS-220 o velikosti 6TB (18 x 400GB). | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | 2. Software | |||||||
| > > | 2. Softwarové vybavení | |||||||
| ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 21 to 21 | ||||||||
| 1. Hardware | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | SGI cluster Dorje se skládá ze 4 IRU ( Individual Rack Unit ). Každý IRU obsahuje 16 výpočetních uzlů - bladů. Výpočetní uzly jsou dvou-procesorové, procesor typu Intel Xeon Quad-Core. Celkem je tedy v clusteru k dispozici 64 výpočetních uzlů, tj. 512 CPU. Všechny 4 IRU jsou umístěny v jednom racku o velikosti 42U. | |||||||
| > > | Cluster je založen na systému SGI Altix ICE 8200. Skládá se ze 4 IRU ( Individual Rack Unit ) a několika serverů pro správu a řízení clusteru. | |||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| Added: | ||||||||
| > > | Všechny výpočetní uzly jsou zapojeny do dvou nezávislých InfiniBand sítí. Jedna síť je určena pro přesuny dat mezi výpočetními uzly, druhá je vyhrazena pro MPI komunikaci při běhu paralelních úloh. | |||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Zpět | |||||||
| > > | Jednotlivé výpočetní uzly jsou bezdiskové. Centrální datová oblast je vytvořena polem SGI IS-220 o velikosti 6TB (18 x 400GB). 2. Software | |||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 12 to 12 | ||||||||
1. Základní informace | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | dorje [:dordže:] - z tibetštiny, rituální žezlo, v překladu Diamantový klín, doslovně Pán Kamene | |||||||
| > > | dorje [:dordže:] - z tibetštiny, rituální žezlo, v překladu Diamantový klín, doslovně Pán kamene
![]() | |||||||
| Deleted: | ||||||||
| < < | ![]() | |||||||
1.1 Struktura SGI clusteru Dorje1. Hardware | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Hierarchické uspořádání:
| |||||||
| > > | SGI cluster Dorje se skládá ze 4 IRU ( Individual Rack Unit ). Každý IRU obsahuje 16 výpočetních uzlů - bladů. Výpočetní uzly jsou dvou-procesorové, procesor typu Intel Xeon Quad-Core. Celkem je tedy v clusteru k dispozici 64 výpočetních uzlů, tj. 512 CPU. Všechny 4 IRU jsou umístěny v jednom racku o velikosti 42U. | |||||||
| Zpět | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 14 to 14 | ||||||||
| dorje [:dordže:] - z tibetštiny, rituální žezlo, v překladu Diamantový klín, doslovně Pán Kamene | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | ![]() | |||||||
| > > | ![]() | |||||||
1.1 Struktura SGI clusteru Dorje | ||||||||
| Line: 32 to 32 | ||||||||
| -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 | ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > |
| |||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 12 to 12 | ||||||||
1. Základní informace | ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > | dorje [:dordže:] - z tibetštiny, rituální žezlo, v překladu Diamantový klín, doslovně Pán Kamene
![]() | |||||||
1.1 Struktura SGI clusteru Dorje | ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > | 1. Hardware
Hierarchické uspořádání:
| |||||||
| Zpět -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 \ No newline at end of file | ||||||||
| Added: | ||||||||
| > > | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| ||||||||
| Line: 9 to 9 | ||||||||
| Changed: | ||||||||
| < < | Stránka se připravuje | |||||||
| > > |
1. Základní informace1.1 Struktura SGI clusteru DorjeZpět | |||||||
| -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 \ No newline at end of file | ||||||||
| Line: 1 to 1 | ||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Added: | ||||||||
| > > |
Dokumentace pro uživatele SGI clusteru DorjeObsah:Stránka se připravuje -- JanaUhlirova - 04 Nov 2008 | |||||||