Odborné sekce kanceláře Grantové agentury České republiky zpracovávají návrhy projektů od první kontroly formální správnosti až po celý proces hodnocení, který zajišťují spolu s odbornými komisemi, s kterými se podílejí i na následné kontrole řešení daného projektu. Sekce databáze zpracovává a eviduje veškeré potřebné informace z návrhů projektů i z dalších aktivit GA ČR a připravuje statistické materiály pro jednání předsednictva a dalších orgánů. Sekretariát zajišťuje kontakt GA ČR s vědeckou veřejností, vydává Bulletin GA ČR, který obsahuje informace o činnosti GA ČR, seznamy udělených grantů, seznamy ukončených projektů a další publikace související s činností GA ČR. Kontrolní sekce odpovídá za finanční kontroly grantových projektů a provádí kontroly hospodaření s grantovými prostředky u jednotlivých příjemců. Interní auditor podléhá přímo předsedovi GA ČR. Ekonomicko-správní útvar odpovídá za veškeré finanční operace a aktivity GA ČR včetně přípravy rozpočtu GA ČR. Mezinárodní sekce zajišťuje agendu týkající se spolupráce GA ČR s European Science Foundation (ESF) a s dalšími zahraničními partnery. Sekretariát předsedy se podílí na zajištění kontaktu s odbornou i neodbornou veřejností a s médii.