Oddělení mikrobiální ekologie vody

Vedoucí:
Karel Šimek

Vědečtí pracovníci:
Martina Čtvrtlíková, Karel Horňák, Jan Jezbera, Jitka Jezberová, Jaroslava Komárková, Miroslav Macek, Jiři Nedoma, Klára Řeháková, Jaroslav Vrba, Petr Znachor, Viera Straškrábová, Eliška Zapomělová

Doktorandi:
Kateřina Bernardová, Vojtěch Kasalický, Dagmar Sirová, Pavel Rychtecký

Techničtí pracovníci:
Alena Hartmanová, Marie Kupková, Radka Malá, Marie Štojdlová, Martina Vožechová

Oddělení se dále dělí na dvě pracovní skupiny:

Skupina mikrobiální ekologie vody, kalendář mikroskop NIKON 
Skupina ekologie fytoplanktonu, (program FYTO-HBÚ)

Hlavním těžištěm práce oddělení je výzkum toků živin a organických látek v mikrobiálních potravních sítích v široké škále vodních ekosystémů o různé trofii. Výzkumné aktivity se týkají především klíčových procesů, které ovlivňují:
(i) růst bakterií v závislosti na dostupnosti živin a substrátu a jejich mortalitu způsobenou např. vyžíráním prvoky nebo lyzí bakteriálních buněk způsobenou virovou infekcí,
(ii) rozkladné procesy ve vodním prostředí,
(iii) faktory podílející se na složení mikrobiálního společenstva prostřednictvím interakcí bakterií, prvoků, řas a sinic,
(iv) specifickou roli fytoplanktonu, zejména pak autotrofního pikoplanktonu v potravních sítích,
(v) tvorbu sinicových vodních květů,
(vi) taxonomické složení a vzájemné vztahy mezi planktonními sinicemi a řasami.
Zvýšená pozornost je dále věnována zejména studiu bakteriální produkce, pohlcování bakterií fagotrofními prvoky, využítí exudátů fytoplanktonu bakteriemi, aktivity extracelulárních enzymů bakterií a řas. Ekosystémový přístup ke studiu toku uhlíku a fosforu různě strukturně a funkčně utvářenými mikrobiálními potravními řetězci je doplněn detailním studiem taxonomie, biologie a ekologie klíčových skupin bakterií a fytoplanktonu podílejících se na těchto procesech. Při řešení těchto otázek jsou často kombinovány kultivační laboratorní pokusy se specifickými terénními studiemi, založenými např. na manipulacích s predátory a živinami.