V ÚEB AV ČR pracuje odborová organizace zřízená dle Zákona č. 83/1990 Sb.,
o sdružování občanů (a jeho novelizace dle Zákona 33 sbírky sb.011-08). WEB
Ústav byl vytvořen k 1. 1. 1962 z oddělení fyziologie rostlin a oddělení fytopatologie Biologického ústavu ČSAV. K 1. 7. 1990 byl rozdělen na dva samostatné celky: Ústav experimentální botaniky tvoří pracoviště v Praze a Olomouci, z pracoviště v Českých Budějovicích byl vytvořen Ústav molekulární biologie rostlin.