Mezinárodní vědecký standard kvality v molekulární diagnostice

Sjednocená pravidla pro kvalitativní polymerázovou ř etě zovou reakci zlepšují kvalitu výzkumných studií

qPCR je široce používaná metoda v klinické diagnostice, od detekce patogenů po prognostiku rakoviny. Nové studie využívající právě tuto metodu neustále přibývají. Sjednocená pravidla, která jsou první svého druhu, specifikují minimální soubor informací, které výzkumníci musí poskytnout vydavateli vědecké publikace, aby jejich data byla dostatečná pro zveřejnění.

„Většina publikovaných qPCR studií neposkytuje dostatečné množství experimentálních detailů a vědci, kteří tyto práce chtějí použít, bývají na rozpacích, zda závěry vyplývající z těchto studií jsou skutečně platné. Například v důsledku špatné interpretace získaných výsledků bylo poukázáno na propojení autismu a protivirového MMR očkování,“ řekl prof. Bustin. Když byly experimenty analyzovány správně, ukázalo se, že publikované, nesprávné závěry byly učiněny na základě chybného experimentálního postupu. Dalším příkladem může být „zásadní objev roku 2005”, publikovaný v časopisu Science, zabývající se rostlinnou genetikou. O dva roky později musel být tento článek stažen kvůli chybně interpretovaným výsledkům qPCR.

qPCR pravidla zahrnují seznam nezbytných a doporučených kroků, které by měly být součástí qPCR experimentu. Pokud budou tyto postupy aplikovány, autoři by měli být schopni provést a publikovat qPCR experimenty s mnohem větší vypovídající hodnotou a přesností.

Recenzenti a editoři časopisu stejně jako laboratorní manažeři budou schopni porovnat technickou kvalitu publikovaných dat se zavedeným standardem. A co je nejdůležitější, výsledkem dodržování těchto doporučení budou publikované výsledky, které budou fakticky správné.

„Tato pravidla zlepší kvalitu a hodnově rnost publikovaných výsledků , tudíž znásobí rychlost rozvoje nových molekulárně diagnostických testů založených na qPCR,“ doplnilinformace spoluautor Dr. Mikael Kubista, vedoucí laboratoře genové expreseBiotechnologického ústavu AV ČR, v. v. i., a zakladatel TATAA Biocentra.

„Sjednocená pravidla byla vytvořena společně vědci z pěti zemí, kteří mají mnoholeté zkušenosti s qPCR a tato doporučení by měla pomoci hodnotit budoucí qPCR studie, které budou přijímány do našeho vědeckého časopisu,“ poznamenal Dr. Nader Rifai, editor časopisu Clinical Chemistry, který publikoval zmíněná vědecká qPCR pravidla v letošním dubnovém vydání. Kompletní článek je dostupný online na www.clinchem.org/cgi/content/full/55/4/611 .

 

qPCR je modifikace metody, polymerázové řetězové reakce, kterou v roce 1986 objevil Kary Mullis a jež vyvolala doslova revoluci v biologickém výzkumu a autorovi vynesla Nobelovu cenu za chemii v roce 1993. qPCR umožňuje přesné měření změny jediné kopie DNA v miliony kopií v méně než jedné hodině. Jednoduchost této metody umožnila její široké rozšíření a stala se téměř nezbytností jak pro vědecký výzkum, lékařskou a forenzní analýzu, tak i pro kontrolu kvality potravin a obranu proti bioterorismu.

 

1. S. A. Bustin, V. Benes, J. A. Garson, J. Hellemans, J. Huggett, M. Kubista, R. Mueller, T. Nolan, M. W. Pfaffl, G. F. Shipley, J. Vandesompele, and C. T. Wittwer, The MIQE Guidelines: Minimum Information for Publication of Quantitative Real-Time PCR Experiments. Clinical Chemistry 55 (2009) 609–620. http://www.clinchem.org/cgi/content/full/55/4/611

2. http://www.rdml.org/miqe/

3. Minimum Information for Biological and Biomedical Investigations ( www.mibbi.org )

 

Americká asociace pro klinickou chemii (AACC) je vedoucí profesionální společností, která se věnuje zlepšování kvality péče o pacienty a zaměřuje se na laboratorní praxi. Má přes 9000 členů, kteří jsou klinickými laboratorními profesionály, lékaři, výzkumnými pracovníky, a další pracovníky, kteří vyvíjejí testy a přímo se účastní laboratorních prací. AACC slučuje tuto komunitu dohromady pomocí programů, jež zvyšují expertizu, inovace a vědomosti. Pro více informací na toto téma či o společnosti AACC a jejích programech a publikacích kontaktujte Peter Pattersona (ppatterson@aacc.org).

 

Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i., je nejmladší veřejná výzkumná instituce zřízená Akademií věd České republiky. Byla založena 1. ledna 2008 a sídlí v biomedicínském výzkumném centru AV ČR Praha-Krč. Hlavním účelem založení nové instituce je snaha podpořit rozvoj špičkového základního a orientovaného biologického výzkumu v oblastech s vysokou pravděpodobností praktického využití výsledků výzkumu a vývoje např. v diagnostických a terapeutických aplikacích v humánní medicíně. Biotechnologický ústav, který v současné době zahrnuje šest výzkumných týmů a další dva týmy nyní ustavuje, je rovněž krystalizačním jádrem pro společné Centrum biotechnologického a biomedicínského výzkumu Akademie věd ČR a Univerzity Karlovy ve Vestci u Prahy – BIOCEV. To by mělo být vybudováno v rámci Operačního programu Výzkum a vývoj pro inovace s podporou evropských fondů pro regionální rozvoj do roku 2012. Více informací naleznete na:http://www.ibt.cas.cz/en.