Traps

Společný projekt s K.Drbalem

powerpoint prezentace se základy html

(Pačesova přednáška v Perugii)

InterPro

To cite InterPro please use:

Pavel

 

Jitka

 

BioKnoppix - live linux distribution homepage

Bioknoppix is a customized distribution of Knoppix Linux Live CD. With this distrubution you just boot from the CD and you have a fully functional Linux OS distribution with open source applications targeted for the molecular biologist. Beside using some RAM, Bioknoppix doesn't touch the host computer, being ideal for demonstrations, molecular biology students, workshops, etc.

siRNA

 

Nápady od nás pro vás

Sem budu zapisovat fígle a nápady, abyste si je pak mohli v klidu rozebrat.

dB proteinových motivů

z těchto dB je možné získat konsensus sekvence pro kratší motivy

Seznam tyrosinovych fosforylacnich motivu

Z literatury vybrane motivy + dva konsenzus motivy

Seznam tyrosinových vazebných motivů

vstupní data od Karla

vysledky vyhledavani

vysledne tabulky a data z prohledavani

papers

relevant literature

finalni tabulka

prunik vsech tri finalnich tabulek z ucsc, ensemble a ncbi, ktere jsou transmem, maji motivy az za transmem, nemaji extracel.domeny, jen na N-konci a transmem. maji ve vzdalenosti do 80 aa od N-konce. Je to srovnany dle shodnosti peptidu v jednotlivych databazich,nikoliv dle norm.sumy

TM prediction

Transmembrane alpha-helix structure prediction algorithms we use

výstup 081006

opravený výstup, normování provedeno násobením sumy 1000 a následným dělením počtem aa

výstup 081008 s vypsanými motivy

Výstup pořadím proteinů shodný s 081006, jen jsou u každého proteinu vypsané všechny motivy nacházející se za transmembránovou či signální doménou

popis tabulek

informace k tabulkám z databáze traps

výstup 081030

proteiny seřazeny podle normované sumy, spojené databáze ncbi, ucsc a ensembl verze 50

výstup 081030 nalezené motivy

proteiny seřazeny podle normované sumy, jsou vypsány všechny relevantní motivy

ortology

Seznam motivů u ortologů nalezených u myši, potkana, psa, šimpanze, makaka, dania, koně

mus_join

vystup z vyhledávání myši, seřazeno podle normované sumy, anotováno