Hlavním smyslem založení nové veřejné výzkumné instituce je snaha podpořit rozvoj špičkového základního a orientovaného výzkumu v oblastech s vysokou pravděpodobností praktického využití výsledků výzkumu a vývoje např. v diagnostických a terapeutických aplikacích v humánní medicíně.

Dalším důležitým důvodem pro založení Biotechnologického ústavu bylo plánované vybudování společného Centra biotechnologického a biomedicínského výzkumu Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy ve Vestci u Prahy - BIOCEV (viz. prezentace pod textem).
Centrum by mělo být vybudováno v rámci Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace s podporou Evropských fondů pro regionální rozvoj do roku 2012 a Biotechnologický ústav je krystalizačním jádrem připravovaného projektu.           

Nový institut původně o 45 zaměstnancích, který vznikl transformací Biotechnologického sektoru Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i. do samostatné právnické osoby, má v současné době již 5 fungujících výzkumných skupin a předpokládá se, že do konce roku 2008 zahájí svou činnost další dvě nové vědecké skupiny.

Laboratoře, které jsou již v provozu, provádějí výzkumy v následujících oblastech:

1) Laboratoř diagnostiky pro reprodukční medicínu (vedoucí: Jana Pěknicová) se zabývá charakterizací procesů a molekulárních faktorů během oplodnění vajíčka a rozvíjením nástrojů (monoklonální protilátky) pro detekci mužské neplodnosti a detekci vybraných faktorů znečišťujících životní prostředí s negativním dopadem na reprodukci savců.

2) Laboratoř diagnostiky autoimunitních onemocnění (vedoucí: Šárka Růžičková), je zaměřená na humorální a genetické aspekty autoimunitních nemocí, na identifikaci cílových molekul využitelných v terapii autoimunitních choroba na vývoj nových nástrojů pro diagnostiku autoimunitních onemocnění.

3) Laboratoř molekulární terapie (vedoucí: Jiří Neužil) se zaměřuje na vývoj  nových protirakovinných látek, zejména vitamín E analogů efektivně a selektivně působících proti maligně zvrhlým buňkám, kdy jsou tyto látky schopné selektivně u nádorových buněk způsobit destabilizaci mitochondrií a tím vyvolat apoptózu nádorových buněk.

4) Laboratoř inženýrství vazebných proteinů (vedoucí: Peter Šebo),se zabývá designem a zlepšováním vlastností vysoce afinních vazebných proteinových ligandů zejména pro aplikace, ve kterých byly do současnosti neúspěšně používány monoklonální protilátky.

5) Laboratoř genové exprese (vedoucí: Mikael Kubišta), rozvíjí nástroje pro časoprostorovou analýzu exprese genů pomocí vyskokapacitní qRT-PCR na jednobuněčné a sub-buněčné úrovni, včetně analýzy multidimenzionálních dat.

Nejpozději na přelomu roku 2008 a 2009 zahájí svou činnost dvě další skupiny, jedna zaměřená na strukturální biologii (modelování a řešení proteinových struktur), druhá na analýzu molekulárních znaků a mechanismů diabetické embryopatie.

Biotechnologický ústav úzce spolupracuje s TATAA Biocenter Prague, společně organizují kurzy analýzy genové exprese pomocí qRT-PCR.

Zvlášť důležitým posláním nového institutu je sloužit jako vědomostní základna pro vznikající a rozvíjející se pokročilý biotechnický průmysl v České republice.

Biotechnologický institut je např. katalyzátorem založení Biotechnologického klastru, soustředěného kolem biotechnologických společností, které již mají výrobní prostory ve Vestci u Prahy. Vznikající Biotechnologický klastr v současné době zve k účasti veškeré významné společnosti produkující humánní i veterinární vakcíny, biotechnologické společnosti využívající nebo produkující rekombinantní proteiny a/nebo zaměřené na tkáňové inženýrství.

Po náboru nových zaměstnanců v roce 2012 by měl mít Biotechnologický ústav, jako součást BIOCEV z.s.p.o.(viz. prezentace pod textem), ve Vestci až 250 zaměstnanců, provádějících špičkový výzkum v proteinovém inženýrství, strukturální a buněčné biologii a imunologii. 

Peter Šebo