Dokumentace pro uživatele subclusteru David

Pro snažší komunikaci s uživateli byl zaveden RT (Request Tracking) system . Proto veškeré dotazy a problémy spojené s farmou Goliáš zasílejte výhradně na e-mailovou adresu fzu zavináč rt3.cesnet.cz .

Podrobnou dokumentaci naleznete zde.

Obsah

1. Základní informace

1.1 První přihlášení

Jakmile máte zřízen účet na farmě Goliáš, postupujte následovně:

1. Připojte se na stroje prak2.farm.particle.cz a prak3.farm.particle.cz a pomocí povelu passwd si změňte heslo.

2. Používáte-li shell bash, přidejte si do souboru .bash_profile ve svém domácím adresáři řádku

. /raid2_david/SW/david.sh

Používáte-li shell tcsh, přidejte si do souboru .login ve svém domácím adresáři řádku

source /raid2_david/SW/david.csh

3. Vytvořte si adresář

/raid2_david/scratch/<vaše jméno>

Poté vám bude už automaticky vytvořen adresář

/raid2_david/home/<vaše jméno>

4. Pošlete mail se subjektem "sub david" na adresu david . Tím budete přidáni do debatního klubu david. Mail musí mít jako zpáteční adresou vaši mailovou adresu, a ta musí končit @fzu.cz.

2. Zadávání úloh do fronty

2.1 Úlohy náročné na paměť

Úlohy náročné na paměť by uživatel měl spouštět na samostatném výpočetním uzlu. Rezervování uzlu se zadává v příkazu qsub specifikací -l place=excl. Na daném uzlu tedy poběží jedna jediná úloha i v případě, že nejsou obsazené všechny procesory.

qsub -q <jméno fronty> -l select=1:ncpus= <počet procesorů> -l place=excl <váš skript>

3. Skripty pro subcluster David:

• solid_nodes - vypíše seznam 64-bitových výpočetních uzlů

• solid_nodes_off - vypíše seznam výpočetních uzlů, které jsou v daném okamžiku down, unknown, offline

• solid_occu - vypíše informace o výpočetních uzlech, které jsou v daném okamžiku plně nebo částečně vytížené

• solid_free - vypíše informace o výpočetních uzlech, které jsou v daném okamžiku zcela nebo částečně volné

• solid_wait - vypíše všechny úlohy, které čekají ve frontě solid nebo isolid (úlohy se statutem Q). U první čekající úlohy jsou uvedené podrobnější informace (majitel, datum a čas zadání do fronty, požadovaný počet výpočetních uzlů a procesorů a důvod, proč se úloha nespustila).

V současné době existují pro subcluster David dvě fronty: solid a isolid. V důsledku toho jsou skripty solid_nodes, solid_occu a solid_free spustitelné

• bez parametru - souhrnné informace
• s parametrem - informace o jednotlivých frontách
  • -s (fronta solid)
  • -i (fronta isolid)

Skript solid_nodes_off se spouští bez parametru, naopak skript solid_wait se spouští vždy s parametrem.

Např.

solid_free -i

solid_occu -si

-- JanaUhlirova - 01 Jul 2008