Alternativní: GC, GC skew, GC / AT skew (kumulativní) - chromozóm

Příklad analýzy chromozomální sekvence bakterie Rhodobacter capsulatus SB1003. (a) Profil celkového zastoupení GC (%). Výpočet GC byl proveden po úsecích 10 kb ("plovoucí okno") dle vztahu: nCG/nACGT. Šedý obdélník vyznačuje oblast, kde se obsah GC neliší od průměru o více než 2.5 násobek standardní odchylky. (b) Profil zastoupení G proti C – keto proti amino (GC „skew“). Výpočet byl proveden po úsecích 150 kb dle vztahu: (nC-nG)/(nC+nG). (c) Profil zastoupení keto proti amino bázím (kumulovaný GC a TA „skew“). Výpočet byl proveden kumulativně (Yi = ΣY(1..i)) po úsecích 10 kb a výpočty hodnot Yi dle vztahů: (nC-nG)/(nC+nG) [červená], (nA-nT)/(nA+nT) [modrá]. O / T – počátek / konec replikace.

Click to view full-size image…