071102
linux prikazy, typy tabulek v MySQL, prikazy pro program siRNA
Prikazy pro linux:
- ctrl+0 = schova mi mc
- nano jmeno doc= upravuji uz dany dokument
- \ =escape charakter = meni se vyznam znaku za nim
- ^ = ctrl
- M = alt
Prikazy pro mysql:
- create table test1;
- drop table test1; = vymazat tabulku test1
- existuji 2 typy tabulek: INNODB, ktera ma constrains a MyISAM, ktera je nema
- set foreign_key_checks=0; = vypnu constrains u tabulky INNODB
- set foreign_key_checks=1; = zapnu constrains tabulky INNODB
- pozn.constrains= omezeni, napr. jedna tabulka potrebuje jinou pro spravne vlozeni dat
- alter table test1 engine = MyISAM; = test1 tabulka byla predtim v INNODB typu a ted jsem ji zmenila na MyISAM = budou se ignorovat constrains, jelikoz typ MyISAM je nema
Bioknoppix:
na windows disku si udelam soubor, na ktery budu ukladat data z linuxu
- startx = otevre se mi graficke rozhrani
- reboot nebo shut down = vypnu nahrany linux, CD pak vyjmu, spustim enter a nabehnou mi Windows
siRNA:
- cd sirna
- cd .. = pujdu o uroven vys
- mkdir s2 = vytvorim si v Traps novou slozku s2
- cd s2
- ../sirna/sirna_alignment.pl ../sirna/trap.fa ../sirna/sirna_trap.tab test2 = program a data jsou vzaty ze sirny, ale vysledek se mi ulozi do s2 directory