Z monitoringu tisku

Výstup z odborné diskuze k projektovému záměru IPn Efektivní systém hodnocení a financování výzkumu, vývoje a inovací

Jeskyňáři našli v Javoříčku zcela neznámý rozlehlý podzemní systém

Vědci z observatoře Kleť dali jedné planetce jméno Feustel


Věda na rozhlasových vlnách
 Ze světa vědy na Vltavě
 Leonardo slouží vědě

Akademický bulletin vstoupil do věku dospělosti

Get the Flash Player to see this player.


 

Savčí genom

V prostorách nové přednáškové síně Ústavu molekulární genetiky AV ČR, v. v. i., se 2.–5. listopadu 2008 uskutečnila 22. mezinárodní konference o savčím genomu. Program organizoval sekretariát International Mammalian Genome Society (IMGS) spolu s místním organizačním výborem pod záštitou předsedy AV ČR Václava Pačesa. Každoroční setkání genetiků a bioinformatiků se koná střídavě v USA, v Evropě a v Asii. V roce 2007 se uskutečnilo v Kjóto (Japonsko), 23. konference bude v listopadu 2009 v La Jolla (USA). Poprvé za uplynulých 22 let se tato konference pořádala ve východní Evropě. Zúčastnilo se jí 250 vědců ze 16 zemí Asie, Ameriky, Evropy a Austrálie.

První den se uskutečnily tři bioinformatické workshopy. Letošní novinkou byla prezentace databáze myšího fenomu (Molly Bogue, The Jackson Laboratory, Bar Harbor, Maine, USA). Myší fenom je komplexní soubor fyziologických, metabolických a molekulárních fenotypů, kterými jsou doplňovány funkční informace k databázím sekvencí myšího genomu. Nedělní odpoledne bylo již tradičně vyhrazeno Ph.D. studentům, kteří přednášeli svým vrstevníkům výsledky vlastní práce. Posluchače zaujala například přednáška o geneticky determinované velikosti infarktu při lokální mozkové ischemii nebo nález části chromozomu 19, která kontroluje úzkostné chování myší. Studentská část konference měla překvapivě vysokou úroveň a tři přednášky autoři dokonce proslovili i v hlavním programu, který zahájil plenární přednáškou Wolf Reik (The Babraham Institute, Cambridge, UK) o epigenetických regulacích embryonálních kmenových buněk.
V následující plenární přednášce shrnul ředitel oddělení lékařské genetiky na univerzitě v Ženevě Stylianos Antonarakis současné poznatky o struktuře a funkci savčího genomu pod příznačným názvem How little we know… Zaměřil se v ní především na oblasti genomu, které, ač nekódují proteiny ani klasické RNA molekuly, jsou přesto přísně konzervovány v průběhu evoluce, což poukazuje na existenci nějaké důležité funkce. Paradoxní je, že těchto sekvencí s tajemnou funkcí je v savčím genomu dvakrát víc než všech sekvencí známých genů kódujících bílkoviny, které tvoří pouhá 2 % celého genomu. Takřka se nabízí příměr k poměru známé hmoty vesmíru k temné hmotě a temné energii, o nichž astrofyzikové také téměř nic nevědí, a jež přesto tvoří asi 95 % známého vesmíru. Tim Aitman (MRC Clinical Sciences Centre and Imperial College, London, UK) referoval o využití laboratorního potkana k modelování lidských chorob, především metabolického syndromu, který se projevuje vysokým krevním tlakem, diabetem a obezitou. Významný podíl na přípravě tohoto modelu mají laboratoře Michala Pravence a Vladimíra Křena (Fyziologický ústav AV ČR a 1. lékařská fakulta UK Praha), kde jako první na světě připravili sérii rekombinantních inbredních (RI) kmenů potkana, a umožnili tak genetické mapování kvantitativních znaků. Michal Pravenec se ve svém referátu zaměřil právě na využití RI kmenů pro detekci genů kontrolujících vysoký krevní tlak.
Jiří Forejt z Ústavu molekulární genetiky AV ČR
Jiří Forejt z Ústavu molekulární genetiky AV ČR
© Stanislava Kyselová, Archiv SSČ

Program konference pokračoval přednáškami s tématy imunita, srovnávací genomika a počítačová biologie, modelování lidských chorob, evoluce, neurovědy, genetika chování a genetika stárnutí. Výčet témat připomněl pravdivost aforismu nositele Nobelovy ceny Sydney Brennera, který kdysi před dvaceti lety prohlásil, že genetika jako taková zmizí, protože ve 21. století bude vše v biologii založeno na genech a každý biolog bude genetikem. Z mnoha dalších referátů zaujalo sdělení o mutaci genu kódujícího miRNA, který působí progresivní ztrátu sluchu u myší, referát o genech kontrolujících náchylnost k astmatu nebo přednáška o nepřímé závislosti mezi aktivitou genu pro inzulín podobnému růstovému faktoru I (IGF1) a délkou života u různých myších kmenů. Hostitelská laboratoř též prezentovala výsledky celogenomové analýzy genové exprese v mozku myší, které jsou modelem pro lidské aneuploidní syndromy (např. Downův syndrom), a objev genu, jenž se účastní reprodukční izolace mezi blízkými druhy. Jde o první speciační gen popsaný u savců umožňující vznik nových druhů.
22. mezinárodní konference o savčím genomu
© Stanislava Kyselová, Archiv SSČ

Konference o savčím genomu má svůj osobitý a nezaměnitelný styl. Patří k němu Verne Chapman Memmorial Lecture, kterou byl v letošním roce poctěn Phillip Avner z Pastuerova ústavu v Paříži. V přehledném referátu shrnul výsledky práce své laboratoře o molekulární podstatě, genetické a epigenetické kontrole inaktivace X chromozomu v samičích tkáních savců. Každoročně se koná zasedání Mezinárodní komise pro standardizaci genetické nomenklatury myši, v níž máme svého zástupce. Vyhlašují se i nejlepší plakátová sdělení; v letošním roce získal toto ocenení Matyáš Flemr z laboratoře Petra Svobody. Před dvěma lety jej na konferenci v Charlestonu získal jiný náš student, David Homolka. Odměnou mu bylo roční předplatné časopisu Genome Research. IMGS vydává časopis Mammalian Genome, jehož redakční rada zasedá v průběhu konference. V soutěži s řadou nových genetických časopisů kvalita Mammalian Genome – měřená impakt faktorem – poklesla (IF 2,29). Nicméně lze doufat, že pokles je pouze přechodný; funkční genomika je nyní na vrcholu zájmu biologů a myš představuje nejdokonalejší modelový organismus pro studium dědičných predispozic k chorobám člověka. Společenský program konference má již také svou tradici. V Praze měl veliký ohlas koncert Musica Bohemica v historické aule Karolina UK a slavnostní banket s udílením cen ve Francouzské restauraci Obecního domu.
Post scriptum: pro české genetiky může být zajímavé, že vznik IMGS a časopisu Mammalian Genome byl poprvé oznámen na mezinárodním workshopu o myší molekulární genetice, který jsem měl tu čest organizovat v dubnu 1990 ve Svatém Petru ve Špindlerově Mlýně. Vznik společnosti a časopisu tam tehdy prezentoval náš slavný expatriot a genetik Jan Klein, který byl poté do konce roku 1992 také editorem tohoto časopisu.

JIŘÍ FOREJT,
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.