Tondl, A., Kratochvíl, C., Kotek, V.: Vibration quenching of pendulum type systems by absorbers, vyd. CERN, akad. nakl., s.r.o. Brno, 102 stran, ISBN 80-7204-168-1, monografie, 2001
Kratochvíl, C., Houfek, L.: Komplexní pohonové soustavy, vyd. ÚT AV ČR Praha, pob. Brno, 125 stran, ISBN 978-80-214-3508-7, odborná kniha, 2007
Půst, L., Kalous,J., Kratochvíl, C. a další: Nonlinear vibrations of complex electromechanical system, vyd. ÚT AV ČR Praha, pob. Brno, 146 stran, ISBN: 978-80-214-3721-0, odborná kniha, 2008
Kratochvíl, C., Krejčí, P. a další: Bifurkace a chaos v technických soustavách a jejich modelování, vyd. ÚT AV ČR Praha, pob. Brno, 108 stran, ISBN: 978-801-214-3720-3, monografie, 2008
Kratochvíl, C., Heriban, P., Houfek,L., Houfek,M.: Mechatronické pohonové soustavy, 236 stran, ISBN: 978-80-214-3790-6, vyd. VUT Brno, FSI-ÚMTMB, monografie, 2008
Kratochvíl, C.; Pulkrábek, J.; Půst, L.; Hortel, M.: Analýza komplexních pohonových soustav, 1, pp.1-100, ISBN 80-214-3206-3, (2006), VUT v Brně, odborná monografie
Kratochvíl, C.; Březina, T.; Procházka, F.: Modeling and analysis of dynamic properties of small elektromechanical drive systems, Inženýrská mechanika - Engineering Mechanics, Vol.12, (2005), No.A1, pp.61-69, ISSN 1210-2717
Procházka, F., Kratochvíl, C.: Energetické kritérium stability pro nelineární dynamické systémy s cyklickými souřadnicemi, Inženýrská mechanika - Engineering Mechanics, Vol.11, (2004), No.4, pp.301-308, ISSN 1210-2717
Kratochvíl, C., Procházka, F.: Výpočtové modelování pohonových soustav., Výpočtové modelování pohonových soustav, pp.1-132, ISBN 80-214-2850-3, (2004), Akademické nakladatelství CERM, s.r.o. Brno, monografie
Březina, T., Kratochvíl, C., Ondrůšek, Č.: Design Optimization of Mechatronic System, Mechatronics Handbook, pp.34-1-47, ISBN 0-8493-0066-5, (2002), CRC Press LLC, kapitola v knize
Procházka, F., Kratochvíl, C.: Úvod do matematického modelování pohonových soustav., Úvod do výpočtového modelování pohonových soustav., pp.1-186, ISBN 80-7204-256-4, (2002), Akademické nakladatelství CERM, s.r.o. Brno, monografie