Vědecká rada Hydrobiologického ústavu:

Předseda: RNDr. Martin Čech, Ph.D.

Místopředseda: RNDr. Petr Znachor, Ph.D.

Členové:

RNDr. Karel Horňák, Ph.D.
RNDr. Jiří Kaňa, Ph.D.
Prof. Ing. Jiří Kopáček, Ph.D. 
Doc. RNDr. Jan Kubečka, CSc. 
RNDr. Jiří Nedoma, CSc.
Prof. RNDr. Karel Šimek, CSc.
Doc. RNDr. Jaroslav Vrba, CSc.

Externí konsultanti:

RNDr. Martin Černý, Ph.D., Přírodovědecká fakulta UK, Praha
Doc. RNDr. Jan Helešic, Ph.D., Přírodovědecká fakulta MU, Brno
Prof. Ing. Otomar Linhart, DrSc., Výzkumný ústav rybářský a hydrobiologický JU, Vodňany

Prof. Ing. Pavel Pitter, DrSc., VŠCHT, Praha

Doc. RNDr. Martin Rulik, Ph.D, Přírodovědecká fakulta UP, Olomouc