Pro každý z uvedených oborů a podoborů jsou ustaveny oborové komise (OK) a podoborové komise (POK),  které jsou poradními orgány předsednictva GA ČR. Seznam členů oborových a podoborových komisí je také uveřejňován v Bulletinu GA ČR. Členové POK plní funkci zpravodajů grantových projektů.
 Činnost oborových komisí (OK) se řídí Statutem oborových komisí a Jednacím řádem oborových komisí . OK jsou složeny z odborníků pracujících v dané vědní oblasti a mají podle Statutu GA ČR 10 až 25 členů. Vyhodnocují veškeré grantové přihlášky a sledují postup řešení grantových projektů. Jejich členové jsou jmenováni předsednictvem GA ČR a Radou pro výzkum a vývoj na základě návrhů institucí zabývajících se výzkumem a vývojem. O návrzích kandidátů viz více v oddíle Návrhy do OK. Členové OK se pravidelně obměňují. Funkční období v OK je tříleté a znovu může být vykonáváno po tříleté přestávce. Souhrnná délka členství v OK a POK může být maximálně šest let. Každá OK má svého předsedu, který je volen členy OK na dobu jednoho roku. Daný člen může tuto funkci zastávat maximálně dvě po sobě následující funkční období.