FAQs - Časté dotazy uživatelů

Pro snažší komunikaci s uživateli byl zaveden RT (Request Tracking) system . Proto veškeré dotazy a problémy spojené s farmou Goliáš zasílejte výhradně na e-mailovou adresu fzu zavináč rt3.cesnet.cz .

Dne 29.7. 2008 byla nainstalována nová verze systému PBSPro 9.2. Uživatelský manuál PBSProUserGuide9.2 lze stáhnout zde

Seznam otázek

1. Nový uživatel

Jak mám zažádat o zřízení účtu na farmě Goliáš?

A: Pokud chcete pracovat na farmě Goliáš, musíte vyplnit Žádost o zřízení účtu. Žádost podepsanou Vašim nadřízeným zašlete v papírové formě na sekretariát Sekce fyziky elementárních částic FZÚ. Pro urychlení celé procedury můžete žádost poslat faxem (fax: 286 585 443) a originál doručit do čtrnácti dnů.

Zpět

Na které stroje se můžu přihlašovat?

A: Přihlašujete se pouze na stroje prak2.farm.particle.cz a prak3.farm.particle.cz. V současné době si sami zvolíte, na který z praků se zalogujete.

Pozn.: Struktura farmy Goliáš je stručně popsána zde.

Zpět

Jak často mám měnit přístupové heslo?

A: Jakmile obdržíte e-mailem potvrzení o zřízení účtu, je nutné se přihlásit na prak2 a na prak3 a pomocí příkazu passwd změnit přístupové heslo. Heslo by mělo být silné, tzn. mělo by se skládat alespoň z 8 znaků a obsahovat malá a velká písmena, číslice a nealfanumerické znaky (např. %, &, *, # apod.). Heslo si můžete měnit podle vlastního uvážení.

Pozn.: Po instalaci systému LDAP bude každý nový uživatel při prvním přihlášení na kterýkoliv z praků automaticky vyzván ke změně hesla. Dokud si heslo nezmění, nebude mít možnost dále pracovat.

Zpět

2. Datové prostory

Jaké datové prostory jsou na farmě Goliáš k dispozici?

A: Uživatel má k dispozici domovský adresář /home a lokální pracovní adresář /scratch.

• Domovský adresář /home je vidět ze všech výpočetních uzlů. Je zálohován, jeho prostor je ale omezen kvótou.
• Lokální pracovní adresář /scratch existuje na každém výpočetním uzlu. Je vhodné ho používat pro ukládání mezivýsledků výpočtů, protože je k němu rychlejší přístup. Průběžně se promazává, není omezen kvótou. Podrobnosti zde.

Zpět

Jaké jsou v adresáři /home limity?

A: Rozlišujeme dva stupně limitu: soft limit a hard limit. V současné době je soft limit standardně nastaven na hodnotu 2GB, hard limit na hodnotu 2,5GB. Výhledově při překročení soft limitu obdržíte upozornění prostřednictvím e-mailu. Hard limit už překročit nemůžete. Data se přestanou zapisovat.

Zpět

Jak zjistím, kolik mám ještě v adresáři /home volného místa?

A: Při zalogování na prak2 se automaticky zobrazí velikost obsazeného prostoru a nastavené kvóty. Budete také upozorněn v případě, že jste už překročil soft limit.

Pozn. : Toto řešení je pouze dočasné. Výhledově bude uživatel upozorněn na překročení soft limitu e-mailem.

Míru zaplnění adresáře /home a výši limitů lze také zjistit po zalogování na prak2 nebo prak3 pomocí příkazu

ssh storage5 /usr/sbin/repquota -s /home

Podrobnější informace naleznete zde.

Zpět

Jak mám požádat o zvýšení limitu?

A: Pokud potřebujete v adresáři /home větší prostor, můžete požádat o zvýšení kvóty. Svou žádost náležitě odůvodněte a pošlete prostřednictvím e-mailu Janu Švecovi nebo Tomáši Koubovi.

Zpět

Které soubory jsou zálohované?

A: Zálohuje se pouze domovský adresář /home, a to pomocí systému Legato Net Worker. Zálohy se zapisují na pásky o velikosti 400 GB (bez komprese). Kažou noc se provádí inkrementální záloha a jednou za měsíc plná záloha. Uchovávají se 4 verze plných záloh, tj. data jsou přístupná s minimálně 3 měsíční historií.

Zpět

Jak můžu obnovit ztracený soubor?

A: V případě, že chcete obnovit smazaný soubor, musíte se přihlásit na prak2 nebo prak3 pomocí ssh -X a potom se už bez hesla zalogovat na storage5

ssh storage5

a zadat příkaz

nwrecover &

Dostanete grafické GUI k obnově.

Podrobnější informace naleznete zde.

Zpět

3. Zadávání úloh do fronty

Do jaké fronty mám úlohy posílat?

A: Úplný seznam front získáte po přihlášení na prak2 nebo prak3 pomocí příkazu

qstat -q

Základní informace o rozdělení front naleznete zde. Úlohy se nesmí posílat do front označených lcg a také do front testovacích.

Zpět

Jakým způsobem se úloha do fronty zadává?

A: Úloha je v zásadě skript, který si předem připravíte a potom zadáte do fronty pomocí příkazu qsub. Příkaz vrátí Job ID.

qsub -q <jméno fronty> <seznam parametrů> <váš skript>

1234567.golias

• Skript se spouští ve vašem domovském adresáři. Proto je třeba u všech příkazů, které nejsou v domovském adresáři, použít plnou cestu nebo příkaz cd.
• Při spuštění úlohy se v pracovním adresáři /scratch automaticky vytvoří podadresář /pbstmp.cislojobu.golias. Současně se vytvoří proměnná $TMPDIR, která do tohoto adresáře ukazuje. Proto je třeba ve skriptu pro uložení dočasných dat použít proměnnou $TMPDIR. Podadresář se po skončení úlohy automaticky smaže.

V seznamu parametrů můžete např. specifikovat přepínačem:

• -o kam uložit výstupní soubor stdout (standardně se stdout ukládá do adresáře, ze kterého byl spuštěn příkaz qsub)
• -e kam uložit chybový soubor stderr (standardně se stderr ukládá do adresáře, ze kterého byl spuštěn příkaz qsub)
• -l požadavky úlohy na
  • vlastnosti uzlu (např. typ model=, operační systém bits=, ... )
  • zdroje (např. počet uzlů select= , počet procesorů na jednom uzlu ncpus=, množství skutečného času walltime=, velikost paměti mem=, ... )

man pbs_resources

Podrobné informace o příkazu qsub jsou zde nebo na manuálové stránce

man qsub

Zpět

Jak si mám rezervovat dva výpočetní uzly a na každém dva procesory?

A: Počet požadovaných výpočetních uzlů se zadává specifikací select, počet požadovaných procesorů na jednom uzlu specifikací ncpus.

qsub -q <jméno fronty> -l select=2:ncpus=2 <váš skript>

Zpět

Jak si mám rezervovat jeden výpočetní uzel na 100 hodin skutečného času?

A: Požadavek na množství skutečného času se zadává specifikací walltime.

qsub -q <jméno fronty> -l select=1:walltime=100:00:00 <váš skript>

Zpět

Jak mám spustit úlohu na konkretnim stroji (např. na stroji typu bl35p s 64bitovým OS)?

A: Požadavky na vlastnosti výpočetního uzlu se zadávají specifikací parametrů model a bits.

qsub -q <jméno fronty> -l select=1:model=bl35p:bits=64bit <váš skript>

Zpět

Jak mám spustit úlohu náročnou na paměť?

A: Úlohu náročnou na paměť je vhodné spustit na jednom samostatném výpočetním uzlu. Vyhrazení uzlu se zadává specifikací -l place=excl. Na daném uzlu tedy poběží jedna jediná úloha i v případě, že nejsou obsazené všechny procesory.

qsub -q <jméno fronty> -l select=1 -l place=excl <váš skript>

Zpět

Jak se zadává interaktivní úloha?

A: Interaktivní úloha se spustí pomocí přepínače -I. Získáte prompt shellu na přiděleném výpočetním uzlu. Z terminálu můžete zadávat příkazy. Po ukončení shellu bude úloha zrušena.

qsub -I -q <jméno fronty> [-l <seznam požadavků na výpočetní zdroje>]

qsub: waiting for job 1234567.golias to start

qsub: job 1234567.golias ready

[user@goliasN ~]$ ... příkazy ...

[user@goliasN ~]$ exit

logout

qsub: job 1234567.golias completed

Zpět

...

- JanaUhlirova - 01 Jul 2008