linux prikazy:

rozbalovani souboru

• cd = ve kterem se soubor nachazi a kam se mi soubor rozbali
• tar = archivujici program, ktery skladuje a  rozbaluje dokumenty
• tar -xzf Phobius101_linux.tar.gz = x pro extract file.tar, z pro gunzip file.gz, f jako file, ktery chci rozbalit
• tar -xzf filename = gunzip -c filename | tar -xf filename = odzipuj koncovku .gz, ulozi se to na plochu a odtud si vem soubory .tar a extrahuj je z archivu

• ls -l = zobrazi mi soubory v danem directory a ukaze mi privilegia
• chmod -R g+w * = zmen rezim: -R = recursive(vratitelny), g =prava pro vsechny cleny skupiny, w = pravo vpisovat do dokumentu, * = vsechny soubory v dane directory
• chgrp = change the group of each file to group
• chgrp -R Traps * = zmen vsechny soubory dane directory na skupinu Traps vratitelne

• cd Phobius
• ./phobius.pl lat.fa = spusti se mi program phobius se sekvenci lat ve fasta formatu
• cat lat.fa = nalistuje mi soubor lat.fa a zobrazi mi ho
• cat lat.fa | ./phobius.pl = nalistuje  mi soubor lat.fa a  pusti ho do programu phobius.pl