vysledky vyhledavani

vysledne tabulky a data z prohledavani

cetnost elm motivu

tabulka s cetnostmi jednotlivych vazebnych motivu v ruznych proteinech

Četnosti elm motivů

Počty lidských proteinů. ve kterých se vyskytuje daný motif

četnosti tyr motivů

xls tabulka s počty proteinů, ve kterých se nacházel daný tyr motiv

četnosti tyr motivů

html verze s vyhledávací query

query pro prunik a skorovani

prvni pokusy o skore

vytvoreni prvni finalni tabulky

query pro vytvoreni tabulky

prunik tyr a transmem

prvni predbezna tabulka - control=1=LAT,NTAL,PAG,LIME,SIT,LAX,TRIM

prunik tyr a transmem s TM<80 od N-konce

control=1=pozitivni kontroly, cnt=kolikrat je urcity motif s id_tyr v danem proteinu, cnt_motif = kolik ruznych motivu je v danem proteinu, suma = celkove skore daneho proteinu

prunik tyr a transmem s TM<80 od N-konce verze 2

je zde opraven počet jednotlivých tyr motivů a celkový součet motivů v proteinu, seřazeno sestupně podle sumy až do žádného nalezeného motivu v proteinu (ty lze případně odstranit, nechal jsem je tam jen pro kompletnost)

oskorovane motivy ELM, HPRD; neoskorovane PROSITE, SCANSITE

 

domeny

vyhledané domény s umístěním

tyr motivy 2

nové vyhledávání s upraveným skóre pro jednotlivé motivy a výběr jen těch proteinů, které neobsahují extracelulární domény

vyber-1xTM ci SIG ve vzdalenosti max. 80 aa od N-konce bez proteinu s extracel. domenami, group by id_p

@charon ~ $ mysql traps -e "select * from jo_tyr_pokus2_bez_extracel left join id_data using (id_p) where (ft_tm = 1 and start_m < 80 and ft_sig = 0) or (ft_sig = 1 and ft_tm = 0) or (ft_sig = 1 and start_m < 80) group by id_p order by suma desc;" > /mnt/cora/Projects/Traps/ws7/anotace_jo_tyr_bez_extracel_group.txt

ELM vyber-1xTM ci SIG ve vzdalenosti max. 80 aa od N-konce bez proteinu s extracel. domenami, group by id_p

mysql traps -e "select * from jo_elm2_bez_extracel left join id_data using (id_p) where (ft_tm = 1 and start_m < 80 and ft_sig = 0) or (ft_sig = 1 and ft_tm = 0) or (ft_sig = 1 and start_m < 80) group by id_p order by suma desc;" > /mnt/cora/Projects/Traps/ws7/anotace_jo_elm2_bez_extracel_grouped.txt

tyrosine v1

Tabulka s nalezenymi tyrosinovymi motivy

výsledky vyhledávání tyrosinů

výsledky ze dne 4.6.2008, několik různých postupů, poslední výsledek je včetně proteinů obsahující domény ve svém kratším úseku od TM

výsledky vyhledávání v databázi ensemble 080616

výstup z databáze ensemble, seskupeno podle názvu proteinu

10 best hits w/o normalization for protein length