K hlavní spolupráci mezi oběma ústavy patří každoroční tzv. Česko-slovenské konfrontace/konfrontácie. V roce 2002 došlo k prvnímu setkání s pracovníky Ústavu slovenskej literatúry SAV v Bratislavě a Ústavu pro českou literaturu AV ČR, v. v. i. Náplní jednotlivých konfrontací (setkání) je nabídnout kolegům vybrané prozaické, básnické a literárněvědné texty za daný rok, o kterých druhá strana referuje. (Pouze v jednom ročníku se stalo, že se použila jen jedna kniha z literární vědy pro širší diskusi). V prvních čtyřech letech byli koordinátory Tomáš Kubíček a Vladimír Barborík, po nich převzali roli za českou stranu Michal Jareš a za slovenskou Jana Pácalová, Ľubica Somolayová a později Radoslav Passia. Od prvních setkání se upevňuje vzájemná spolupráce (mj. i tím, že příspěvky, které na konfrontacích odezní, jsou mnohdy publikovány v tisku). V následujícím krátkém přehledu přinášíme soupis míst, ve kterých se Československá setkání odehrála, doplněný seznamem literatury, o níž se diskutovalo.

Česko-slovenské konfrontace (od 2002)

1. setkání, 2002:

Luhačovice (12.–14. 6.)

Próza:

Miloš Urban: Sedmikostelí (Argo, 1999)

Peter Pišťanek: Mladý Dônč (L.C.A. Levice, 1998)

Poezie:

Ivan M. Jirous: Magorova vanitas (Vetus via, 1999)

Ján Ondruš: Prehltanie vlasu (Nadácia StuDňa, 1996)

Věda:

Daniela Hodrová a kol.: Na okraji chaosu: poetika literárního díla 20. století (Torst, 2001)

Peter Zajac: Pulzovanie literatúry (Tvorivosť literatúry 2) (Slovenský spisovateľ, 1993)

2. setkání, 2003:

Budmerice (4.–6. 6.)

Próza:

Michal Hvorecký: Silný pocit čistoty (L.C.A. Levice, 1998)

Květa Legátová: Želary + Jozova Hanule (Paseka, 2001 a 2002)

(+ Tomáš Horváth měl referát o knize Romana Ludvovy: Žena sedmi klíčů /Host, 1997/)

Poezie:

Peter Macsovszky: Cvičná pitva (Drewo a srd, 1997)

Petr Hruška: Vždycky se ty dveře zavíraly (Host, 2002)

Věda:

Jiří Trávníček: Příběh je mrtev? Schizmata a dilemata moderní prózy (Host, 2003)

3. setkání, 2004:

Lednice (26.–28. 5.)

Próza:

Ota Filip: Sousedé a ti ostatní (Host, 2003)

Marek Vadas: Prečo se smrtka smeje (L. C. A. Levice, 2003)

Poezie:

Miloslav Topinka: Trhlina (Trigon, 2002)

Mária Ferenčuhová: Skryté titulky (Drewo a srd, 2003)

Věda:

Miroslav Červenka: Fikční světy lyriky (Paseka, 2003)

Tomáš Horváth: Rétorika historie (Veda, 2002)

4. setkání, 2005:

Tatry – Starý Smokovec (25.–27. 5.)

Próza:

Jan Balabán: Možná že odcházíme (Host, 2004)

Márius Kopcsay: Stratené roky (L. C. A. Levice, 2004)

Poezie:

Viola Fischerová: Matečná samota (Petrov, 2002)

Nóra Ružičková: Beztvárie (vl. nákl., 2004)

Věda:

Pavel Janáček: Literární brak. Operace vyloučení, operace nahrazení, 1938-1951 (Host, 2004)

Oskár Čepan: Literárnoteoretické state. Výber z diela Oskára Čepana 4 (VEDA, 2004)

5. setkání, 2006:

Kunštát (13.–15. 9.)

Próza:

Jiří Hájíček: Selský baroko (Host, 2005)

Pavel Vilikovský: Čarovný papagáj a iné gyče (Slovenský spisovateľ, 2005)

Poezie:

Ivan Wernisch: Hlava na stole (Knihovna Jana Drdy a Petrov, 2005)

Peter Milčák: Prípravná čiara 57 / Preparation line 57 (Levoča – Toronto, Modrý Peter – Fooliar Press, 2005)

Věda:

Jiří Opelík: Holanovské nápovědy (Thyrsus, 2004)

Fedor Matejov: Lektúry (S. A: P., 2005)

6. setkání, 2007:

Štúrovo (12.–14. 9.)

Próza:

Jan Novák: Děda (Bookman, 2007)

Monika Kompaníková: Biele miesta (L. C. A. Levice, 2007)

Poezie:

Inka Machulková: Neúplný čas mokré trávy (Host, 2006)

Ivan Štrpka: Tichá ruka. Desať elégií (ArsPoetica, 2007)

Věda:

Igor Hájek: Prokletá i požehnaná. Eseje o literatuře (Dokořán, 2007)

Marcela Mikulová: Tajovského obrodenecká moderna (Kalligram, 2005)

7. setkání, 2008:

Ostrava (10–12. 9.)

Próza:

Lubomír Martínek: Olej do ohně (Paseka, 2007)

Stanislav Rakús: Excentrická univerzita (L.C.A. Levice, 2008)

Poezie:

Lubor Kasal: Orangutan v továrně (dybbuk, 2007)

Ján Štrasser: Staré železo (Albert Marenčin - Vydavateľstvo PT, 2007)

Věda:

Vladimír Papoušek: Gravitace avantgard. imaginace a řeč avantgard v českých literárních textech první poloviny dvacátého století (Akropolis, 2007)

Peter Darovec: Pavel Vilikovský (Kalligram, 2007)

8. setkání, 2009:

Trnava (16.–18. 9.)

Próza:

Tereza Boučková: Rok kohouta (Odeon, 2008)

Jana Juráňová: Žila som s Hviezdoslavom (Aspekt, 2008)

Poezie:

Bohumila Grögerová: Rukopis (Pavel Mervart, 2008)

Katarína Kucbelová: Malé velké mesto (ArsPoetica,

Věda:

Pavel Janoušek: Ivan Vyskočil a jeho neliteratura (Host, 2009)

René Bílik: Historický žáner v slovenskej próze (Kalligram, 2008)

9. setkání, 2010:

Olomouc (15.–17. 9.)

Próza:

Antonín Bajaja: Na krásné modré Dřevnici (Host, 2009)

Ján Rozner: Sedem dní do pohrebu (Albert Marenčin - Vydavateľstvo PT, 2009)

Poezie:

Pavel Ctibor: Silentbloky (dybbuk, 2009)

Rudolf Jurolek: Smrekový les (Modrý Peter, 2009)

Věda:

Vladimír Papoušek a kol.:Dějiny nové moderny (Academia, 2009)

Jaroslav Šrank: Nesamozrejmá poézia (LIC, 2009)

Vedle Česko-slovenských konfrontací, které jsou zařazeny do dlouhodobé spolupráce mezi ÚČL AV ČR, v. v. i. a USL SAV, probíhají též vzájemné účasti na konferencích, které obě instituce pořádají. K nim patří mj. dvě konference o populární literatuře – zatím proběhla konference věnovaná detektivce (Vražda v zasadačke. Podoby detektívneho žánru, 2009) a konference věnovaná hororu (Strach a hrôza. Podoby hororového žánru, 2010). Další spoluprací byla například konference o dějinách či konference Otázniky nad osmičkami v literatúre 20. storočia 1918 - 1938 - 1948 - 1968 (1989), která se konala v roce 2008 v Budmericiach a její výsledky byly prezentovány v časopise Slovenská literatúra.

Dále se někteří pracovníci ÚČL AV ČR, v. v. i. účastní pravidelného setkávání v ÚSL SAV, nazvané Literárnokritická reflexia slovenskej literatúry (od roku 2006, zatím proběhly čtyři ročníky), ze kterých pravidelně vycházejí sborníky.