Dokumentace pro uživatele farmy Goliáš

Pro snažší komunikaci s uživateli byl zaveden RT (Request Tracking) system . Proto veškeré dotazy a problémy spojené s farmou Goliáš zasílejte výhradně na e-mailovou adresu fzu zavináč rt3.cesnet.cz .

Obsah:

1. Základní informace

1.1 Struktura farmy Goliáš

golias.farm.particle.cz

Na tomto stroji běží server systému PBSPro, který má na starosti plánování a spouštění úloh na farmě Goliáš.

prak2.farm.particle.cz

prak3.farm.particle.cz

Na tyto dva servery se uživatel přihlašuje. (V současné době si sám zvolí, na který prak se zaloguje). Na těchto strojích je nainstalován klient systému PBS. Uživatel může své úlohy spouštět, rušit, přesouvat ve frontách, vyzvedávat výsledky. Zároveň může provádět další interaktivní činosti jako např. testovat nebo kompilovat své programy. Výhledově bude pro interaktivní činnosti vyhrazeno několik výpočetních uzlů golias.

golias01 - golias162

Toto jsou výpočetní neboli pracovní uzly (tzv. worker nody). Nepatří mezi ně golias 10, 15, 25, 31, 32, 33, 59, 97, 98, 100, 137 a 143. (Pro úplnost golias31 - golias99 jsou aliasy pro goliasx31 - goliasx99). Na těchto strojích systém PBS spouští úlohy. Uživatel by se na ně neměl bezdůvodně hlásit.

storage.farm.particle.cz

storage2.farm.particle.cz

storage3.farm.particle.cz

storage4.farm.particle.cz

storage5.farm.particle.cz

Toto jsou fileservery, na kterých jsou uložena data a domovské adresáře. Pomocí NFS jsou namountovány na všech serverech golias a prak jako adresáře /raidN, kde N je číslo v názvu serveru. Pokud je součástí jména adresáře /raidN i jméno experimentu, znamená to, že tento adresář může být využíván pouze pro daný experiment. Soubory uložené v adresáři /raidN se nezálohují! Uživatel si musí soubory sám zkopírovat na jiné místo. Zálohují se pouze domovské adresáře.

Podrobnou HW konfiguraci farmy Goliáš naleznete [zde]

Zpět

1.2 Nový uživatel

Každý nový zájemce o používání farmy Goliáš musí vyplnit Žádost o zřízení účtu. Žádost je nutné v papírové formě zaslat na sekretariát Sekce fyziky elementárních částic FZÚ. Pro urychlení celé procedury je možné žádost poslat faxem (fax: 286 585 443) a originál doručit do čtrnácti dnů.

Jakmile obdržíte e-mailem potvrzení o zřízení účtu, je nutné se přihlásit na prak2 a na prak3 a pomocí příkazu passwd změnit přístupové heslo. Heslo by mělo být silné, tzn. mělo by se skládat alespoň z 8 znaků a obsahovat malá a velká písmena, číslice a nealfanumerické znaky (např. %, &, *, # apod.).

Pozn.: Po instalaci systému LDAP bude uživatel při prvním přihlášení na kterýkoliv z praků automaticky vyzván ke změně hesla. Dokud si heslo nezmění, nebude mít možnost dále pracovat.

Zpět

1.3 Adresáře /home a /scratch

Domovský adresář /home

Zálohování

Adresář /home je vidět ze všech výpočetních uzlů. Zálohuje se systémem networker. Pokud chce uživatel obnovit ztracený soubor, musí se zalogovat na prak2 nebo prak3 a potom se už bez hesla pomocí ssh přihlásí na storage5.

ssh storage5

nwrecover&

...

Kvóty

Prostor domovského adresáře je ale omezen kvótou. Rozlišujeme dva stupně: soft limit a hard limit. V současné době je soft limit standardně nastaven na hodnotu 2GB, hard limit na hodnotu 2,5GB. Hard limit už překročit nelze.

Při zalogování na prak2 nebo prak3 se uživateli automaticky zobrazí velikost obsazeného prostoru a nastavené kvóty. Uživatel je také upozorněn v případě, že překročil soft limit.

Míru zaplnění adresáře /home a výši limitů lze také zjistit pomocí příkazu

ssh storage5 /usr/sbin/repquota -s /home

		Block limits				File limits
User	used	soft	hard	grace	used	soft	hard	grace
xxx	n	1954M	2442M		m	0	0

n - velikost obsazeného prostoru (v kB)

block limits - limity omezující obsazený prostor (v MB)

file limits - limity omezující počet uložených souborů (tyto limity nejsou nastavené)

grace - doba, po kterou může být překročen soft limit (standardní nastavení je 7 dnů)

Zvýšení kvóty

Pokud uživatel potřebuje v adresáři /home větší prostor, může požádat o zvýšení kvóty. Svou žádost náležitě odůvodní a pošle prostřednictvím e-mailu Janu Švecovi nebo Tomáši Koubovi.

V adresáři /home se nachází soubor .rhosts. Tento soubor je nezbytný pro potřeby administrátorů. Nesmí být smazán!

Pracovní adresář /scratch

Na každém výpočetním uzlu je lokální pracovní prostor /scratch. Do tohoto prostoru by se měly ukládat mezivýsledky výpočtů. Při spuštění úlohy se v adresáři /scratch automaticky vytvoří podadresář /pbstmp.cislojobu.golias. Současně se vytvoří proměnná $TMPDIR, která do tohoto adresáře ukazuje. Po skončení úlohy se tento podadresář automaticky smaže. Tímto způsobem se prostor /scratch průběžně promazává. Proto je třeba ve skriptech, kterými se úlohy zadávají do front, používat pro uložení dočasných dat proměnnou $TMPDIR.

Zpět

2. Zadávání úloh

2.1 Typy front

Některé fronty jsou vyhrazené pro speciální projekty (experimenty), pro určité skupiny uživatelů nebo pro speciální typ úloh (interaktivní úlohy apod.). Fronty mají při spuštění úloh různou prioritu. Mohou mít také nastavené různé limity. Např.:

• maximální počet úloh, které mohou být z dané fronty spuštěné zároveň
• maximální množství skutečného času, po který může úloha běžet
• maximální počet uzlů, které může úloha nárokovat
• maximální množství paměti, kterou může úloha využít.

Při překročení některého z limitů se úloha nespustí nebo je předčasně ukončena.

Původní rozdělení front na farmě Goliáš je následující:

• fronty experimentů (atlas, d0, alice, star, auger, ... )
• fronty pro uživatele ze Sekce vysokých energií FZÚ nezařazených v jiných projektech (fronty long a short)
• fronty pro uživatele ze Sekce materiálový výzkum, t.j. pro uživatele subclusteru David (fronty solid a tsolid)
• fronty testovací (test, lcgtest ... ).

Fronty experimentů se dále dělí na fronty produkční a fronty neprodukční. Experimenty podporované gridovým projektem mají ještě fronty, jejichž název začíná lcg. Tyto fronty slouží pouze ke spuštění úloh zadaných přes grid.

Každý experiment tedy má 2 fronty: produkční a neprodukční nebo 4 fronty: 2 fronty negridové a 2 fronty gridové, dále dělené na produkční a neprodukční.

Např. fronty pro experiment atlas

atlas	fronta negridová a neprodukční
atlasprod	fronta negridová a produkční
lcgatlas	fronta gridová a neprodukční
lcgatlasprod	fronta gridová a produkční

Priority: Úlohy zadané do produkční fronty mají vyšší prioritu než úlohy zadané do fronty neprodukční. Stejně tak fronta short, určená pro kratší úlohy, které nepoběží déle než 4 hodiny, má vyšší prioritu než fronta long, určená pro úlohy časově náročnější. Tedy v případě, že v obou frontách čekají úlohy, po uvolnění procesoru se nejdříve spustí úloha z fronty s vyšší prioritou. Avšak není to tak jednoduché. Kromě priorit se uplatňují ještě další omezení. Ta by měla zaručit co nejoptimálnější využití farmy. Výjimku tvoří fronty s vyhrazeným počtem procesorů.

Příklad: Fronta q1 má nejvyšší prioritu, fronty q2 a q3 mají vyhrazený počet procesorů a stejnou prioritu. Ve frontě q1 čeká n1 úloh, ve frontě q2 běží m2 úloh a čeká n2 úloh a ve frontě q3 čeká n3 úloh. V okamžiku, kdy se uvolní jeden procesor, systém PBS by spustil úlohu z fronty q1 (nejvyšší priorita), ale vzhledem k tomu, že fronty q2 a q3 ještě nenaplnily svůj počet vyhrazených procesorů, spustí se úloha z fronty q2. Při uvolnění dalšího procesoru se spustí úloha z fronty q3 (stejná priorita). Tento postup se opakuje až do doby, kdy fronty q2 a q3 vyčerpají svůj počet rezervovaných procesorů nebo ve frontách už nečekají další úlohy.

Uživatel zadává svou úlohu do fronty z praku2 nebo z praku3 pomocí příkazu qsub. Nesmí posílat úlohy do front označených lcg a také do front testovacích.

Úplný seznam front lze získat po přihlášení na prak2 nebo prak3 pomocí příkazu

qstat -q

Pozn.: Po instalaci systému LDAP proběhne přeregistrování všech uživatelů, vytvoří se nové uživatelské skupiny a v důsledku toho se také změní současná struktura front.

...

Zpět

2.2 Příkaz qsub

Úlohy se zadávají do fronty pomocí příkazu qsub.

qsub -q <jméno fronty> <seznam parametrů> <váš skript>

Tabulka parametrů příkazu qsub:

Parametr	Popis
-q	jméno fronty
-I	interaktivní úloha, podrobnosti zde
-m	zaslání e-mailu, není-li specifikováno, žádný e-mail se neposílá
	a (abort) – zpráva o přerušení úlohy
	b (begin) – zpráva o spuštění úlohy
	e (end) – zpráva o ukončení úlohy
-o	kam uložit výstupní soubor stdout , není-li specifikováno, stdout se automaticky ukládá do adresáře, ze kterého byl spuštěn příkaz qsub
-e	kam uložit chybový soubor stderr , není-li specifikováno, stderr se automaticky ukládá do adresáře, ze kterého byl spuštěn příkaz qsub
-l	seznam požadavků na výpočetní zdroje

Tabulka požadavků úlohy na výpočetní zdroje:

pbs_resources	Popis
nodes/select	počet výpočetních uzlů
ppn/ncpus	počet procesorů na jednom uzlu
mem	velikost fyzické paměti
vmem	velikost virtuální paměti
walltime	množství skutečného času
cput	množství času CPU

Příklady:

qsub -q <jméno fronty> -l <seznam požadavků na výpočetní zdroje> <váš skript>

Chceme rezervovat	Specifikace parametru -l
1 uzel a 1 procesor	nodes=1:ppn=1
	select=1:ncpus=1
1 uzel a 2 procesory	nodes=1:ppn=2
	select=1:ncpus=2
2 uzly a na každém 1 procesor	nodes=2:ppn=1
	select=2:ncpus=1
1 uzel a 1 procesor na 100 hodin skutečného času a paměť 200MB	nodes=1:ppn=1,walltime=100:00:00,mem=200mb
	select=1:ncpus=1:walltime=100:00:00:mem=200mb
1 uzel se 2 procesory, na každém procesoru paměť 3GB	nodes=1:ppn=2,mem=3gb
	select=1:ncpus=2:mem=3GB
2 uzly, na každém 1 procesor s pamětí 500MB	nodes=2:ppn=1,mem=500mb
	select=2:ncpus=1:mem=500mb

...

Zpět

2.3 Další užitečné příkazy PBS

• qdel - vymaže úlohu z fronty

qdel <číslo úlohy>

• qstat - zobrazí dostupné informace o dané úloze, o dané frontě

qstat -f <číslo úlohy>

qstat -a <jméno fronty>

Zpět

3. Práce s certifikátem

3.1 Získání certifikátu

Certfikát lze získat od certifikační autority CESNETu, o osobní certifikát se žádá zde.

3.2 Převod do jiných formátů

Certfikát je typicky uložen do internetového prohlížeče. Exportem certifikátu získáme soubor s příponou p12. Pro použití v gridovém prostředí je třeba ho převést do formátu pem příkazy:

openssl pkcs12 -clcerts -nokeys -in usercert.p12 -out usercert.pem

openssl pkcs12 -nocerts -in usercert.p12 -out userkey.pem

Zpět

-- JanaUhlirova - 01 Jul 2008