Grantová agentura České republiky podporuje základní výzkum v pěti základních oborech: technické vědy, přírodní vědy, lékařské vědy, společenské vědy a zemědělské vědy. Každý z těchto základních oborů se dále dělí na několik podoborů.  O podoborech více v oddíle obory a komise.
GA ČR podporuje několik typů projektů základního výzkum. Témata těchto projektů si volí sami navrhovatelé.
Těžiště činnosti GA ČR spočívá v programu standardních projektů, do kterých se může zapojit kterákoliv právnická či fyzická osoba z ČR.
Kromě standardních projektů zavedla GA ČR od roku 1997 program postdoktorských projektů (Post-Doc), kterých se mohou účastnit mladí vědci do 35 let, kteří mají ukončené doktorské studium. Cílem programu je podpořit zájem absolventů postgraduálního studia o práci ve vědeckých institucích. Program by měl těmto institucím pomoci vytvořit pro začínající vědecké pracovníky takové platové podmínky, aby neodcházeli z vědecké praxe. Snahou je také využít potenciál uznávaných odborníků a zapojit do jimi řešené problematiky mladé nadějné vědce.

Aktivitou zahájenou od roku 2003 je program doktorských projektů, který je  určen pro doktorské týmy sdružující doktorandy v dané tematické oblasti. Účelem programu je zvýšit společenskou vážnost doktorského studia a učinit tak vědeckou dráhu atraktivnější pro absolventy studia magisterského.

Od roku 1999 je GA ČR spolu s Akademií věd České republiky (AV ČR) členem European Science Foundation (ESF) - Evropské vědecké nadace sdružující národní vědecké instituce téměř všech zemí Evropy. V rámci tohoto sdružení se GA ČR účastní podpory mezinárodních vědeckých programů EUROCORES. Mimo tyto programy poskytuje GA ČR finanční podporu z programu INGO (Ministerstva školství, mládeže a tělovýchovy ČR) i na další aktivity ESF.

Roku 2006 vyhlásila GA ČR veřejnou soutěž v programu mezinárodních bilaterálních projektů, které zahrnují vědeckou spolupráci česko-německou a česko-korejskou.