Vědecký výzkum v ÚTIA je zajišťován osmi vědeckými odděleními.

• Adaptivní systémy (AS) - domácí stránky
• Teorie řízení (TR) - domácí stránky
• Matematická teorie rozhodování (MTR) - domácí stránky
• Ekonometrie (E) - domácí stránky
• Zpracování obrazové informace (ZOI) - domácí stránky
• Rozpoznávání obrazu (RO) - domácí stránky
• Zpracování signálů (ZS) - domácí stránky
• Stochastická informatika (SI) - domácí stránky

Administrativní část Ústavu se skládá z vedení Ústavu, Rady pracoviště a Dozorčí rady.

Provoz Ústavu zajišťují výpočetní středisko, knihovna, provozní oddělení a hospodářsko-správní oddělení.