Komplexní archeologický výzkum kapitulního kostela sv. Petra a Pavla provádí Archeologický ústav AV ČR v Praze od roku 1966. V letech 1968 – 1991 se podařilo postupně odkrýt celý půdorys stavby, mezi roky 1981 – 1985 proběhl výzkum interiéru dnešního kostela. Výzkum zachytil sedm stavebních etap, z nichž nejstarší – románská – je z doby založení kapituly a kapitulního kostela Vratislavem II. (1061 – 1092). O další přestavby se zasloužili Soběslav I., Eliška Přemyslovna a Karel IV., který vtiskl chrámu vrcholně gotický charakter připomínající jihofrancouzské baziliky v Toulouse a Narbonne. Práce obsahuje kromě zpracování komplexního archeologického průzkumu také výsledky analýz z oborů antropologie (P. Stránská), archeozoologie (R. Kyselý), dendrochronologie (T. Kyncl), petrografie (J. Zavřel), nedestruktivních metod (L. Hrdlička), dále analýzu kachlů (Z. Hazlbauer), středověkého skla (D. Hejdová) aj.