Doktorské studium biomedicíny bylo zřízeno v souladu se zákonem č. 172/90 Sb. při Univerzitě Karlově v Praze na základě Rámcové smlouvy o spolupráci mezi Akademií věd ČR a Univerzitou Karlovou v Praze ze dne 23.4. 1997 a Smlouvou o sdružení, uzavřenou týmiž institucemi dne 26. 6. 1997. Doktorské studium biomedicíny se realizuje v souladu se zákonem č. 111/1998, o vysokých školách, na základě Rámcové smlouvy o spolupráci při realizaci studijních programů a Smlouvy o sdružení, uzavřených mezi Univerzitou Karlovou v Praze a Akademií věd České republiky dne 13. března 2007.

Cílem je vytvořit koncepčně jednotný systém doktorského studia a vědecké přípravy absolventů doktorského studia v biologii a medicíně a zabezpečit vhodné podmínky pro společnou realizaci doktorských studijních programů na právně přijatelném základu.