Jednotlivé sekce ARÚ byly uváděny do provozu průběžně po dobu cca 1 roku.

Knihovna: 90% fondu zničeno nebo poškozeno povodní. Základní fond knihovny bude postupně a dlouhodobě obnovován.

Publikace: Provoz omezen. Sklad publikací ze značné části podlehl zkáze – nabídka bude postupně aktualizována a prodej obnoven.

Bibliografická služba: Bibliografická evidence zasažena z velké části povodní. Provoz do odvolání omezen.

Archiv nálezových zpráv: přímo povodní nezasažen, plní své standardní funkce, pro veřejnost do odvolání nepřístupný

Archiv plánů: probíhá rekonstrukce fondu, pro veřejnost do odvolání nepřístupný.

Fotoarchiv: probíhá rekonstrukce fondu, pro veřejnost do odvolání nepřístupný.

Laboratoře, dílny, metalografické pracoviště: zcela zasaženy povodní a dočasně přemístěny. Veškeré kapacity jsou zapojeny do záchrany archeologických nálezů a archivních materiálů.

Přírodovědecké odd.: provoz některých částí je ochromen, část pracoviště je dočasně přemístěna.

Comité pour la sidérurgie ancienne de l’UISPP: činnost ochromena. Zničena byla pracovna prof. R. Pleinera.

Odd. archeologie středověku: zničena byla pracovna doc. T. Durdíka, DrSc.

Redakce AR, PA: fungují bez omezení.

Odd. archeologické památkové péče („záchranná služba“): funguje s částečným omezením.