Profesorka Illnerová je zakládající členkou Učené společnosti České republiky, členkou Vědecké rady AV ČR, předsedkyní Komise pro etiku vědecké práce a členkou řady významných mezinárodních institucí jako např. Evropského poradního výboru pro výzkum a Velké poroty pro Descartovu cenu EU za výzkum, Poradního výboru Společnosti pro výzkum biologických rytmů se sídlem v USA, výboru Klubu melatoninu se sídlem ve Francii apod. V období 1993–2001 zastávala post místopředsedkyně Akademie věd České republiky, posléze v letech 2001–2005 působila jako její předsedkyně.
Jako výraz uznání jejího příspěvku k poznání časového systému živočichů, pedagogického působení i organizačních zásluh na poli vědy byla Heleně Illnerové udělena i řada dalších poct, mimo jiné cena Československé fyziologické společnosti, cena České lékařské společnosti J. E. Purkyně, Senior Fellowship Award v oblasti neurověd (Fogarty Centrum při Národním ústavu zdraví v USA), členství v Academii Scientiarum et Artium Europaea, medaile Slovenské akademie věd Nummum Academiae Memorialem Tribuit, Medaile MŠMT 1. stupně a řada medailí vysokých škol.
V současnosti je předsedkyní české komise pro UNESCO, členkou vědecké rady UK a tří jejích fakult, vědecké rady Masarykovy univerzity a Fyziologického ústavu AV ČR a členkou Rady Národního muzea.
Prof. H. Illnerová je nositelkou státního vyznamenání ČR Medaile Za zásluhy II. stupně a francouzského státního vyznamenání důstojník řádu Akademických palem.
-red-