Druhou prezentovanou analýzou je tzv. „kráčení po DNA“ („DNA walk“). Jedná se o analýzu
průběhu zastoupení amino (M = A, C) a keto (K = G, T) bází. Bylo zjištěno, že více než polovina
známých bakterií vykazuje v tomto směru trendy, které jsou charakteristické pro určité
vlákno (přímé / komplementární) a pro jeho určitou oblast. U bakterie Borrelia burgdorferi byly
identifikovány dvě oblasti s extrémním zastoupením keto a amino bází (298, 299). Aplikovaný
graf byl konstruován tak, že v oblasti maxima je nejnižší koncentrace keto bází a nejvyšší koncentrace
amino bází a případě oblasti minima je tomu naopak. Velmi překvapující bylo, co tyto
oblasti kódovaly. V oblasti maxima se nalézal experimentálně identifikovaný počátek replikace a
naopak oblast minima odpovídala jejímu konci. Po spojení sledovaného trendu se směrem replikace,
a tedy způsobem syntézy nového vlákna DNA (vedoucí / zpožďující), bylo vyvozeno, že
ve vedoucím vlákně vzrůstá podíl amino bází, a to směrem od počátku replikace, a naopak klesá
podíl amino bází ve zpožďujícím se vlákně. Možným vysvětlením tohoto jevu je různá citlivost
ssDNA a dsDNA k deaminačním mutacím (deaminací cytozinu vzniká thymin). Syntéza zpožďujícího
se vlákna DNA probíhá pomocí Okazakiho fragmentů a to umožňuje poměrně dlouhé
vystavení citlivějších úseků ssDNA těmto mutagenům.

Na chromozómu R. capsulatus SB1003 byl touto metodou identifikován počátek replikace
v oblasti 0.1 Mb a konec replikace v oblasti 1.9 Mb (Obr. 20-c). Z lokalizace zjištěných extrémů
(v různých částech chromozómu) lze vyvodit, že se jedná o replikaci obousměrnou. V opačném
případě by se oba extrémy nalézaly na shodném místě. Ze srovnání průběhu zastoupení GC a zastoupení
keto a amino bází je zřejmé, že pro exogenní oblasti je často v obou případech charakteristická
odlišnost od standardního průběhu (Obr. 20-a,b). To je velice důležité pro jejich možnou
identifikaci, protože se jedná o jevy, jejichž původ je dle současných znalostí odlišný a jsou tedy
na sobě nezávislé.