Projekt ONCOGENE ke konci roku 2007 vstoupil do své druhé fáze. Během prvního roku a půl se nám podařilo vytvořit plně funkční produkční systém odběru vzorků, jejich přesunů mezi jednotlivými participanty a následné zpracování od laboratoře až po počítačovou analýzu. Veškerá data o pacientech, vzorcích, jejich pohybu a provedených analýzách jsou zaznamenávána centrálně v databázovém systému. Jsou tak plně a okamžitě přístupná všem členům centra, a to při zachování všech potřebných bezpečnostních standardů, jako je například přístup o osobním údajům.

Odebrali jsme celkem 121 tkáňových vzorků z 42 pacientů. Jedná se o 42 vzorků nádorové tkáně, 42 vzorků normální tkáně přilehlé nádoru a 37 vzorků normální tkáně bukální sliznice kontralaterálně. Bylo provedeno celkem 120 laserových mikrodisekcí. Na základě provedených testů byl navržen a zaveden standardizovaný protokol LCM na zpracování operativně odebíraných vzorků. Bylo provedeno diferenční transkripční profilování 6 vybraných vzorků na platformě Affymetrix (Human Genome U133 Plus 2.0) a zároveň analýza shodných vzorků na platformě Illumina (Human-6 v2 Expression BeadChip). Porovnání platforem ukázalo že jsou platformy zaměnitelné. Cenová výhodnost platformy Illumina nám umožní v rámci projektu ONCOGENE stanovit více expresních profilů při shodných nákladech a tím získat kvalitnější statistická data.

Na chipech Human-6 v2 Expression BeadChip (Illumina) bylo za standardizovaných podmínek provedeno stanovení transkripčního profilu 80 vzorků. Dále byla provedena analýza 6 exonových čipů na platformě Affymetrix (Human Exon ST 1).

Byly provedeny studie vlivu nádorového stromatu HNSSC na transkripční aktivitu okolní tkáně.